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标题: 求助：低分辨率模型如何提高虚拟筛选成功率？ [打印本页]

作者
Author: Agathaijia 时间: 2021-7-2 15:34
标题: 求助：低分辨率模型如何提高虚拟筛选成功率？
我有一个蛋白受体-小分子配体复合物的晶体结构，分辨率在3.8埃左右。现在我想用这个结合口袋来做虚拟筛选小分子抑制剂，我用autodock vina对几个阳性配体进行了测试，但结果不是太好（打分最高的结果与晶体构象不一致）。所以我怀疑是受体分子的分辨率较低，导致model的结合口袋中，受体蛋白的原子位置不够准确。
不知道对于这种低分辨率的模型，如何提高虚拟筛选的成功率？
如果我用现有的复合物模型用gromacs做能量最小化，能否获得更好的模型呢？
感谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-3 03:06
3.8埃的时候原子位置都靠猜，没法作为判断理论得到的结构的合理性的标准。

做能量极小化可以，但最好还是跑一下结合自由能，最有说服力

作者
Author: Agathaijia 时间: 2021-7-9 09:41

sobereva 发表于 2021-7-3 03:06
3.8埃的时候原子位置都靠猜，没法作为判断理论得到的结构的合理性的标准。

做能量极小化可以，但最好还 ...

谢谢老师！

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