计算化学公社

标题: ORCA 5 ,Yes [打印本页]
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-7-2 00:03
标题: ORCA 5 ,Yes
官网可以下载了！等dalao们的评测！先开贴
作者
Author: 鬼隐    时间: 2021-7-2 00:05
yyds
作者
Author: ChrisZheng    时间: 2021-7-2 00:11
本帖最后由 ChrisZheng 于 2021-7-2 08:35 编辑

顺手跑了一个双杂化的扫描：37 min vs. 32 min

作者
Author: paramecium86    时间: 2021-7-2 00:25
本帖最后由 paramecium86 于 2021-7-2 00:36 编辑

大概随手测了测DLPNO-CCSD(T)速度
! DLPNO-CCSD(T) normalPNO RIJK cc-pVTZ cc-pVTZ/JK cc-pVTZ/C tightSCF noautostart miniprint nopop

氯苯的单点能。

这个4.2用了780s  5.0用了650s
shared lib版 5.0
https://share.weiyun.com/gXejzAvK
传一个微云的分享。省的有些小伙伴用百度网盘很慢。

作者
Author: ms860309    时间: 2021-7-2 01:31
本帖最后由 ms860309 于 2021-7-2 06:43 编辑

我用shared和我原來的job比較
freq快大概30%
備註:
不能單看快30%，因為預設grid變高了，而且rijcosx預設格點比以前的還要好..
所以說就是更快更準
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-2 01:50
ChrisZheng 发表于 2021-7-1 17:11
链接: https://pan.baidu.com/s/1xfAA1pXeGqGpRzfD8LZR-g 提取码: fj2k 复制这段内容 ...

提醒一下大家：
虽然ORCA对学术用户是免费的，但是原则上讲，只有从官网（https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/dlext/?cat=13）直接下载才是合法的。原因是：
（1）只有从官网直接下载，才能视同你同意了ORCA的license。
（2）ORCA对非学术用户是收费的。如果商业用户假装自己是学术用户，从官网下载了ORCA，由此对ORCA团队产生的损失是这个商业用户赔偿；如果商业用户从网盘下载了ORCA，而且因为网盘下载不要求下载者先同意license，导致这个商业用户确实不知道自己不能免费下载，那么搞不好上传网盘的这个人要吃官司。商业用户获取ORCA请联系FAccTs公司（Fast & Accurate Computational Chemistry Tools – FAccTs）。
（3）我们需要靠注册用户数以及下载数来判断ORCA的用户数目是多少，而用户数目越多，我们申请经费就会越容易，所以如果不注册账号、不从官网下载的话，我们会有间接的经济损失。
另见下面的截图（截自ORCA的EULA，在ORCA官网上有全文）

作者
Author: ene    时间: 2021-7-2 02:32
本帖最后由 ene 于 2021-7-2 02:38 编辑

简单跑了一下orca_md，发现体系漂移的相当厉害……不知道是我的什么设置有问题还是orca没有正确地去掉体系的平动动量
两个输入文件如下：
  1. ! MD B3LYP D3 6-31G*
  2. %md
  3.   initvel 300_K
  4.   timestep 0.5_fs
  5.   thermostat none
  6.   dump position stride 1 filename "trajectory.xyz"
  7.   run 3000
  8. end
  9. * xyz 0 1
  10.   C            0.08800073    0.44000039   -0.00000000
  11.   H            0.45429137   -0.59607744    0.00000000
  12.   H            0.45431566    0.95803346    0.89727140
  13.   H            0.45431566    0.95803346   -0.89727140
  14.   H           -1.01092326    0.44000965    0.00000000
  15. *
复制代码
  1. ! MD B3LYP D3 6-31G*
  2. %md
  3.   initvel 300_K
  4.   timestep 0.5_fs
  5.   thermostat nhc 300_K timecon 25.0_fs
  6.   dump position stride 1 filename "trajectory.xyz"
  7.   run 3000
  8. end
  9. * xyz 0 1
  10.   C            0.08800073    0.44000039   -0.00000000
  11.   H            0.45429137   -0.59607744    0.00000000
  12.   H            0.45431566    0.95803346    0.89727140
  13.   H            0.45431566    0.95803346   -0.89727140
  14.   H           -1.01092326    0.44000965    0.00000000
  15. *
复制代码

作者
Author: Childhood    时间: 2021-7-2 02:59
在更新后，杂化泛函算单点能会有一定的浮动，在 0.2-1.0 kJ/mol 不等。目前不大清楚是因为积分格点更新亦或是 COSX 近似导致的此结果。不过浮动的部分在相同体系可以抵消。
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-2 03:03
ene 发表于 2021-7-1 19:32
简单跑了一下orca_md，发现体系漂移的相当厉害……不知道是我的什么设置有问题还是orca没有正确地去掉体系 ...

只是平动漂移吗？刚才翻了一下手册，似乎手册没提到会去除平动动量
作者
Author: ene    时间: 2021-7-2 03:16
wzkchem5 发表于 2021-7-2 03:03
只是平动漂移吗？刚才翻了一下手册，似乎手册没提到会去除平动动量

1. 不只是平动漂移，转动同样非常明显
2. 手册在1040页提到了这个问题：
(, 下载次数 Times of downloads: 53)


作者
Author: nianbin    时间: 2021-7-2 03:21
链接：https://pan.baidu.com/s/1FyBE7daB9ngVc0rZF-T8cg
提取码：2y38
作者
Author: sobereva    时间: 2021-7-2 03:22
平移的问题在ORCA 4里就有，这也是为什么Multiwfn产生的ORCA的动力学的输入文件里有个约束质心不变的设置constraint add center
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）
作者
Author: ene    时间: 2021-7-2 03:48
sobereva 发表于 2021-7-2 03:22
平移的问题在ORCA 4里就有，这也是为什么Multiwfn产生的ORCA的动力学的输入文件里有个约束质心不变的设置co ...

