计算化学公社

标题: GFN1-xTB模拟熔体结构原子未发生移动 [打印本页]

作者
Author: nusiew 时间: 2021-7-10 22:02
标题: GFN1-xTB模拟熔体结构原子未发生移动
大家晚上好！为得到进行AIMD的预平衡初始构型，目前基于GFN1-xTB半经验方法，对建立的原子随机均匀分布熔体构型进行粗优化。体系含有Ca，Si，B，O在内的224个原子，模拟温度为2500k，步长1fs，跑了10000步，inp文件及轨迹文件见附件。如下图，输出的轨迹文件表明，体系似乎在0-260fs内发生了膨胀，在之后260fs-10000fs原子仅在体系内振动，位置并未发生改变，跑出的结构也并不合理。目前初步猜想是输入文件写的有问题。输入文件是基于Multiwfn创建的，步骤参考的是“使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件”这篇博文中的“3.5 用GFN1-xTB方法跑含有216个水的盒子的动力学”部分，我将Multiwfn创建的inp文件中的CELL, COORD, POISSON, MD部分对应我的体系进行了修改。关于为什么采用xTB方法，更多背景部分可以看这篇帖子“初始结构原子随机分布的熔体AIMD如何快速得到平衡结构”，也感谢sob老师在这篇帖子中的宝贵建议。请大家看看我的inp文件问题出在哪里？还有在熔体初始构型构建和处理上大家还有哪些建议？
在此先谢谢大家，祝大家科研顺利，心想事成！

作者
Author: get-it 时间: 2021-7-10 23:13
到底是没动还是动的幅度很小？
我的个人经验是xtb不适合算金属氧化物

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-7-11 11:15

get-it 发表于 2021-7-10 23:13
到底是没动还是动的幅度很小？
我的个人经验是xtb不适合算金属氧化物

赞同

作者
Author: nusiew 时间: 2021-7-11 12:42

get-it 发表于 2021-7-10 23:13
到底是没动还是动的幅度很小？
我的个人经验是xtb不适合算金属氧化物

请问除了GFN1-xTB，对于原子随机均匀分布的初始构型，还有哪些其他的粗优化方法呢？之前是想采用经典MD预平衡来着，结果发现缺少某些元素力场。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-11 13:08
别控压，就用基本合适的盒子在NVT下跑。原子不动可以试图把温度再升高诸如1000 K。就算GFN-xTB不理想也比随便搭的强

鉴于你这个体系并不很大，CP2K直接跑DFT的MD就完了，只是预平衡这种目的可以用很小的SZV基组。

作者
Author: nusiew 时间: 2021-7-12 10:59

sobereva 发表于 2021-7-11 13:08
别控压，就用基本合适的盒子在NVT下跑。原子不动可以试图把温度再升高诸如1000 K。就算GFN-xTB不理想也比随 ...

谢谢sob老师。除了使用小的SZV基组之外，我是不是可以将EPS_SCF设的大一点，如1.0E-5；NGRIDS网格套数用多一点，如5；CUTCOFF设置的小一点，如400。除此之外，我看到网上有说，为了较快达到预平衡，最重要的是要采用 massive thermostating，即REGION MASSIVE, 将TIMECON设置的小一点，如20。请问这样做是否合理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-12 11:02

nusiew 发表于 2021-7-12 10:59
谢谢sob老师。除了使用小的SZV基组之外，我是不是可以将EPS_SCF设的大一点，如1.0E-5；NGRIDS网格套数用 ...

NGRIDS没必要设大。那种弥散特征较强的基组设大才可能提升速度

CUTOFF可以适当减小

EPS_SCF可以适当放宽

热浴照常用CSVR就完了。时间常数可以适当设小令热浴效果强一些

作者
Author: nusiew 时间: 2021-7-12 11:09
本帖最后由 nusiew 于 2021-7-12 11:13 编辑

sobereva 发表于 2021-7-12 11:02
NGRIDS没必要设大。那种弥散特征较强的基组设大才可能提升速度

CUTOFF可以适当减小

谢谢sob老师。

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