计算化学公社

标题: 计算DOS谱的话，是否可以只做opt而不做freq？ [打印本页]

作者
Author: rugals 时间: 2021-7-2 17:43
标题: 计算DOS谱的话，是否可以只做opt而不做freq？
计算一个150个原子左右的支化链烷烃分子体系。
opt freq b3lyp/6-31g(d) em=gd3bj
win10 64位系统内存设置1500MB CPU核数4

计算了四五天最后报错：Error termination in NtrErr: NtrErr called from FIOCnC.

查看log文件，发现opt是正常的Normal termination。意味着opt过程没问题。
问题出在freq过程中出现了这么一行：
Internal consistency error detected in FileIO for unit 1 I= 9 J= 0 IFAIL=1.
后面就是一长串没什么用的数据，然后就Error termination了。
打开chk，分子空间构型还是有优化的。

我想求助的问题是：
1 这个Error经我搜索，可能是存储不够的问题。但是我硬盘留了250G，log和chk也都仅有100MB不到。可能是别的什么原因？
2 如果是因为前期opt过程迭代次数太多而占了太多空间，那么我利用这次生成的chk重新开始opt+freq计算，是否能够解决问题？（已经在运行了，尚不知结果）
3 我的目的仅仅是利用opt+freq的计算结果导入到gaussSum去看一下dos谱。请问freq计算的失败是否会对dos谱有影响？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-2 18:26
严格来说是需要freq的，因为只有freq没有虚频，你才知道你的结构是对应的极小值点结构。如果真的只是支链烷烃的话，倒是很可能即使有虚频DOS也基本是正确的，但是理论上仍然不严谨。
如果你唯一的目的就是算PDOS的话，其实我觉得从这150个原子的分子里截取大概几十个原子的子体系，把断的键用氢原子补齐，算出来的结果也会和算整个分子差不多，不需要算整个分子

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-3 02:53
Multiwfn绘制DOS的功能远比GaussSum强大灵活好用得多
使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构
http://sobereva.com/482（http://bbs.keinsci.com/thread-13242-1-1.html）
那叫DOS图，不叫“DOS谱”，这根本不是什么谱。

对于Gaussian用fch文件输入即可，不管你的文件是什么任务来的，只要是结构合理，计算级别合理就行。

大体系振动分析可能非常耗硬盘，不要以为有个250GB就可以完全放心，仔细看看硬盘是否写满了。硬盘不够的情况下通过maxdisk关键词事先告诉Gaussian硬盘空间还有多少能用的。
你这种问题最好上传压缩后的输出文件，否则别人根据你的非常粗略的描述不好判断。

PS：普通烷烃体系的DOS没有什么可考察的，做这种分析没意义。

作者
Author: rugals 时间: 2021-7-4 11:24

wzkchem5 发表于 2021-7-2 18:26
严格来说是需要freq的，因为只有freq没有虚频，你才知道你的结构是对应的极小值点结构。如果真的只是支链烷 ...

谢谢大佬。
这个体系已经是子体系了，无法再化简。

另外我求助的第二个问题经验证，无法解决问题。我推测不是硬盘的问题，应该是内存。
因为虽然电脑是64位，但装的gaussian仍然是32位。内存1500MB的体量似乎不够。
下一步考虑换装64位gaussian再试试。

作者
Author: rugals 时间: 2021-7-4 11:28

sobereva 发表于 2021-7-3 02:53
Multiwfn绘制DOS的功能远比GaussSum强大灵活好用得多
使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构
http:/ ...

