计算化学公社
标题: 请问有木有人用过G4(MP2)-6X计算能量的呢？ [打印本页]
作者Author: 快乐如我 时间: 2015-12-18 21:38
标题: 请问有木有人用过G4(MP2)-6X计算能量的呢？
请教各位前辈，因为想重复文献上相似的结构，需要用到 G4(MP2)-6X 计算能量，请问输入文件应该是什么样的呢？有木有人用过呢？
作者Author: sobereva 时间: 2015-12-19 00:03
目前没有程序直接支持G4(MP2)-6X
非要重复能量需要自己按照原文的计算流程自行实现，或者用原文的补充材料里提供的perl脚本调用Gaussian算（http://pubs.acs.org/doi/suppl/10.1021/ct100542x）
如果只是重复其优化的结构就在BMK/6-31+G(2df,p)下优化就完了
没必要非得用这个方法，你算得动G4就用G4就完了，虽然耗时比这个高不少但精度还好一点，如果G4算不动就用G4(MP2)
2018-Aug-17补充：怎么用G4(MP2)6-2X，笔者专门写了篇文章做了详细说明：
高性价比热力学组合方法G4(MP2)-6X的计算方法
http://sobereva.com/419
作者Author: 快乐如我 时间: 2015-12-19 02:55
好的，太感谢老师了
作者Author: 风飞 时间: 2018-8-16 16:10
老师：您好！按照您的帖子操作，我安装了activeperl, 然后复制了您的.pl文件，用perl执行后，没有找到输出结果，或者是我不知道去哪找输出结果，请问是怎么回事呢？
(, 下载次数 Times of downloads: 54)
(, 下载次数 Times of downloads: 60)
作者Author: sobereva 时间: 2018-8-17 10:51
就老老实实用Linux不好？
装个虚拟机比你折腾这个省事多了
作者Author: 风飞 时间: 2018-8-17 13:40
谢谢老师，那我去试试，
作者Author: Shine剪水 时间: 2018-8-17 16:27
Win10有Linux子系统可以用
作者Author: 风飞 时间: 2018-8-18 14:59
老师：您好！群里的老师说，在用热力学组合方法处理数据时，过渡态和中间体的热力学数据组合方法的输入都是：# BMK/6-31+G(2df,p) Opt，您也说，热力学组合方法本身就包含部分优化，那么如果过渡态在用热力学组合方法计算数据时，不加calcfc,ts,noeigen，优化出的过渡态还是我之前的过渡态吗？
另外，对于您说的一般人得到G(T),H(T),是以B3LYP/6-31G*为基础，如果以m062X-D3/6-311G**为基础是否可以，进行较好级别的单点能计算时，采用m062X-D3/def2-QZVP,可以吗？和您建议的B2PLYP/def2-TZVP相比，怎样呢？我的体系含CHNO原子，原子个数最多15个
作者Author: 风飞 时间: 2018-8-18 15:00
我的系统不是win10的，我已近安装了一个虚拟机，谢谢您
作者Author: sobereva 时间: 2018-8-19 12:58
不写calcfc,ts,noeigen显然优化出的是极小点
用M062X-D3/6-311G**优化和做振动分析可以
QZ级别基组给普通泛函用纯粹是糟蹋时间，平均精度不可能比B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVP好，在此基础上要更好结果可以B2PLYP-D3(BJ)/def2-QZVP
作者Author: 风飞 时间: 2018-8-19 15:18
linuX的perl, 我已经装好了，重复了一下您帖子的内容，也成功了，谢谢老师！
其实我还在纠结那个问题，如果我采用热力学组合分析法，处理热力学数据，（该方法自带优化部分）处理过程种会得到新的TS和中间体，我还需要用这个方法走一下IRC吗？
还是可以直接用这个热力学数据在原来的路径上进行分析(只用热力学数据，而不用其重新得到结构)，可是这样做似乎又违背了您说的opt/ts/IRC 方法和理论必须一样的规则，
昨天我试了一下热力学组合方法，耗时真的多了好多，如果在走一个IRC，感觉根本算不完了。
所以打算还是采用您说的”一般人“的方法处理G和H来发文章。您看可以吗？
作者Author: sobereva 时间: 2018-8-19 22:56
对基本原理若没搞得特别明白，就用一般人的做法就完了
作者Author: 风飞 时间: 2018-8-20 16:57
本帖最后由 风飞 于 2018-8-20 20:49 编辑
嗯，好的，
1.我已近采用较高级别的算了一组数据了，得到的out文件（State=2-A|HF=-319.0499787|MP2=-319.418166|S2=0.787605|S2-1=0.|S2A=0.750473|RMSD=8.844e-009|PG=C01）中的能量用哪呢？ 是MP2的吗？
2.老师，在用高级别算单点能得时候，出现502得错误，还是按照您说得解决502的方法去解决吗？
3.老师：我在计算反应路劲的时候，先找TS，然后走IRC. 我算出了很多的TS，通过走IRC得到中间体，然后把这些反应串起来，有时候发现，有些中间体很像，能量有时也只相差几零点几kcal/mol,有时是零点零几kcal/mol.请问当这些中间体的结构很像，能量相差多少时，可以看作是同一种物质呢？比如：3.79/3.86 5.44/5.12/4.79 14.55/13.67
作者Author: sobereva 时间: 2018-8-20 23:04
1 如果你是用的双杂化算的，取MP2
2 是
3 走IRC无法得到准确中间体结构，必须对末端结构进一步优化才能得到
作者Author: 风飞 时间: 2018-8-20 23:12
本帖最后由 风飞 于 2018-8-20 23:14 编辑
老师，我采用的用的是您推荐的B2PLYP-D3(BJ)/def2-QZVP,进行能量计算的
针对第三问题，我是走了IRC，然后对末端的的结构做了进一步优化后。对于这些基元反应，我在串起整条路径时，发现有些路径的中间体结构很像，有些中间体的能量差值很小，如上所述，是否可以说它们是一样的呢？
作者Author: QuantumHan 时间: 2019-3-7 22:41
请问老师，用G4(MP2)-6X优化极小点的结构，在算Freq这一步时自动跳到下一步CCSD(T,FrzG4)/GTBas1。没有算第二步freq程序就直接算单点了，是什么原因呢？
输入文件是按照模板文件写的呢
作者Author: sobereva 时间: 2019-3-8 05:55
程序肯定会按照--link1--依次执行，不会没有原因地直接跳过，注意看输出文件里的信息判断
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