NVT系综下这样做似乎没有特别大的问题，只不过需要些时间平衡体系而已。但是NVE系综下这样似乎会导致体系的总能量偏离设定的数值吧
作者
Author: sobereva    时间: 2021-7-2 03:56
ene 发表于 2021-7-2 03:48
NVT系综下这样做似乎没有特别大的问题，只不过需要些时间平衡体系而已。但是NVE系综下这样似乎会导致体系 ...

担心的话，也可以之后靠align消平动
ORCA缺少个消平动的设置
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2021-7-2 04:16
本帖最后由 喵星大佬 于 2021-7-2 04:18 编辑

看了下手册，似乎有VV10的梯度？？？阿q生气ing
不过有些关键词有改动了，输入文件的模板也要跟着改改了
作者
Author: paramecium86    时间: 2021-7-2 04:28
喵星大佬 发表于 2021-7-2 04:16
看了下手册，似乎有VV10的梯度？？？阿q生气ing
不过有些关键词有改动了，输入文件的模板也要跟着改改 ...

记得Neese刚才做Webnar的时候,ppt上特意还提了一嘴这个。
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2021-7-2 04:37
本帖最后由 喵星大佬 于 2021-7-2 04:40 编辑
paramecium86 发表于 2021-7-2 04:28
记得Neese刚才做Webnar的时候,ppt上特意还提了一嘴这个。

这下岂不是wB97M-V，wB97X-V这些可以用来优化了？

弱相互作用计算实力暴涨

看了手册里介绍了SCF的改进，不知道收敛问题改善的咋样了
还增加了SCS/SOS-CIS(D)，可以算近红外染料激发能
作者
Author: sobereva    时间: 2021-7-2 04:42
喵星大佬 发表于 2021-7-2 04:16
看了下手册，似乎有VV10的梯度？？？阿q生气ing
不过有些关键词有改动了，输入文件的模板也要跟着改改 ...

最恶心的是grid、gridx关键词不允许出现了，哪怕新版本无视掉这两个关键词也好
这下新版本出了，带着grid、gridx的以前的输入文件全都不能用了
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2021-7-2 04:45
sobereva 发表于 2021-7-2 04:42
最恶心的是grid、gridx关键词不允许出现了，哪怕新版本无视掉这两个关键词也好
这下新版本出了，带着gri ...

是的，不过还没来及看现在的格点怎么设置，已经躺下

multiwfn里的模版也有的改了，方法推荐跟着新的特性这些估计也会调整不少
作者
Author: paramecium86    时间: 2021-7-2 06:36
本帖最后由 paramecium86 于 2021-7-2 06:38 编辑
喵星大佬 发表于 2021-7-2 04:37
这下岂不是wB97M-V，wB97X-V这些可以用来优化了？

弱相互作用计算实力暴涨

改进收敛与否，我找分子正在尝试。
速度上除了刚才4楼测的DLPNO-CCSD(T)确实快了些（15%左右）
普通的SCF计算没见有什么明显提升
比如我算一个C240单点能
ORCA 4.2   ! RKS pbe0 6-31G*  Grid6                       11680s       13步收敛
ORCA 5.0  ! RKS pbe0 6-31G*  DEFGRID3 NORI         12351s     13步收敛
不过orca默认开启RI-JK了好像。不写NORI 直接就RI了  8000s左右算完。
作者
Author: influenza    时间: 2021-7-2 06:58
各位大佬们手真快！！大晚上熬夜参会，然后几万s''测评，不用睡觉吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-7-2 07:32
paramecium86 发表于 2021-7-2 06:36
改进收敛与否，我找分子正在尝试。
速度上除了刚才4楼测的DLPNO-CCSD(T)确实快了些（15%左右）
普通的S ...

建议对比含有高角动量基组的情况
SHARK一个改进是高角动量提升较多

ORCA 5对杂化泛函默认开启RIJCOSX，对双杂化默认开启RI
作者
Author: 冰释之川    时间: 2021-7-2 08:04
Childhood 发表于 2021-7-2 02:59
在更新后，杂化泛函算单点能会有一定的浮动，在 0.2-1.0 kJ/mol 不等。目前不大清楚是因为积分格点更新亦或 ...

我去。。。这浮动有点厉害了……
作者
Author: paramecium86    时间: 2021-7-2 08:51
sobereva 发表于 2021-7-2 07:32
建议对比含有高角动量基组的情况
SHARK一个改进是高角动量提升较多

好的。谢谢社长
试了如下计算
ORCA 4.20 ! wB97M-V def2-TZVP def2/J RIJCOSX strongSCF grid5 gridx5 noautostart miniprint nopop   138s
ORCA 4.20 ! wB97M-V def2-TZVP def2/J RIJCOSX strongSCF grid6 gridx6 noautostart miniprint nopop   165s
ORCA 5.0  ! wB97M-V def2-TZVP def2/J RIJCOSX strongSCF noautostart miniprint nopop     defgrid2   120s
                                                                                                                                  defgrid3  230s

新版的grid 还没闹清楚。不过degrid3 似乎很慢
作者
Author: paramecium86    时间: 2021-7-2 08:55
测了一下SCF的收敛。用了之前坛友发的orca420 不收敛的帖子里的输入文件 （http://bbs.keinsci.com/thread-21209-1-1.html）
用defgrid1 也可以在十几步之内收敛。似乎是有了进步。
作者
Author: sobereva    时间: 2021-7-2 09:03
paramecium86 发表于 2021-7-2 08:55
测了一下SCF的收敛。用了之前坛友发的orca420 不收敛的帖子里的输入文件 （http://bbs.keinsci.com/thread- ...

