计算化学公社

标题: win系统中Packmol安装好，初次使用时无法识别路径，请问是哪步出问题了呢？ [打印本页]
作者
Author: 落微    时间: 2021-7-9 21:07
标题: win系统中Packmol安装好，初次使用时无法识别路径，请问是哪步出问题了呢？
各位老师好，第一次使用packmol，想构建一个含有100个萘分子的立方体模型，但遇到无法识别路径的问题，不知道哪一步出了问题，烦请各位老师指点。
(, 下载次数 Times of downloads: 55) (, 下载次数 Times of downloads: 60) (, 下载次数 Times of downloads: 59)
作者
Author: 牧生    时间: 2021-7-10 09:05
不要使用powershell

http://bbs.keinsci.com/thread-22940-1-1.html
作者
Author: sobereva    时间: 2021-7-10 09:09
packmol后头加空格。始终看清楚我博文里每一个空格

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）
作者
Author: 落微    时间: 2021-7-13 20:53
本帖最后由 落微 于 2021-7-13 20:57 编辑
sobereva 发表于 2021-7-10 09:09
packmol后头加空格。始终看清楚我博文里每一个空格

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
您好sobereva老师，加了空格还是不能运行，请问是什么情况呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 51)
D:\packmol_18.169_win64
作者
Author: 落微    时间: 2021-7-13 20:57
牧生 发表于 2021-7-10 09:05
不要使用powershell

http://bbs.keinsci.com/thread-22940-1-1.html

嗯嗯，换成cmd了还是不行
作者
Author: 牧生    时间: 2021-7-13 21:01
本帖最后由 牧生 于 2021-7-13 21:06 编辑

http://sobereva.com/473
至少看清楚这一部分的内容，注意后缀。

inputfile.pdb是错误的
(, 下载次数 Times of downloads: 56)




作者
Author: wwj    时间: 2021-7-13 21:04
落微 发表于 2021-7-13 20:57
嗯嗯，换成cmd了还是不行

首先你得在cmd中进入到pdb和inp文件所在的文件夹，然后运行packmol < **.inp**代表文件名
作者
Author: 落微    时间: 2021-7-13 21:23
wwj 发表于 2021-7-13 21:04
首先你得在cmd中进入到pdb和inp文件所在的文件夹，然后运行packmol < **.inp**代表文件名

你好老师，请问怎么进入文件夹呢？是直接在C:\Users\admin\Desktop>后输入D:\packmol_18.169_win64吗？
作者
Author: 落微    时间: 2021-7-13 21:26
本帖最后由 落微 于 2021-7-13 21:27 编辑
牧生 发表于 2021-7-13 21:01
http://sobereva.com/473
至少看清楚这一部分的内容，注意后缀。

您好，pdb文件和box_inp文件都有，运行出来如下图，另外，请问当前文件夹是指packmol.exe所在文件夹吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 60)
作者
Author: wwj    时间: 2021-7-14 09:18
落微 发表于 2021-7-13 21:23
你好老师，请问怎么进入文件夹呢？是直接在C:%users\admin\Desktop>后输入D:\packmol_18.169_win64吗？

这些都可以网上学到啊
cd C:\WINDOWS  //跳转到当前硬盘的其他文件
d:        //跳转到其他硬盘
cd /d e:\software    //跳转到其他硬盘的其他文件夹
cd..      //跳转到上一层目录
等等
作者
Author: sobereva    时间: 2021-7-14 16:18
落微 发表于 2021-7-13 21:26
您好，pdb文件和box_inp文件都有，运行出来如下图，另外，请问当前文件夹是指packmol.exe所在文件夹吗？
...

就是提示符提示的目录




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3