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标题: GPU加速的REMD运行报错求助 [打印本页]

作者
Author: 朱莉 时间: 2021-7-2 08:31
标题: GPU加速的REMD运行报错求助
大家好，新学习跑REMD遇到问题请假大家，请大家不吝赐教！我想用GPU加速跑一个REMD，电脑有8个核，我安装了gromacs-2018.4和openmpi-4.1.0，将48个tpr文件放在同一个文件夹中，运行命令：mpirun -np 8 gmx_mpi mdrun -s topol_.tpr -multi 8 -replex 48 -pin on
出现图片中的报错，网上也查了这个问题，但是没有找到解决方法，求助大家这是openmpi安装问题吗，还是我的命令有问题？我用的这个命令可以调用GPU吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-2 08:57
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“GPU加速的REMD”改了，以后务必注意

作者
Author: 朱莉 时间: 2021-7-2 09:36

sobereva 发表于 2021-7-2 08:57
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的，抱歉，多谢老师提醒！

作者
Author: abin 时间: 2021-7-2 09:44
Try again with a non-root user, then report what you have read on your screen.

作者
Author: beyond 时间: 2021-7-2 15:55
你有48个tpr，就是48个replica， -multi 48， -replex是指多少步尝试交换一次
如果用GPU跑REMD，最好是一个GPU跑一个replica

你的情况是-multi 8 -replex 48, Gromacs 只会读取前面8个tpr，每48步交换一次

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