也可能是改良了溶剂模型的功劳，未必是格点导致的

最好找个气相的，尤其是大grid都不能收敛的对比

ORCA 5把TRAH吹得很神，我比较感兴趣能把TRAH逼出来的test case
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-7-2 09:23
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-7-2 14:50 编辑

作者
Author: Satoru    时间: 2021-7-2 14:38
扫了眼手册...好像内置了wB97X-2双杂化？然后DLPNO-CCSD(T)可以外推PNO，这两个感觉蛮可的

然而还是很希望orca能给ma-def2系列做个/J一类的靠谱辅助基组...之前autoaux翻过车
以及期待把cpcm升级掉（
作者
Author: zjxitcc    时间: 2021-7-2 14:40
Satoru 发表于 2021-7-2 14:38
扫了眼手册...好像内置了wB97X-2双杂化？然后DLPNO-CCSD(T)可以外推PNO，这两个感觉蛮可的

然而还是很希 ...

给ma-def2系列基组用AutoAux翻车 能否介绍一下是什么情况？
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-2 15:01
zjxitcc 发表于 2021-7-2 07:40
给ma-def2系列基组用AutoAux翻车 能否介绍一下是什么情况？

就是基组线性相关问题吧。。。
之前这边有人有计划调整AutoAux产生的辅助基组，来缓解基组线性相关问题，不过不知道有没有加到ORCA 5里
作者
Author: zjxitcc    时间: 2021-7-2 15:08
wzkchem5 发表于 2021-7-2 15:01
就是基组线性相关问题吧。。。
之前这边有人有计划调整AutoAux产生的辅助基组，来缓解基组线性相关问题 ...

你是指辅助基的线性相关问题？不是原基组的线性相关问题？
作者
Author: Satoru    时间: 2021-7-2 15:13
zjxitcc 发表于 2021-7-2 14:40
给ma-def2系列基组用AutoAux翻车 能否介绍一下是什么情况？

ma-def2-QZVP或者QZVPP加autoaux有时会提示辅助基组线性相关问题，双杂化基本到MP2部分必报错，wB97M-V在SCF开始前随机报错，看了半天手册没搞定怎么改...

一次wB97M-V/ma-def2-QZVP/smd RI+RIJCOSX算一个中性有机Pd(II)的过渡态单点，初猜是某斯PBE0/def2-SVP几何优化的波函数，算出来比底物高大概540 kcal/mol，怀疑是没收敛到基态；改用slowconv以后收敛到了比底物低90 kcal/mol左右。底物往前几步相对能量都很正常，感觉SCF没问题。
后来改用了maug-cc-pvqz和-PP来算，主族用预设的/JK基组，Pd用autoaux，算出来就很正常。两个方法算底物绝对能量大概差0.03 Ha，所以感觉是之前autoaux收敛到了奇怪的能量过低的解。
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-7-2 15:16
Satoru 发表于 2021-7-2 15:13
ma-def2-QZVP或者QZVPP加autoaux有时会提示辅助基组线性相关问题，双杂化基本到MP2部分必报错，wB97M-V在 ...

感觉这是操作的问题，如果要读波函数的话一般需要是同zeta的，基组SVP和QZVP是2zeta到4zeta，波函数质量差得有点太多了，按照你的这个orca计算级别，某斯应该是pbe0/def2tzvp起步
作者
Author: Satoru    时间: 2021-7-2 15:19
hdhxx123 发表于 2021-7-2 15:16
感觉这是操作的问题，如果要读波函数的话一般需要是同zeta的，基组SVP和QZVP是2zeta到4zeta，波函数质量 ...

比较懒x之前还没翻过车
针对这个例子，某斯wB97X-D/def2-TZVP波函数初猜我也尝试过，不记得是收敛到哪个解了，反正是不对...
作者
Author: zjxitcc    时间: 2021-7-2 15:24
Satoru 发表于 2021-7-2 15:19
比较懒x之前还没翻过车
针对这个例子，某斯wB97X-D/def2-TZVP波函数初猜我也尝试过，不记得是收敛到哪个 ...

辅助基线性相关问题不好解决。SCF收敛性问题、收敛到正确的解上，这十分好解决。
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-2 15:25
zjxitcc 发表于 2021-7-2 08:08
你是指辅助基的线性相关问题？不是原基组的线性相关问题？

对，这个是autoaux的主要问题，容易有线性相关，导致SCF出现variational instability。
我不知道ORCA 5有没有把他们说的改进加进去，如果加了的话，ORCA 5的autoaux会有改善
作者
Author: Satoru    时间: 2021-7-2 15:32
zjxitcc 发表于 2021-7-2 15:24
辅助基线性相关问题不好解决。SCF收敛性问题、收敛到正确的解上，这十分好解决。

qwq所以收敛到比（理想的）正确解低90 kcal/mol左右也可以救回来嘛
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-2 15:41
Satoru 发表于 2021-7-2 08:32
qwq所以收敛到比（理想的）正确解低90 kcal/mol左右也可以救回来嘛

这个属于线性相关问题。。。他应该是说除了基组线性相关以外的SCF收敛问题好解决
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-7-2 15:42
wzkchem5 发表于 2021-7-2 15:41
这个属于线性相关问题。。。他应该是说除了基组线性相关以外的SCF收敛问题好解决

nearly all done
作者
Author: Satoru    时间: 2021-7-2 15:47
wzkchem5 发表于 2021-7-2 15:41
这个属于线性相关问题。。。他应该是说除了基组线性相关以外的SCF收敛问题好解决

感谢orz这两天去试试拿5.0重算下
作者
Author: biogon    时间: 2021-7-2 16:28
wzkchem5 发表于 2021-7-2 01:50
提醒一下大家：
虽然ORCA对学术用户是免费的，但是原则上讲，只有从官网（https://orcaforum.kofo.mpg.d ...

