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标题: 求助：给优化完的超胞结构（.gro）加盒子时显示错误 [打印本页]

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Author: 小萌薇 时间: 2021-7-10 22:29
标题: 求助：给优化完的超胞结构（.gro）加盒子时显示错误
想分析在GMX中优化后的超胞结构（em.gro）的a,b,c,α,β,γ,（长度+角度）的值，想通过pbc box 和 pbc get的命令来实现。但是输入命令pbc box 后，出现以下奇怪的图，盒子边界没有办法正好框住优化后的超胞。输入pbc get 命令，出现的a,b,c,α,β,γ值为超胞优化前的，且与em.gro文件最后一行给出的a,b,c值不一样。目的是想知道怎么调整奇怪的盒子以及优化后的超胞的α,β,γ值，望各位大神指点迷津，十分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-11 13:20
把gro文件压缩后上传
贴图时候必须交代每张图都是什么含义，不要让别人猜
gromacs在能量极小化的过程中不会改变盒子信息

作者
Author: 小萌薇 时间: 2021-7-12 08:38
本帖最后由小萌薇于 2021-7-12 08:41 编辑

sobereva 发表于 2021-7-11 13:20
把gro文件压缩后上传
贴图时候必须交代每张图都是什么含义，不要让别人猜
gromacs在能量极小化的过程中不 ...

好的，谢谢老师提醒。以上贴的两幅图都是把em.gro文件导入VMD之后，加了 pbc box的命令看到的图。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-12 12:45
不管模拟时用的是什么特征的盒子，出于效率的考虑， GROMACS内部计算时都是利用矩形盒子来考虑PBC，故产生的轨迹文件和结构文件也都是以矩形盒子的形式来记录粒子位置的。

不用管这个问题，只是视觉上的差异而已

作者
Author: 小萌薇 时间: 2021-7-12 15:38
谢谢老师的解答。可否就题再请教您两个问题。1.我继续用这个优化好的em.gro文件跑了一个NVT和NPT，但是在NVT和NPT跑完后出现了下图所示的提示，（截图1为跑完NPT的提示，但是模拟能顺利跑下来），NPT的参数是参考了大家在论坛上讨论的设置的（看第二个截图），这样的提示我是否需要更改参数去消除。2.目的是想模拟超胞的融化后的状态，NPT设置的温度是该物质实际的熔点温度，但是跑了10n后，发现分子只是在原来的位置稍微有点变化，并没有达到融化后完全无序的状态，是温度设置的太低吗？但是实际情况下晶格已经融化了。

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