计算化学公社

标题: saveamberparm出错求助 [打印本页]

作者
Author: Freshfish 时间: 2021-7-9 23:42
标题: saveamberparm出错求助
本帖最后由 Freshfish 于 2021-7-10 10:29 编辑

各位老师好：
我有一个pdb文件，我按照教程去处理后，在保存拓扑、坐标文件时报错许多H原子无法识别。
FATAL:  Atom .R<THR 58>.A<H1 15> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<THR 58>.A<H2 16> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<THR 58>.A<H3 17> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<TRP 607>.A<H1 25> does not have a type.
……
我根据网上的信息，不能识别的大多数是非标准氨基酸，为什么tleap自己加载的氢也无法识别呢？有什么解决办法吗？

ps1:
我的处理步骤如下：
1. pymol删除NAG、Zn;
2. pdb4amber -i -o --reduce --dry加氢去水，该步骤提示gaps，例如：gap of 4.828313 A between VAL 57 and THR 58
3. tleap加载ff14sb力场，加载pdb蛋白，提示加了许多新的原子，例如：Created a new atom named: H1 within residue: .R<THR 58>
4. 设置setdefault PBRadii mbondi2
5. saveamberparm，提示FATAL:  Atom .R<THR 58>.A<H1 15> does not have a type，无法保存。

ps2:
我利用相同的蛋白序列在swiss-model中以该蛋白为模板构建三维结构（坐标几乎相同，xyz相差在0.1左右），重复ps1的步骤就不再报错了。为什么呢？？？

字数较多，多谢帮助，谢谢各位老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-10 08:51
仔细看看原先的pdb文件的57、58残基有无异常，弄清楚
gap of 4.828313 A between VAL 57 and THR 58
这个报错到底是怎么回事，是否结构有问题

作者
Author: tongzhu.work 时间: 2021-7-10 09:11
H1 H2 H3 一般是N端残基上的H原子。THR58看起来不像是N端。可以简单把这些原子删掉试试，tleap会自动把缺的H补上。

作者
Author: Freshfish 时间: 2021-7-10 10:19
本帖最后由 Freshfish 于 2021-7-10 10:48 编辑

sobereva 发表于 2021-7-10 08:51
仔细看看原先的pdb文件的57、58残基有无异常，弄清楚
gap of 4.828313 A between VAL 57 and THR 58
这个 ...

sob老师好，感谢帮助。
57、58号残基是pdb4amber程序renumber的序列号，对应原结构的69号、76号氨基酸，也就是说蛋白结构有部分片段缺失，一共有6个这样的gaps。就如另外tongzhu.work所说的，它是否被amber识别为末端残基了？

奇怪的是，我把这个蛋白对应的氨基酸序列以swiss_model重新模拟之后，给出的结构跟原来的几乎一样，但是不再报错了。所以，我猜测应该是pdb输入文件的某种规则我没搞明白，所以请教一下大家，如果我不通过swiss-model,应该如何去处理这个使他不报错？

我把对应的pdb文件上传到原提问附件了。谢谢老师。

作者
Author: Freshfish 时间: 2021-7-10 10:33

tongzhu.work 发表于 2021-7-10 09:11
H1 H2 H3 一般是N端残基上的H原子。THR58看起来不像是N端。可以简单把这些原子删掉试试，tleap会自动把缺的 ...

老师好，这些不识别的H1,H2,H3就是loadpdb的时候tleap自己加上去的。
我也尝试了用pdb4amber -y -d 去掉所有的氢，然后利用reduce命令重新加氢，loadpdb的时候这些氢还会被补上，然后保存文件的时候报错。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-11 12:37

Freshfish 发表于 2021-7-10 10:19
sob老师好，感谢帮助。
57、58号残基是pdb4amber程序renumber的序列号，对应原结构的69号、76号氨基酸， ...

仔细对照原先pdb和swiss-model搞完之后的pdb的差异

作者
Author: Freshfish 时间: 2021-7-13 16:19

sobereva 发表于 2021-7-11 12:37
仔细对照原先pdb和swiss-model搞完之后的pdb的差异

多谢sob老师。

当时跳过了这个问题，用了几天，对amber的了解略微深入了一些，发现这个网站的问题与我提问的问题几乎一致。网站给出了解决方法，贴到这儿供大家参考。
http://archive.ambermd.org/201106/0378.html

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