我算DLPNO-STEOM出了如下的错误是bug吗？
------------------------------------------------------------------------------
                           ORCA POPULATION ANALYSIS
------------------------------------------------------------------------------
Input electron density              ... 1.mdcip
BaseName (.gbw .S,...)              ... 1
[pc-AS-2023US-TR4:200440] *** Process received signal ***
[pc-AS-2023US-TR4:200440] Signal: Floating point exception (8)
[pc-AS-2023US-TR4:200440] Signal code: Integer divide-by-zero (1)
[pc-AS-2023US-TR4:200440] Failing at address: 0xba0de2
[pc-AS-2023US-TR4:200438] *** Process received signal ***
[pc-AS-2023US-TR4:200438] Signal: Floating point exception (8)
[pc-AS-2023US-TR4:200438] Signal code: Integer divide-by-zero (1)
[pc-AS-2023US-TR4:200438] Failing at address: 0xba0de2
[pc-AS-2023US-TR4:200438] [ 0] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x3efd0)[0x155112408fd0]
[pc-AS-2023US-TR4:200438] [ 1] [pc-AS-2023US-TR4:200441] *** Process received signal ***
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-2 16:37
biogon 发表于 2021-7-2 09:28
我算DLPNO-STEOM出了如下的错误是bug吗？
---------------------------------------------------------- ...

建议发到orca论坛的bugs版面
顺便你可以测一下，在你的机子上其他类似的方法会不会在population那里报错，比如EOM-CCSD，这样方便我们锁定问题所在
作者
Author: biogon    时间: 2021-7-2 16:53
wzkchem5 发表于 2021-7-2 16:37
建议发到orca论坛的bugs版面
顺便你可以测一下，在你的机子上其他类似的方法会不会在population那里报错 ...

这个体系四十多原子，没DLPNO的恐怕搞不动吧
作者
Author: biogon    时间: 2021-7-2 17:09
wzkchem5 发表于 2021-7-2 16:37
建议发到orca论坛的bugs版面
顺便你可以测一下，在你的机子上其他类似的方法会不会在population那里报错 ...

我刚才试了跑别的体系，给64核scf迭代的时候就崩了，32核就没事
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-2 17:25
biogon 发表于 2021-7-2 10:09
我刚才试了跑别的体系，给64核scf迭代的时候就崩了，32核就没事

你的服务器有多少个核？有跨节点跑吗？
比较新的OpenMPI好像要求任务用的核数不能超过服务器的物理核数。比较老的版本可以超过物理核数，甚至超过逻辑核数可能都行
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-2 17:26
biogon 发表于 2021-7-2 09:53
这个体系四十多原子，没DLPNO的恐怕搞不动吧

我的意思就是试一下比较小的分子
作者
Author: paramecium86    时间: 2021-7-2 18:57
本帖最后由 paramecium86 于 2021-7-2 19:04 编辑
sobereva 发表于 2021-7-2 09:03
也可能是改良了溶剂模型的功劳，未必是格点导致的

最好找个气相的，尤其是大grid都不能收敛的对比

嗯嗯~刚去又搜了搜，试验了 http://bbs.keinsci.com/thread-19550-1-1.html  这个帖子里的文件
SCF部分 用defgrid2 默认情况下收敛不了，可能还得加点儿什么别的关键词才行。没仔细看manual还。 但是改用默认 就可以收敛 而且也激活了TRAH。
同时也算了27楼群友发的Tb那个文件。也是激活了TRAH  反复算了很久最终收敛。



作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-2 19:07
paramecium86 发表于 2021-7-2 11:57
嗯嗯~刚去又搜了搜，试验了 http://bbs.keinsci.com/thread-19550-1-1.html  这个帖子里的文件
SCF部分  ...

defgrid2这个不像是单纯的不收敛问题。如果TRAH不收敛，会打出SCF NOT CONVERGED AFTER xxx CYCLES，而不是直接报错退出。
建议删掉miniprint重跑一遍（输出更多信息以便我们debug），然后发到orca论坛上，我们看一下
作者
Author: paramecium86    时间: 2021-7-2 19:10
wzkchem5 发表于 2021-7-2 19:07
defgrid2这个不像是单纯的不收敛问题。如果TRAH不收敛，会打出SCF NOT CONVERGED AFTER xxx CYCLES，而不 ...

好的，我再去试试看。
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-7-2 19:20
paramecium86 发表于 2021-7-2 18:57
嗯嗯~刚去又搜了搜，试验了 http://bbs.keinsci.com/thread-19550-1-1.html  这个帖子里的文件
SCF部分  ...

可以试试TRAH和noTRAH（纯DIIS）的速度，看看是不是真的有效
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-7-2 19:23
很可惜的是版本变了之后格点变了不好比能量
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-2 19:51
hdhxx123 发表于 2021-7-2 12:23
很可惜的是版本变了之后格点变了不好比能量

即使格点没变，也不建议比能量，因为总有地方会变（积分cutoff方式等等）。这个对于任何的推出新版的软件都是成立的
作者
Author: biogon    时间: 2021-7-3 08:59
wzkchem5 发表于 2021-7-2 17:25
你的服务器有多少个核？有跨节点跑吗？
比较新的OpenMPI好像要求任务用的核数不能超过服务器的物理核数 ...

用的单节点128核的机器跑的，感觉系统可能有点问题
作者
Author: kadbuhao    时间: 2021-7-3 12:38
paramecium86 发表于 2021-7-2 08:55
测了一下SCF的收敛。用了之前坛友发的orca420 不收敛的帖子里的输入文件 （http://bbs.keinsci.com/thread- ...

