计算化学公社

标题: 用castep过渡态搜索成功该怎么办？ [打印本页]

作者
Author: 计算小白请关照 时间: 2021-7-5 15:04
标题: 用castep过渡态搜索成功该怎么办？
反应物 (, 下载次数 Times of downloads: 20) 生成物： (, 下载次数 Times of downloads: 20) 。这里是Ni3Al的2*2*2的超晶胞。图中粉色原子为Al原子，蓝色为Ni原子，这里主要为了计算Al原子从Al位点扩散到Ni空位所需要的跃迁壁垒的能量。然后我用castep进行TS search（反应物和生成物之前进行了结构优化）。相关的计算参数为：RMS convergence :0.01 eV/A, cut off : 500 eV,  K points : 5*5*5.
结果如下:

(, 下载次数 Times of downloads: 26)

text 文件里显示：

Transition State Found!
Energy of reactant:                -32546.43073 eV
Energy of product:                -32545.83044 eV
Energy of transition state:       -32545.54188 eV
Location of transition state:          0.64681
Barrier from reactant:                0.88885 eV
Barrier from product:                   0.28855 eV
Energy of reaction:                   0.60029 eV。

在这里想请教大家：接下来我需要怎么去做？所述的 barrier from reactant 救是我需要的从Al原子从Al位点扩散到Ni空位所需要的跃迁能量壁垒的值吗？是否还需要继续优化？

恳请大家指导，谢谢。

作者
Author: 计算小白请关照 时间: 2021-7-6 10:32
自己顶顶

作者
Author: 计算小白请关照 时间: 2021-7-6 11:45
需要计算现在找的对应的过渡态的phonon性能吗？然后看是否其有虚频？

作者
Author: yz-97 时间: 2023-5-27 12:06
您好，这个问题您解决了吗？我也是计算出结果以后不知道用哪些参数去分析了。可以请教您一下吗？能垒图要用哪些参数呀？

作者
Author: 计算小白请关照 时间: 2023-5-29 10:12

yz-97 发表于 2023-5-27 12:06
您好，这个问题您解决了吗？我也是计算出结果以后不知道用哪些参数去分析了。可以请教您一下吗？能垒图要用 ...

迁移能 “Barrier from reactant" 。

作者
Author: hpq 时间: 2023-5-29 14:39
用过渡态的结构算个频率看是否只有一个虚频

作者
Author: 土拨鼠lt 时间: 2024-5-7 14:48
您好，如何知道自己算过渡态算成功呢，我看视频上说需要对底部原子进行固定，我固定上层原子后，能量偏低，而且算得的barrier of reactant 的能量低于产物，求助求助

作者
Author: Yyyw 时间: 2024-6-27 22:55

hpq 发表于 2023-5-29 14:39
用过渡态的结构算个频率看是否只有一个虚频

老师您好，我想问下我用CASTEP TSsearch搜索出来的过渡态.xsd文件，用Vibrational Analysis计算得到的是这样的一张结果，是为啥呀

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-6-28 01:40

Yyyw 发表于 2024-6-27 22:55
老师您好，我想问下我用CASTEP TSsearch搜索出来的过渡态.xsd文件，用Vibrational Analysis计算得到的是 ...

你需要对过渡态结构进行与结构优化完全相同计算参数（包括计算精度和赝势还有理论方法）的声子谱，然后再做振动分析。

作者
Author: Yyyw 时间: 2024-6-28 08:34

卡开发发发表于 2024-6-28 01:40
你需要对过渡态结构进行与结构优化完全相同计算参数（包括计算精度和赝势还有理论方法）的声子谱，然后再 ...

请问是算完声子谱里面的结果文件里面的这部分有个虚频就说明找对了是吗

(, 下载次数 Times of downloads: 14)

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-6-28 10:23

Yyyw 发表于 2024-6-28 08:34
请问是算完声子谱里面的结果文件里面的这部分有个虚频就说明找对了是吗

虚频对应的振动模式按道理要沿着你反应/迁移方向，不过这个虚频值也太小了，找过渡态CASTEP的短板比较严重。

作者
Author: Yyyw 时间: 2024-6-28 10:48

卡开发发发表于 2024-6-28 10:23
虚频对应的振动模式按道理要沿着你反应/迁移方向，不过这个虚频值也太小了，找过渡态CASTEP的短板比较严 ...

