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标题: 丝氨酸的左旋SER和右旋DSN两种手性分子的拓扑问题 [打印本页]

作者
Author: 961106 时间: 2021-7-5 20:10
标题: 丝氨酸的左旋SER和右旋DSN两种手性分子的拓扑问题
老师您好，我想分别创建丝氨酸的左旋SER和右旋DSN两种手性分子的拓扑文件。直接用pdb2gmx创建时，发现charmm36力场里本身就有对左旋SER的定义可以直接创建。
但是创建右旋时报错了Reside ‘DSN’ not found in residue topology database.但是我把pdb里的DSN字符替换成SER时发现可以创建，但是得到的结构文件里原子的排列顺序发生了变化，变成了和SER相同的顺序，请问老师我可以通过这种方式获得DSN的拓扑文件吗？谢谢老师

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-7-5 22:24
按理说左旋右旋只和坐标有关。你看看坐标的手性对不对就好了

作者
Author: naoki 时间: 2021-7-6 00:29
根据GROMACS二面角的定义，左旋和右旋的拓扑应该是一样的，感觉可以直接用，就是这个拓扑文件和你的坐标文件的原子顺序能对上就行了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-6 08:51
右旋相当于非标准残基，自然在标准的rtp里面没有
你这种做法得到的拓扑文件能不能行实际跑起来看看DSN部分的结构就知道

作者
Author: 961106 时间: 2021-7-22 18:03

sobereva 发表于 2021-7-6 08:51
右旋相当于非标准残基，自然在标准的rtp里面没有
你这种做法得到的拓扑文件能不能行实际跑起来看看DSN部分 ...

谢谢老师，我用pdb2gmx对这两个pdb文件创建得到的结构确实是有差异的，是手性对称的，模拟跑了也没有出错，就是右旋和左旋的拓扑是一样的，用的都是标准的rtp里的，请问老师我可以这样操作吗？谢谢

作者
Author: 961106 时间: 2021-7-22 18:04

naoki 发表于 2021-7-6 00:29
根据GROMACS二面角的定义，左旋和右旋的拓扑应该是一样的，感觉可以直接用，就是这个拓扑文件和你的坐标文 ...

生成的结构文件里原子的排列顺序已经自动变成了拓扑文件里的顺序，运行也没有报错，请问可以这样创建吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-23 03:32

961106 发表于 2021-7-22 18:03
谢谢老师，我用pdb2gmx对这两个pdb文件创建得到的结构确实是有差异的，是手性对称的，模拟跑了也没有出错 ...

实际跑出来的轨迹看起来没异常就可以

作者
Author: 961106 时间: 2021-7-23 14:29

sobereva 发表于 2021-7-23 03:32
实际跑出来的轨迹看起来没异常就可以

再次感谢老师

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