请教各位老师，orca5.0 采用同样的inp文件，为啥我的会报错。 openmpi已安装了4.1.1版本  。调用orca4.2 正常运行 。一用orca5.0 就会出现这种问题。5.0单线程的小分子可以正常运行。
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-7-3 13:16
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-7-3 13:23 编辑
kadbuhao 发表于 2021-7-3 12:38
请教各位老师，orca5.0 采用同样的inp文件，为啥我的会报错。 openmpi已安装了4.1.1版本  。调用orca4.2  ...

你把核数改成双数试试，我这边到scf都是正常的
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-7-3 13:32
r2SCAN-3c确实香
作者
Author: wth1219    时间: 2021-7-3 21:56
通过ORCA 5.0对单个CO2分子在r2SCAN-3c和(DLPNO-)CCSD(T) (+RI-JK) / aug-cc-pVTZ水平下开展几何优化和频率计算，结果如下：

(, 下载次数 Times of downloads: 60)

计算关键词如下：
! r2SCAN-3c OPT FREQ tightSCF noautostart miniprint nopop

! CCSD(T) aug-cc-pVTZ RI-JK aug-cc-pVTZ/JK aug-cc-pVTZ/C OPT NUMFREQ tightSCF noautostart miniprint nopop

! DLPNO-CCSD(T) normalPNO aug-cc-pVTZ aug-cc-pVTZ/C NORI OPT NUMFREQ tightSCF noautostart miniprint nopop

! DLPNO-CCSD(T) normalPNO aug-cc-pVTZ RI-JK aug-cc-pVTZ/JK aug-cc-pVTZ/C OPT NUMFREQ tightSCF noautostart miniprint nopop

使用DLPNO方法计算所得CO2的振动频率似乎误差较大，不知道可能是什么原因？数值频率计算的误差吗？
谢谢大家指教！
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-7-3 22:01
wth1219 发表于 2021-7-3 21:56
通过ORCA 5.0对单个CO2分子在r2SCAN-3c和(DLPNO-)CCSD(T) (+RI-JK) / aug-cc-pVTZ水平下开展几何优化和频率 ...

优化和频率计算时建议用VerytightSCF起步
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-3 22:34
wth1219 发表于 2021-7-3 14:56
通过ORCA 5.0对单个CO2分子在r2SCAN-3c和(DLPNO-)CCSD(T) (+RI-JK) / aug-cc-pVTZ水平下开展几何优化和频率 ...

应该是数值频率的误差。DLPNO的势能面的一阶导数还是比较连续的，所以（用数值梯度做）结构优化基本上是可信的，但是频率的准确度我们测得不多，也不会抱有太高预期。毕竟求高阶数值导数很容易放大势能面的不连续性。
作者
Author: ajz34    时间: 2021-7-4 01:50
本帖最后由 ajz34 于 2021-7-4 02:14 编辑
wzkchem5 发表于 2021-7-3 22:34
应该是数值频率的误差。DLPNO的势能面的一阶导数还是比较连续的，所以（用数值梯度做）结构优化基本上是 ...

我最近在尝试作极化率的测评。我感觉遇到了相似的问题。
尽管与极化率不同，极化率和频率一样都是二阶 (能量梯度) 性质，也都可以使用数值导数进行计算。
DLPNO 实在是听起来很有意思，我也试了一下。也是有同学怂恿说来回复一下哈 (｀・ω・′)。说实话我也不了解问题在哪里。

ORCA 5.0.0 版本最近支持了解析 (Analytical, Anal) 的 DLPNO-MP2 极化率 (Stoychev JCP 2021, doi: 10.1063/5.0047125) (当然，我认为他们文章在性质上，更重要的卖点应该是磁性质，篇幅也更多也应该更实用)。如果其实现是正确的话，于我而言这确实是非常漂亮和叹服的工作。但我对 DLPNO 理论其实并不了解，公式也是在很复杂。
这个回帖比较了数值、解析的 DLPNO-MP2、RI-MP2 与 NORI-MP2 的结果。所有计算使用 ORCA 5.0.0。

一些具体的做法和我认为的结论是：

一些计算结果如下。所有计算使用 ORCA 5.0.0。
(, 下载次数 Times of downloads: 63)

我不清楚数值的 DLPNO-CCSD(T) 一阶或二阶性质是否能用。但 DLPNO-MP2 的结果让我觉得显然有些诡异 (同时解析的 DLPNO-MP2 没有问题)。因此看到这些结果，说实话我现在还不太敢用数值的 DLPNO 在性质的计算上。解析的看起来没有问题，但 DLPNO-CCSD 级别应该还没有二阶梯度 (譬如频率)。

如果要排除数值误差的可能性，比较严格的做法是要作 Rutishauser–Romberg 收敛三角 (一种拓展的 RR 三角：doi: 10.1016/j.theochem.2007.08.028)，即需要对微扰量作稳定性检查 (电场梯度的微扰量是电场强度，频率计算的微扰量是原子核坐标)。但我自己凭感觉 0.005 Bohr 的数值偏差量 (ORCA 5 Manual, p197) 应该还蛮稳健的。如果拿 Conventional HF/aVTZ 来作数值与解析的差距的话，CO2 频率的误差多半在小数点第 1 位或更低，应该很难会差 100 cm^-1。
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-4 02:17
ajz34 发表于 2021-7-3 18:50
我最近在尝试作极化率的测评。我感觉遇到了相似的问题。
尽管与极化率不同，极化率和频率一样都是二阶 ( ...

