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标题: 求助 x2top生成SiO2基底拓扑文件的问题 [打印本页]

作者
Author: ONTHEWAY 时间: 2021-7-2 08:59
标题: 求助 x2top生成SiO2基底拓扑文件的问题
1 请问用x2top生成拓扑文件时用不用 -nopbc 呢？（下面有我的SiO2基底图）

2 请问生成的拓扑文件中 bond pairs等这些funct 的值可以自己修改吗（就是把1改成2 这样的）（后面的参数不改变的情况下）？
谢谢大家
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作者
Author: ONTHEWAY 时间: 2021-7-2 09:18
然后跑模拟体系就会崩溃下面有我的mdp文件 (, 下载次数 Times of downloads: 31) (, 下载次数 Times of downloads: 35) (, 下载次数 Times of downloads: 34)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-3 03:00
1 你的体系是周期性的，当然不能写-nopbc

2 想改自己改就完了。但是不可能参数不变，你先看手册搞清楚funct=1和funct=2各对应于什么函数形式的成键项、单位是什么。这两种函数形式差很大

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-3 03:01

ONTHEWAY 发表于 2021-7-2 09:18
然后跑模拟体系就会崩溃下面有我的mdp文件

有真空区的体系绝对不要用DispCorr

当前体系不要用Z方向控压，真空区都给你压没了

作者
Author: ONTHEWAY 时间: 2021-7-3 14:05

sobereva 发表于 2021-7-3 03:00
1 你的体系是周期性的，当然不能写-nopbc

2 想改自己改就完了。但是不可能参数不变，你先看手册搞清楚fu ...

好的谢谢老师

作者
Author: ONTHEWAY 时间: 2021-7-3 14:06

sobereva 发表于 2021-7-3 03:01
有真空区的体系绝对不要用DispCorr

当前体系不要用Z方向控压，真空区都给你压没了

好的谢谢老师

作者
Author: shizhao 时间: 2022-1-23 20:24
请问你使用的是什么力场处理SiO2的，gromos力场可以生成top吗

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2022-1-31 12:10

shizhao 发表于 2022-1-23 20:24
请问你使用的是什么力场处理SiO2的，gromos力场可以生成top吗

gromos力场不能用于模拟二氧化硅的，可以用INTERFACEFF，如果用MS的话可以选COMPASS

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-1 00:32

shizhao 发表于 2022-1-23 20:24
请问你使用的是什么力场处理SiO2的，gromos力场可以生成top吗

SiO2这种常见体系搜相关的模拟文献，能找到很多，里面都会提到参数

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