计算化学公社

标题: 用genmixmem构建混合组分的膜体系不知错在哪里，总提示input conversation error？ [打印本页]

作者
Author: bingzan 时间: 2021-7-8 13:03
标题: 用genmixmem构建混合组分的膜体系不知错在哪里，总提示input conversation error？
计算纯小白，需要构建POPC/POPG=3/1的混合组分膜体系。通过http://sobereva.com/245学习了genmixmem方法。但是不明白其中例如“pdbinput\PC364z.pdb,5,24”中最后的数字什么意思？原作者注释“#是每个磷脂类型的结构文件，在每层中的数目，以及定位原子是几号原子”。我不明白什么叫定位原子？

另外，我按照原贴中的参数进行了设置，提示如下：请问我是哪里错了？感谢指教！

作者
Author: lyj714 时间: 2021-7-8 13:08
本帖最后由 lyj714 于 2021-7-8 13:13 编辑

第一个数字每一层的该磷脂数量，第二个数字指的参考原子编号，也就是pdb中该原子编号，用于定位用，也就是会以该原子来平移磷脂到之前设置的两个参考z值上。
输入的pdb必须是磷脂小分子，看你发的图有一万多个原子，明显你理解错误。

作者
Author: bingzan 时间: 2021-7-8 18:02
本帖最后由 bingzan 于 2021-7-8 18:04 编辑

lyj714 发表于 2021-7-8 13:08
第一个数字每一层的该磷脂数量，第二个数字指的参考原子编号，也就是pdb中该原子编号，用于定位用，也就是 ...

我明白了，十分感谢！我之前用的pdb含了几百个lipid，所以出错了。现在我换成了只含一个lipid 的pdb，但是发现了另一个问题，这是我的input文件：
#
# Lipid double layer with water above and below
#

tolerance 2.0
filetype pdb
output bilayer.pdb

#first layer of water
structure water.pdb
  number 2000
  inside box 0. 0. 0. 72. 72. 25
end structure

#second layer of water
structure water.pdb
  number 2000
  inside cube 0. 0. 75. 72. 72. 100.
end structure

structure POPG.pdb
  number 127
  inside box 0. 0. 20. 70. 70. 50.
  atoms 67
below plane 0. 0. 1. 25.
  end atoms
  atoms 1
over plane 0. 0. 1. 48.
  end atoms
end structure

structure POPC.pdb
  number 134
  inside box 0. 0. 20. 70. 70. 50.
  atoms 70
below plane 0. 0. 1. 25.
  end atoms
  atoms 1
above plane 0. 0. 1. 48.
  end atoms
end structure

但是一直报错：ERROR: Packmol was unable to put the molecules       in the desired regions even without
      considering distance tolerances.
      Probably there is something wrong with
      the constraints, since it seems that
      the molecules cannot satisfy them at
      at all.
      Please check the spatial constraints and
      try again.
  >The maximum number of cycles (       80 ) was achieved.
You may try increasing it with the nloop0 keyword, as in: nloop0 1000

拜托指教感谢！！

作者
Author: lyj714 时间: 2021-7-8 18:23

bingzan 发表于 2021-7-8 18:02
我明白了，十分感谢！我之前用的pdb含了几百个lipid，所以出错了。现在我换成了只含一个lipid 的pdb，但 ...

不明白你为何还要用packmol，自己设置有一点不合理都可能很难收敛，用genmixmem就是为了克服packmol难收敛的问题。

作者
Author: bingzan 时间: 2021-7-8 22:34
我发现了哈哈。
后来用genmixmem和charmm-gui都成功了，感谢指教！！！

作者
Author: 白衣 时间: 2021-11-8 17:22

bingzan 发表于 2021-7-8 22:34
我发现了哈哈。
后来用genmixmem和charmm-gui都成功了，感谢指教！！！

请问您是怎么解决的呀？

作者
Author: bingzan 时间: 2021-12-16 14:31

白衣发表于 2021-11-8 17:22
请问您是怎么解决的呀？

你用charmm-gui的membrane builder直接设置就好了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)