能再详细请教一下“虚频对应的振动模式按道理要沿着反应/迁移方向”这个应该怎么看呢，以及如果频率算出来有两个负数应该怎么办，感谢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-6-28 11:20

Yyyw 发表于 2024-6-28 10:48
能再详细请教一下“虚频对应的振动模式按道理要沿着反应/迁移方向”这个应该怎么看呢，以及如果频率算出 ...

你可以在上面那个vibrational analysis的框当中选中负的频率值（实际应当是虚频），看看那个animation是否能预览，如果可以得到xtd的轨迹，看看其箭头是否沿着反应路径。

作者
Author: Yyyw 时间: 2024-6-28 11:39

卡开发发发表于 2024-6-28 11:20
你可以在上面那个vibrational analysis的框当中选中负的频率值（实际应当是虚频），看看那个animation是 ...

好奇怪，我咋算完声子谱后vibrational analysis的框当中还是没有负的频率值，懵了

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-6-28 11:57

Yyyw 发表于 2024-6-28 11:39
好奇怪，我咋算完声子谱后vibrational analysis的框当中还是没有负的频率值，懵了

在Vibraitonal Analysis->Options->Calculation当中去除勾选Project out zero frequency modes试试。但大概率你的过渡态的虚频可能只是噪声引起的，这体系还是不太建议CASTEP做。

作者
Author: Yyyw 时间: 2024-6-28 12:06

卡开发发发表于 2024-6-28 11:57
在Vibraitonal Analysis->Options->Calculation当中去除勾选Project out zero frequency modes试试。但大 ...

感谢老师耐心解答，确实取消勾选了也没有

，那这是另一个过渡态的声子谱，有两个虚频，如果在正确的情况下碰到两个虚频应该怎么处理（我这图大概率也都不是正确的

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-6-28 12:24

Yyyw 发表于 2024-6-28 12:06
感谢老师耐心解答，确实取消勾选了也没有，那这是另一个过渡态的声子谱，有两个虚频，如果在正确的情 ...

取消之后重新在Analysis点击Calculate看看？两个虚频对CASTEP也没办法进一步精修过渡态，所以我说找过渡态其实用CASTEP很麻烦。

作者
Author: Yyyw 时间: 2024-6-28 12:35

卡开发发发表于 2024-6-28 12:24
取消之后重新在Analysis点击Calculate看看？两个虚频对CASTEP也没办法进一步精修过渡态，所以我说找过渡 ...

图里就是取消之后重新calculate过的，hh。我看大部分硕博论文都用CASTEP算。感谢老师耐心解答我这个小白的每个问题，受益匪浅

感谢感谢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-6-28 12:45

Yyyw 发表于 2024-6-28 12:35
图里就是取消之后重新calculate过的，hh。我看大部分硕博论文都用CASTEP算。感谢老师耐心解答我这个小白 ...

没办法，反应方面MS CASTEP确实也就这样了，虽然可以用ase去调用，但门槛会有一些，不如直接去用QE或者VASP或者Abinit。

作者
Author: zhangwenbiao 时间: 2024-10-24 10:32

Yyyw 发表于 2024-6-27 22:55
老师您好，我想问下我用CASTEP TSsearch搜索出来的过渡态.xsd文件，用Vibrational Analysis计算得到的是 ...

你好，请问一下，你这个Vibrational Analysis使用哪个模块算的啊？castep模块我没找到Vibrational Analysis呢

作者
Author: zhangwenbiao 时间: 2024-10-24 17:02

Yyyw 发表于 2024-6-27 22:55
老师您好，我想问下我用CASTEP TSsearch搜索出来的过渡态.xsd文件，用Vibrational Analysis计算得到的是 ...

你好，请问一下，vibrational analysis分析的输入文件是啥？我这个框框是灰色的，我是提交到超算计算的，是不是需要.check文件啊？

作者
Author: zhangwenbiao 时间: 2024-10-24 17:08

Yyyw 发表于 2024-6-27 22:55
老师您好，我想问下我用CASTEP TSsearch搜索出来的过渡态.xsd文件，用Vibrational Analysis计算得到的是 ...

你好，请问一下这个vibrational analysis 的输入文件是啥啊？我这个框一直是灰色的，我实在超算计算的，是不是需要把.check文件下载到本地才行啊？

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