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标题: Gaussian优化后NH4+上的H原子位置转移 [打印本页]

作者
Author: Lapheal 时间: 2021-7-7 10:48
标题: Gaussian优化后NH4+上的H原子位置转移
各位老师好，我在用Gaussian优化下图分子基态后，发现铵根上的一个H原子转移到了旁边的 O- 上。

请问有没有方法可以优化分子基态并使得这个H不转移？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-7 14:48
可能这个转移过程没有势垒。如果是这样的话，谈论“如何使得这个H不转移”是没有意义的，因为现实世界里它本来就会转移。除非你不想模拟真实体系，想模拟一个虚构世界里的化学。

作者
Author: Lapheal 时间: 2021-7-7 16:22

wzkchem5 发表于 2021-7-7 14:48
可能这个转移过程没有势垒。如果是这样的话，谈论“如何使得这个H不转移”是没有意义的，因为现实世界里它 ...

  好的，十分感谢老师答疑。
  还有几点不是很清楚想要请教一下。

  1、那老师我想优化后并保持铵根离子的完整性这种方法是错误的吗？

  2、我想要优化完继续算该分子的其他参数，那么用这个H转移了的模型继续往后算是可行的吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-7 16:32

Lapheal 发表于 2021-7-7 09:22
好的，十分感谢老师答疑。
还有几点不是很清楚想要请教一下。

1. 如果这个铵根离子在羧酸根附近时，本来就不存在完整的稳定结构，那你就不可能找到完整的结构（虽然这好像是废话）。这不是方法错误的问题，而是你的目标无法达成的问题。就好比水分子是H-O-H成键，你非要让优化以后是O-H-H成键，不能说这是方法错误，这属于目的错误。
2. 这取决于你这个研究的目的。你可以继续往后算，但不能把这个叫做PhCOO- NH4+，而只能叫做PhCOOH和NH3的复合物。如果这个质子即便转移过去了，你的研究课题还是想研究它，那就可以继续往下算，否则就应该说PhCOO- NH4+这个结构不存在，就不往下算了。

作者
Author: Lapheal 时间: 2021-7-7 16:43

wzkchem5 发表于 2021-7-7 16:32
1. 如果这个铵根离子在羧酸根附近时，本来就不存在完整的稳定结构，那你就不可能找到完整的结构（虽然这 ...

好的，受教了老师。
感谢老师答疑，老师辛苦了。

作者
Author: 朱陈 时间: 2022-3-26 23:49

wzkchem5 发表于 2021-7-7 16:32
1. 如果这个铵根离子在羧酸根附近时，本来就不存在完整的稳定结构，那你就不可能找到完整的结构（虽然这 ...

老师，打扰您了。想请问您一下这个氢转移过程应该和泛函和基组的使用没有什么关系吧，在当前的体系中是客观存在的情况。谢谢老师

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-27 18:24

朱陈发表于 2022-3-26 16:49
老师，打扰您了。想请问您一下这个氢转移过程应该和泛函和基组的使用没有什么关系吧，在当前的体系中是客 ...

有一定关系，但是可能关系不太大。如果怀疑氢转移过去不是客观存在的，那就只能提高理论级别，看看氢原子是不是仍然转移过去

作者
Author: 朱陈 时间: 2022-3-27 18:34

wzkchem5 发表于 2022-3-27 18:24
有一定关系，但是可能关系不太大。如果怀疑氢转移过去不是客观存在的，那就只能提高理论级别，看看氢原子 ...

好的，谢谢老师！

作者
Author: perles 时间: 2025-10-9 20:30
本帖最后由 perles 于 2025-10-9 20:32 编辑

wzkchem5 发表于 2021-7-7 16:32
1. 如果这个铵根离子在羧酸根附近时，本来就不存在完整的稳定结构，那你就不可能找到完整的结构（虽然这 ...

老师你好，我也遇到了类似的问题。我的分子被羟基自由基攻击后，对irc产物端进行结构优化，发现优化后O29上的氢原子转移到旁边的O21上。请问这个优化后的结构合理吗？是否能用这个结构进行后续的计算？（图1为irc产物端最后一帧，图2为对其结构优化后）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-10-10 10:19

perles 发表于 2025-10-9 20:30
老师你好，我也遇到了类似的问题。我的分子被羟基自由基攻击后，对irc产物端进行结构优化，发现优化后O29 ...

画出羟基进攻前后的分子的主要共振式，用有机化学常识分析进攻后O21的碱性是否明显增强，O29的碱性是否明显减弱。如果是，说明这个质子转移是合理的

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