我猜他可能要么是直接把DLPNO-MP2极化率和RI-MP2极化率比的，要么是算数值极化率的时候把各种阈值都设得极其严格。不过我觉得你可以试一下用TightPNO，我觉得这个比SCF收敛限要重要得多。DLPNO极化率计算相当于把一个一阶导数几乎平滑但不是完全平滑的函数求二阶导（这个不平滑性从势能面上肉眼看不到，但是远比SCF不完全收敛引入的误差大），大部分时候误差很小，如果你不巧在一阶导数突变的点附近，误差就特别大。你看Georgi Stoychev的文章的Fig. 2也能看到，随着TCutPNO减小，误差大体减小，但是个别点会抽风，误差突然变大10倍。
其实你可以在orca论坛上面问，Georgi在论坛上很活跃，会直接给你解答
作者
Author: ajz34    时间: 2021-7-4 11:00
wzkchem5 发表于 2021-7-4 02:17
我猜他可能要么是直接把DLPNO-MP2极化率和RI-MP2极化率比的，要么是算数值极化率的时候把各种阈值都设得 ...

以前也试过 TightPNO，情况还是比较像的。我想 PNO 阈值可能影响不大，或者无法变得定性正确。
势能面那边的评述确实有道理。
以前确实没有参与过 ORCA 论坛。下定决心之后我想会去问问哈。
作者
Author: Satoru    时间: 2021-7-4 14:31
wzkchem5 发表于 2021-7-2 15:41
这个属于线性相关问题。。。他应该是说除了基组线性相关以外的SCF收敛问题好解决

悲报...在同样的ma-def2-QZVP+autoaux下，5.0也报错中止了...
请问现在有关键词可以拟合基组线性相关问题进行截断一类的吗qwq (, 下载次数 Times of downloads: 59)
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-4 14:48
Satoru 发表于 2021-7-4 07:31
悲报...在同样的ma-def2-QZVP+autoaux下，5.0也报错中止了...
请问现在有关键词可以拟合基组线性相关问 ...

正如你所看到的，我们在做这个功能，但是没有做完，所以ORCA 5.0里只有一个识别线性相关性然后提前退出的功能。。。
你要计算的性质真的对弥散函数这么敏感吗？def2-QZVP即使不加弥散也很弥散了
作者
Author: ene    时间: 2021-7-4 15:15
再说一个有关orca_md的问题，不知道为什么运行步数超过1000，任务就自动停掉了……任务停下时会报这样一个错误：
  1. *** buffer overflow detected ***: terminated
  2. Aborted (core dumped)
  3. [file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  4.   .... aborting the run
复制代码


输入文件：

  1. ! MD B3LYP def2-SVP
  2. %pal nprocs 3 end
  3. %maxcore 1500
  4. %md
  5.   initvel 300_K
  6.   timestep 0.5_fs
  7.   thermostat none
  8.   dump position stride 1 filename "trajectory.xyz"
  9.   run 2000
  10. end
  11. * xyz 0 1
  12.   C            0.08800073    0.44000039   -0.00000000
  13.   H            0.45429137   -0.59607744    0.00000000
  14.   H            0.45431566    0.95803346    0.89727140
  15.   H            0.45431566    0.95803346   -0.89727140
  16.   H           -1.01092326    0.44000965    0.00000000
  17. *
复制代码

我检查了运行时的内存占用是没问题的，终端下也设置了无限栈空间。不知道有没有能重复这个错误的
作者
Author: Satoru    时间: 2021-7-4 15:37
wzkchem5 发表于 2021-7-4 14:48
正如你所看到的，我们在做这个功能，但是没有做完，所以ORCA 5.0里只有一个识别线性相关性然后提前退出的 ...

感谢qwq
（反应里有若干单价阴离子和一个二价阴离子过二硫酸根，之前考虑ORCA开大基组耗时也能接受，就加个弥散预防后续被怼...）
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-4 16:57
ene 发表于 2021-7-4 08:15
再说一个有关orca_md的问题，不知道为什么运行步数超过1000，任务就自动停掉了……任务停下时会报这样一个 ...

我这里也报错了，但报错信息是
[xe30th17:74137] [[47608,0],0] ORTE_ERROR_LOG: The system limit on number of pipes a process can open was reached in file odls_default_module.c at line 621
怀疑是每步MD都打开了一个文件，但是忘了关。我周一跟他们反映一下
作者
Author: hebrewsnabla    时间: 2021-7-4 18:22
Satoru 发表于 2021-7-4 15:37
感谢qwq
（反应里有若干单价阴离子和一个二价阴离子过二硫酸根，之前考虑ORCA开大基组耗时也能接受，就 ...

试试局部弥散呢
作者
Author: rogerjun    时间: 2021-7-5 09:54
本帖最后由 rogerjun 于 2021-7-5 09:55 编辑
Satoru 发表于 2021-7-4 15:37
感谢qwq
（反应里有若干单价阴离子和一个二价阴离子过二硫酸根，之前考虑ORCA开大基组耗时也能接受，就 ...

手册9.5.9.1节ORCA5.0.0新增了一个自动去除辅助基组中的Redundant Basis Functions的功能，我测试了一下，不会报错了（potentially linear dependencies），应该是能有效地降低线性相关，不过最终收敛结果偏不偏离正确解就不知道了（还在计算，机器太慢了，已经成功过了scf）
作者
Author: biogon    时间: 2021-7-5 11:48
Satoru 发表于 2021-7-4 15:37
感谢qwq
（反应里有若干单价阴离子和一个二价阴离子过二硫酸根，之前考虑ORCA开大基组耗时也能接受，就 ...

要不然就索性直接不用辅助基组
作者
Author: Satoru    时间: 2021-7-5 20:04
rogerjun 发表于 2021-7-5 09:54
手册9.5.9.1节ORCA5.0.0新增了一个自动去除辅助基组中的Redundant Basis Functions的功能，我测试了一下 ...

诶之前没看到
感谢！！！
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-5 21:27
rogerjun 发表于 2021-7-5 02:54
手册9.5.9.1节ORCA5.0.0新增了一个自动去除辅助基组中的Redundant Basis Functions的功能，我测试了一下 ...

