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标题: 一下子把所有out文件中的紫外光谱信息都画出来的脚本 [打印本页]

作者
Author: exity 时间: 2021-7-4 12:17
标题: 一下子把所有out文件中的紫外光谱信息都画出来的脚本
本帖最后由 exity 于 2021-7-4 19:09 编辑

研究分子可见-紫外吸收光谱时经常会使用不同的条件进行tddft计算，以研究泛函、基组、溶剂模型等计算条件对输出光谱的影响。例如，ORCA里有时候就会评估cosx或tda开启对“耗时-精度”的影响，需要集中输出多组光谱用于对比。
虽然multiwfn已经能很便利的输出紫外光谱“波长-强度”的txt文件，但如果要把多个光谱txt画在一张excel或origin里还是需要用到excel的数据分列或文本编辑器的按列选择，不是特别方便也容易出错。

利用shell脚本能把多个out文件的波长-强度的文件整合到一起，然后

全选-黏贴到excel-直接插入曲线图就可以了出图

非常爽，推荐使用3~4个out文件体验一下。

这个啰里啰唆的脚本实现了如下功能：

1. 自动调用multiwfn输出指定波长范围的紫外光谱
2. 多个tddft计算的out文件中的吸收光谱信息合并后输出为一个完整的txt，直接贴到excel中，无需任何格式改动直接绘图。
3. 对应的列数据的第一行为out文件的文件名

使用环境要求
multiwfn 已加入环境变量并能顺利调用
dos2unix 工作正常（如果你是纯linux环境就不是必须，如果你在win和unix反复横跳则必须）

使用方法：
把所有输出的out文件和本脚本放在同一文件夹中
chmod +x allinOne.sh
运行之
就能得到allinOne.txt 里面是各个out文件里的光谱汇总，直接全选黏贴到excel就能绘图了（无需任何格式更改或者分列操作）

脚本的前面几行是设置光谱的起始范围和步长的，根据需要进行调节即可，例如你想看300-500 nm 步长为10，就修改成下面的样子就行了。

#设置光谱输出范围和步长
from=300 #nm
end=500 #nm
step=10
#设置完毕

运行后会出现一个名为tmpbackup的文件夹，是脚本运行过程时产生的临时文件，包括单独的光谱文件，可能会在某些特殊情况下有使用价值，故特意保留了。
如果不需要此文件夹
在脚本最后添加
rm -r tmpbackup
即可

作者
Author: ggdh 时间: 2021-7-4 18:47
请问这里的out文件是哪来的啊？orca计算得到的么？

作者
Author: exity 时间: 2021-7-4 19:03

ggdh 发表于 2021-7-4 18:47
请问这里的out文件是哪来的啊？orca计算得到的么？

高斯 orca都行，只要是tddft的输出文件。
钟叔这个问题怪怪的啊

作者
Author: ggdh 时间: 2021-7-4 21:19

exity 发表于 2021-7-4 19:03
高斯 orca都行，只要是tddft的输出文件。
钟叔这个问题怪怪的啊

哦哦因为gaussian的输出文件是*.log把

你怎么兼容一下，不然我还得重命名啊。。。

作者
Author: exity 时间: 2021-7-4 21:32
本帖最后由 exity 于 2021-7-4 21:37 编辑

ggdh 发表于 2021-7-4 21:19
哦哦因为gaussian的输出文件是*.log把
你怎么兼容一下，不然我还得重命名啊。。。

钟老师自己rename 's/.log/.out/g' *.log 一下嘛，我这个脚本写的啰嗦的很，我怕改了就会报错，我自己水平菜一时半会儿还查不出来。

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