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标题: Vasp做过渡态搜索，频率验证出现两个虚频该如何消去其中一个 [打印本页]

作者
Author: fy瑶 时间: 2021-7-10 13:35
标题: Vasp做过渡态搜索，频率验证出现两个虚频该如何消去其中一个
想请问一下，利用vasp做过渡态频率计算时，出现两个虚频该如何消去其中一个，下面是我的结构，我做的是NO平行吸附在煤焦表面，做频率计算时我只放开了NO和下面两个C，其他原子都是固定的，出现了两个虚频，其中一个400多的虚频趋势是对的，另一个100多的该如何消去呢，跪求各位大佬指点指点

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-10 15:24
计算严重不合理。煤焦本来就是有限大小的多环芳烃吗，还是说其实是无限大或者远大于你画的这么大的多环芳烃？如果是前者，你左右两侧留的真空层太小了；如果是后者，应该用周期性边界条件，把结构画成至少在一个方向上无限延展的，类似石墨烯带的结构，而不是像你这样画成孤立分子。而且无论是哪种情况，你上下的真空层很可能也太小了，如果拿不准应该不断扩大真空层，做收敛性测试。
按照以上说的重新算以后，如果还是遇到两个虚频，把你希望消掉的那个虚频的振动模式作出来，然后沿着这个振动模式的方向扰动结构，再优化。

作者
Author: fy瑶 时间: 2021-7-11 11:23

wzkchem5 发表于 2021-7-10 15:24
计算严重不合理。煤焦本来就是有限大小的多环芳烃吗，还是说其实是无限大或者远大于你画的这么大的多环芳烃 ...

好的，特别感谢，我来试着扩大真空层，还想请问下，怎么作出想要消掉的虚频的振动模式呢，我是用Jmol打开看的振动，每次只能看某个虚频的振动，我听老师说他们高斯是可以把某个虚频对应的结构导出来的，不知道我们Vasp是否也可以呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-11 13:03
这种体系极度不适合用VASP等依靠平面波的程序，和Gaussian、ORCA等主流量化程序比，计算效率又极低，能用的方法精度又很low，还非常不方便灵活，还得顾虑真空层。瞎耽误工夫
用Gaussian直接就能在gview里根据虚频调结构。如果用免费的ORCA，还可以用OfakeG（http://sobereva.com/498）转成Gaussian输出文件格式并用gview按虚频调结构

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-7-11 16:38

fy瑶发表于 2021-7-11 11:23
好的，特别感谢，我来试着扩大真空层，还想请问下，怎么作出想要消掉的虚频的振动模式呢，我是用Jmol打开 ...

如果不是什么特殊原因非要考虑PBC边界，其实建议使用Gaussian，平面波程序处理这样的体系效率比较低，因为平面波的计算量和晶胞体积及动能截断有关，其中动能截断决定了网格间距，体积越大动能截断越大积分Fourier变换网格的数目越大。

我想你需要的不是导出虚频对应的结构（因为你优化得到的那个带虚频的结构就是），而是虚频对应的振动模式，那个可以使用V_SIM来看，网上很容易找到教程。如果自己会写一些python也可以把虚频对应的信息抓出来找个可视化程序显示一下。

作者
Author: fy瑶 时间: 2021-7-13 15:21

sobereva 发表于 2021-7-11 13:03
这种体系极度不适合用VASP等依靠平面波的程序，和Gaussian、ORCA等主流量化程序比，计算效率又极低，能用的 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: 红烧肉盖饭 时间: 2023-12-23 09:40

sobereva 发表于 2021-7-11 13:03
这种体系极度不适合用VASP等依靠平面波的程序，和Gaussian、ORCA等主流量化程序比，计算效率又极低，能用的 ...

老师您好，我计算的是孤立体系与甲烷活化的反应。gamma设置的是1*1*1。请问这个体系适合用vasp进行计算吗？
因为我也算了挺久了，是用vasp的NEB过渡态计算。
但是最近比较愁怎么消虚频，不管是初态还、终态还是过渡态都存在小虚频。不知道应该如何消除这些小虚频。

作者
Author: Stars 时间: 2023-12-23 23:22

红烧肉盖饭发表于 2023-12-23 09:40
老师您好，我计算的是孤立体系与甲烷活化的反应。gamma设置的是1*1*1。请问这个体系适合用vasp进行计算吗 ...

孤立体系用Gaussian，周期性体系再考虑VASP等

作者
Author: 红烧肉盖饭 时间: 2023-12-23 23:24

Stars 发表于 2023-12-23 23:22
孤立体系用Gaussian，周期性体系再考虑VASP等

收到，非常感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-24 01:13

红烧肉盖饭发表于 2023-12-23 09:40
老师您好，我计算的是孤立体系与甲烷活化的反应。gamma设置的是1*1*1。请问这个体系适合用vasp进行计算吗 ...

孤立体系用Gaussian效率远高于VASP，尤其是用杂化泛函时。而且Gaussian用起来简单方便得多得多、数值精度更高、几何优化收敛更快，还更不容易出现虚频
对孤立体系，除非算非常大的金属团簇的情况（此时VASP效率可能更高），或者要和其它VASP的结果横向对比、求差，否则完全没有一丝理由用VASP

作者
Author: shinkon 时间: 2023-12-24 22:06

红烧肉盖饭发表于 2023-12-23 09:40
老师您好，我计算的是孤立体系与甲烷活化的反应。gamma设置的是1*1*1。请问这个体系适合用vasp进行计算吗 ...

sob老师上面也回复了，不过还是建议阅读他的博文：http://sobereva.com/680
对各种情况适用的软件有很详细的描述

作者
Author: 红烧肉盖饭 时间: 2023-12-24 23:44

sobereva 发表于 2023-12-24 01:13
孤立体系用Gaussian效率远高于VASP，尤其是用杂化泛函时。而且Gaussian用起来简单方便得多得多、数值精度 ...

收到，非常感谢老师您的回复。

作者
Author: 红烧肉盖饭 时间: 2023-12-24 23:44

shinkon 发表于 2023-12-24 22:06
sob老师上面也回复了，不过还是建议阅读他的博文：http://sobereva.com/680
对各种情况适用的软件有很详 ...

收到，谢谢老师的回复，会仔细阅读的

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