哦那我搞错了，这样说明我们这个功能做完了。。。我问一下他们为什么没有自动在检测到线性相关的时候调用这个方法
作者
Author: rogerjun    时间: 2021-7-5 22:06
Satoru 发表于 2021-7-5 20:04
诶之前没看到
感谢！！！

已算完，没有线性相关问题了，计算的结果也是正确收敛的解
作者
Author: rogerjun    时间: 2021-7-5 22:08
wzkchem5 发表于 2021-7-5 21:27
哦那我搞错了，这样说明我们这个功能做完了。。。我问一下他们为什么没有自动在检测到线性相关的时候调用 ...

是的啊，不能自动调用，得自己加命令进去
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-6 00:08
ORCA 5发布会部分PPT和视频已开放下载：https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/dlext/?cat=15
注：如下载页面所说，禁止把PPT和视频上传至其他地方（如网盘）提供下载
作者
Author: biogon    时间: 2021-7-6 16:36
wzkchem5 发表于 2021-7-6 00:08
ORCA 5发布会部分PPT和视频已开放下载：https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/dlext/?cat=15
注：如下载 ...

我发现了我的电脑上装了orca5以后高斯跑scf迭代轮数很多的时候莫名其妙的会死掉，注释掉以后发现就好了，怀疑是openmpi的问题
不知道有没有别人遇到过这些问题
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-6 16:41
biogon 发表于 2021-7-6 09:36
我发现了我的电脑上装了orca5以后高斯跑scf迭代轮数很多的时候莫名其妙的会死掉，注释掉以后发现就好了， ...

你是说把什么注释掉？以及这个问题可以重复吗？
作者
Author: biogon    时间: 2021-7-7 20:16
wzkchem5 发表于 2021-7-6 16:41
你是说把什么注释掉？以及这个问题可以重复吗？

把openmpi环境变量注释掉就没问题了，不注释掉就反复出现
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-7 20:54
biogon 发表于 2021-7-7 13:16
把openmpi环境变量注释掉就没问题了，不注释掉就反复出现

那你把设置openmpi环境变量的语句写到调用orca的脚本里就行了，不写到bashrc里，这样就不会影响到高斯
好像orca手册也是建议这样做的
作者
Author: sobereva    时间: 2021-7-7 21:17
ene 发表于 2021-7-4 15:15
再说一个有关orca_md的问题，不知道为什么运行步数超过1000，任务就自动停掉了……任务停下时会报这样一个 ...

我也发现有bug，每次跑到1203步时候必死，试了几种体系、各种设置，现象都一样。已经发到官方论坛
https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=11&p=32944#p32944
作者
Author: asdf    时间: 2021-7-8 09:16
sobereva 发表于 2021-7-7 21:17
我也发现有bug，每次跑到1203步时候必死，试了几种体系、各种设置，现象都一样。已经发到官方论坛
https ...

我也是这种情况，都是1137步就死
select: Bad file descriptor
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run
作者
Author: biogon    时间: 2021-7-8 11:20
wzkchem5 发表于 2021-7-7 20:54
那你把设置openmpi环境变量的语句写到调用orca的脚本里就行了，不写到bashrc里，这样就不会影响到高斯
...

那只能先这么用了，openmpi4.0.5的时候都没有遇到这种问题
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-8 15:30
asdf 发表于 2021-7-8 02:16
我也是这种情况，都是1137步就死
select: Bad file descriptor
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458] ...

这个问题ORCA 5.0.1会修复。本质上是orca_md有一个文件每步MD都会打开，但是忘了关
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-7-8 17:07
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-7-8 17:32 编辑

TRAH应该是存在bug还是啥的，会收敛着就卡在一个能量上，而显示的能量变化又是在一直降低的，但实际是在震荡。DIIS的veryslowconv特别迅速地就收敛了，没有明显的震荡。另外需要注意的是，TRAH与slowconv及veryslowconv并不会一起用，如果要一直用slowconv或veryslowconv的DIIS时记得用noTRAH把TRAH关掉
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-8 20:53
hdhxx123 发表于 2021-7-8 10:07
TRAH应该是存在bug还是啥的，会收敛着就卡在一个能量上，而显示的能量变化又是在一直降低的，但实际是在震 ...

注意一个问题：你把thresh和tcut设得比默认值还松（使用verytightscf时， thresh默认为1e-12，tcut默认为1e-14）。。。这么松的thresh和tcut应该是不足以收敛到verytightscf的标准的。我去掉thresh和tcut的设定，并打开TRAH后，SCF 89步收敛，收敛能量-764.036712959977。你另一个帖子算Tb也有这个问题，本想把积分阈值设严，结果比默认还松，当然不收敛。。。
TRAH能量降低又跳回原值不是bug，是因为TRAH有macroiteration和microiteration，每步macroiteration的最后一步microiteration的能量可以比下一步macroiteration的第一步microiteration低。参见TRAH原始文献https://aip.scitation.org/doi/pdf/10.1063/5.0040798
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-7-8 21:01
wzkchem5 发表于 2021-7-8 20:53
注意一个问题：你把thresh和tcut设得比默认值还松（使用verytightscf时， thresh默认为1e-12，tcut默认为 ...

了解了，谢谢老师
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-8 21:07
hdhxx123 发表于 2021-7-8 10:07
TRAH应该是存在bug还是啥的，会收敛着就卡在一个能量上，而显示的能量变化又是在一直降低的，但实际是在震 ...

另外顺便一提，TRAH和slowconv/veryslowconv不能结合使用是feature而不是bug。一般只有在能量振荡的时候才会用到slowconv/veryslowconv，而TRAH是自带linear search的，如果能量升高，会自动退回到上一步波函数并缩小步长，也就是该slow的时候才slow，发现上一步迈大了就撤销上一步然后重新走一小步，不需要slow的时候就放开步子走。所以，发现TRAH和slowconv不会一起用就关掉TRAH是没有任何道理的。
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-7-8 21:08
wzkchem5 发表于 2021-7-8 21:07
另外顺便一提，TRAH和slowconv/veryslowconv不能结合使用是feature而不是bug。一般只有在能量振荡的时候 ...

