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标题: 用GROMACS提取特定结构自由能数据求助 [打印本页]

作者
Author: landian666 时间: 2021-7-7 16:55
标题: 用GROMACS提取特定结构自由能数据求助
假如用GROMACS模拟了一个复杂DNA结构在水溶液中的轨迹，想请教一下怎么不考虑体系中的水，只提取这个复杂DNA结构每一帧结构的自由能数据？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-8 12:10
你应该说清楚你的实际目的是什么

作者
Author: landian666 时间: 2021-7-8 15:52

sobereva 发表于 2021-7-8 12:10
你应该说清楚你的实际目的是什么

我是先对轨迹进行了簇分析，然后想知道每个簇代表结构的自由能，不知该如何提取，谢谢sob老师~

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2021-7-9 02:17

landian666 发表于 2021-7-8 15:52
我是先对轨迹进行了簇分析，然后想知道每个簇代表结构的自由能，不知该如何提取，谢谢sob老师~

如果你的轨迹是通过普通的MD或者replica exchange得到的平衡后的轨迹，一个可行但相对而言粗糙的办法就是统计每个簇里面包含了多少个结构，然后除以总数得到一个概率，再F = -RTlnP。每个簇的代表结构该怎么选，是由你使用的簇分析的方法决定的。

作者
Author: landian666 时间: 2021-7-9 09:35

Daniel_Arndt 发表于 2021-7-9 02:17
如果你的轨迹是通过普通的MD或者replica exchange得到的平衡后的轨迹，一个可行但相对而言粗糙的办法就是 ...

谢谢回复，我还是不太明白，我得理解是P是概率，T是温度，R代表什么？F是自由能？
另外有没有直接可以从模拟的.edr文件提取自由能的方法？

作者
Author: landian666 时间: 2021-7-12 12:40

Daniel_Arndt 发表于 2021-7-9 02:17
如果你的轨迹是通过普通的MD或者replica exchange得到的平衡后的轨迹，一个可行但相对而言粗糙的办法就是 ...

F = -RTlnP表示的是吉普斯自由能吗？跟下面这个公式一样类似么G(x)=-kT*Ln(P(x))+常数

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