谢谢大佬。
非量化专业，dos仅做定性辅助用。

求证的第二个问题经验证无法解决。
硬盘也一直没满过，推测不是硬盘问题而是内存问题
因为本机64位系统装的仍是32位gaussian 1500MB的内存似乎不够
下一步考虑换装64位gaussian（如果能搞到的话。没linux）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-4 14:33

rugals 发表于 2021-7-4 04:24
谢谢大佬。
这个体系已经是子体系了，无法再化简。

烷烃的PDOS是非常局域的，因为没有共轭体系，一个碳或者氢的PDOS可能基本只受到周围4~5个键以内的原子的影响。
你可以不妨把这个体系进一步化简，从甲烷开始，不断增加子体系大小，囊括进越来越多的原子（端基用氢原子饱和），然后只看中间那个C以及它上面的H的PDOS。我觉得你囊括进4~5根键以内的原子，就会发现PDOS差不多收敛了。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-7-4 14:45

rugals 发表于 2021-7-4 11:28
谢谢大佬。
非量化专业，dos仅做定性辅助用。

linux根本不是问题，win10下可以装官方WSL（安装教程一搜一大把），这样win/linux双系统同时使用。

作者
Author: rugals 时间: 2021-7-4 14:47

wzkchem5 发表于 2021-7-4 14:33
烷烃的PDOS是非常局域的，因为没有共轭体系，一个碳或者氢的PDOS可能基本只受到周围4~5个键以内的原子的 ...

谢谢大佬指点。
可能我表述不准。我顶楼说的“支化链烷烃”中，
链烷烃的侧链就是有共轭的，而且还是比较大的共轭。因此计算时间比不带共轭的侧链要高出不少。
我的目的就是想考察一下共轭侧链对dos的影响。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-5 04:00

rugals 发表于 2021-7-4 14:47
谢谢大佬指点。
可能我表述不准。我顶楼说的“支化链烷烃”中，
链烷烃的侧链就是有共轭的，而且还是比 ...

侧链带不带共轭根本不直接影响计算耗时

作者
Author: rugals 时间: 2021-7-7 10:01

zjxitcc 发表于 2021-7-4 14:45
linux根本不是问题，win10下可以装官方WSL（安装教程一搜一大把），这样win/linux双系统同时使用。

谢谢指点。
后面闲下来会考虑再组内服务器上弄一套双系统

作者
Author: rugals 时间: 2021-7-7 10:05

sobereva 发表于 2021-7-5 04:00
侧链带不带共轭根本不直接影响计算耗时

我算了几个小体系的感觉是侧链带芳杂环耗时会长一些。

本帖的问题在换装64位gaussian后得到了解决。经监测内存不够应该是报错的主要原因。
感谢各位大佬的倾情相助！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-7-7 10:13

rugals 发表于 2021-7-7 10:01
谢谢指点。
后面闲下来会考虑再组内服务器上弄一套双系统

感觉你搞错了。。。如果是计算专用的机子，直接仅装Linux系统就好了，完全没必要装Windows、甚至装Linux/Win双系统。

在Windows系统里装WSL，这一般不叫装双系统，它可以同时使用两个系统无需重启，适合办公、小型计算、linux文本处理等。装双系统一般指的是装Linux/Win双系统，想切换系统需要重启，略麻烦。

作者
Author: rugals 时间: 2021-7-7 10:19

zjxitcc 发表于 2021-7-7 10:13
感觉你搞错了。。。如果是计算专用的机子，直接仅装Linux系统就好了，完全没必要装Windows、甚至装Linux/ ...

原来如此，理解您的意思了。
我们组主要是做实验，计算用的少。
所谓的服务器也只是个12核E5+64G内存，而且主要是跑COMSOL。会用linux的人不多

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-8 12:37

rugals 发表于 2021-7-7 10:05
我算了几个小体系的感觉是侧链带芳杂环耗时会长一些。

本帖的问题在换装64位gaussian后得到了解决。经 ...

这和有没有芳杂环没直接关系。
同样计算级别下，影响耗时的是原子数，以及体系的形状

作者
Author: rugals 时间: 2021-7-12 20:51

sobereva 发表于 2021-7-8 12:37
这和有没有芳杂环没直接关系。
同样计算级别下，影响耗时的是原子数，以及体系的形状

OK 多谢大佬

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