但是我尝试了一下发现veryslowconv的DIIS速度比TRAH的速度收敛快的多。。在波函数质量有保证的前提下，如果DIIS能收敛的话可以选择关掉TRAH
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-8 22:07
hdhxx123 发表于 2021-7-8 14:08
但是我尝试了一下发现veryslowconv的DIIS速度比TRAH的速度收敛快的多。。在波函数质量有保证的前提下，如 ...

那就是程序自动开TRAH的阈值对于这个体系太松了
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-7-8 22:25
wzkchem5 发表于 2021-7-8 22:07
那就是程序自动开TRAH的阈值对于这个体系太松了

老师，想请问一下Tcut和Thresh在orca4.2.1中的设置与scf级别的设置是怎么样的呢？是orca5中有改变吗？我在orca4.2.1手册的9.6节SCF convergence中没有找到具体的定义
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-8 22:39
hdhxx123 发表于 2021-7-8 15:25
老师，想请问一下Tcut和Thresh在orca4.2.1中的设置与scf级别的设置是怎么样的呢？是orca5中有改变吗？我 ...

应该没有大变化。你自己用orca跑一下就知道了，输入文件不写miniprint，就会打出tcut和thresh值
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-7-8 22:47
wzkchem5 发表于 2021-7-8 22:39
应该没有大变化。你自己用orca跑一下就知道了，输入文件不写miniprint，就会打出tcut和thresh值

好的，谢谢老师
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-7-8 23:30
wzkchem5 发表于 2021-7-8 20:53
注意一个问题：你把thresh和tcut设得比默认值还松（使用verytightscf时， thresh默认为1e-12，tcut默认为 ...

我之前不清楚这个事儿然后orca4.2.1手册里也没具体写，也一直带着miniprint，结果以为这个设置是比较好的设置。跑了才发现像做opt时verytightscf默认就是这么严，其实这两个值一般就应该是Thresh 1e-12 TCut 1e-14；如果不收敛应该设的更小，谢谢老师提醒了！
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-9 00:56
hdhxx123 发表于 2021-7-8 16:30
我之前不清楚这个事儿然后orca4.2.1手册里也没具体写，也一直带着miniprint，结果以为这个设置是比较好的 ...

个人建议平时不要带miniprint和nopop。。。如果计算成功，你基本上可以用grep读你需要的结果，程序多输出一些内容也完全不影响；如果计算失败，那么程序多打出来一些信息反而有助于你找问题在哪。尤其是population analysis，有时候计算收敛到了错误的波函数上，看布居分析结果就能看出来，如果没有布居分析结果，就得导出molden、下到本地然后用可视化软件看，会麻烦不少
作者
Author: biogon    时间: 2021-7-10 15:40
wzkchem5 发表于 2021-7-9 00:56
个人建议平时不要带miniprint和nopop。。。如果计算成功，你基本上可以用grep读你需要的结果，程序多输出 ...

orca未来有支持更高级的相对论哈密顿比如DKH4 X2C之类的计划吗？
哦对了现在有没有能在相对论哈密顿下做波函数优化的程序，bdf发现似乎是没有？
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-10 16:06
biogon 发表于 2021-7-10 08:40
orca未来有支持更高级的相对论哈密顿比如DKH4 X2C之类的计划吗？
哦对了现在有没有能在相对论哈密顿下做 ...

你指的波函数优化是stable=opt吗？BDF本来有这个功能，但是有bug，而且只能用MO基算法，还没有实现AO基算法。
orca有做sf-X2C的打算，但是近期做的概率不太大
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-7-11 19:48
wzkchem5 发表于 2021-7-8 20:53
注意一个问题：你把thresh和tcut设得比默认值还松（使用verytightscf时， thresh默认为1e-12，tcut默认为 ...

老师，我测试了一下，TRAH的效果确实在Tb体系来说远不如纯DIIS。
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-12 15:57
hdhxx123 发表于 2021-7-11 12:48
老师，我测试了一下，TRAH的效果确实在Tb体系来说远不如纯DIIS。

TRAH的迭代次数多于DIIS是正常的，但是至于TRAH对于这个例子为什么不收敛，我还得看一下
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-12 20:55
hdhxx123 发表于 2021-7-11 12:48
老师，我测试了一下，TRAH的效果确实在Tb体系来说远不如纯DIIS。

这个算例TRAH不收敛是因为格点不够大。而且很有意思的是连DefGrid3都不够大，需要用RefGrid才能收敛。DIIS用默认格点能收敛应该只是巧合，你也看到了DIIS收敛也很困难。用RefGrid的情况下，TRAH用了265步收敛，收敛能量-822.886863903289。
这个体系之所以对格点要求这么高，应该是因为f轨道的简并性导致的。Tb3+是4f8，自旋向下的那个f电子可以占据任一个f轨道，理论上占据哪个f轨道得到的能量都是一样的才对，但是如果格点的角向部分不够大，这些态的能量会有细微的区别，导致程序不知道该收敛到哪里去。
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-7-12 21:31
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-7-12 21:53 编辑
wzkchem5 发表于 2021-7-12 20:55
这个算例TRAH不收敛是因为格点不够大。而且很有意思的是连DefGrid3都不够大，需要用RefGrid才能收敛。DII ...

老师，那diis在默认格点下收敛的波函数与RefGrid下TRAH收敛的波函数有明显区别吗？耗时相差多少？（应该不是巧合，我其他十五种稀土离子在默认格点下diis都能正常收敛）
另：diis同TRAH在相同格点下收敛的能量相差多少。



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