计算化学公社

标题: 请问VMD里面怎么确定溶剂化结构 [打印本页]

作者
Author: xjw 时间: 2021-7-11 09:16
标题: 请问VMD里面怎么确定溶剂化结构
各位大神好：我最近用lammps做锂离子电池电解液相关的课题。我想探究不同电解液形成的溶剂化结构对电池性能的影响。我将Lammps的输出文件导入VMD中请问怎么得到类似下图的结构啊（怎么才能知道一个锂离子周围有什么溶剂和它配位）

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-11 13:14
8成用的是drawing method里quicksurf方式显示的分子表面

作者
Author: xjw 时间: 2021-7-11 13:15

sobereva 发表于 2021-7-11 13:14
8成用的是drawing method里quicksurf方式显示的分子表面

好的，我试试，谢谢哈

作者
Author: xjw 时间: 2021-7-11 13:18

sobereva 发表于 2021-7-11 13:14
8成用的是drawing method里quicksurf方式显示的分子表面

quicksuif显示的是表面的电荷分布，我主要想知道和锂离子络合的分子有哪些，这个有啥方法嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-11 13:20

xjw 发表于 2021-7-11 13:18
quicksuif显示的是表面的电荷分布，我主要想知道和锂离子络合的分子有哪些，这个有啥方法嘛？

用恰当的选择语句选择锂离子附近的分子，肉眼一看便知

VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: xjw 时间: 2021-7-11 13:23

sobereva 发表于 2021-7-11 13:20
用恰当的选择语句选择锂离子附近的分子，肉眼一看便知

VMD里原子选择语句的语法和例子

好的，谢谢哈

作者
Author: gch123 时间: 2022-12-3 16:01

xjw 发表于 2021-7-11 13:23
好的，谢谢哈

你好，请问你会确定这个溶剂化结构了吗？

作者
Author: xjw 时间: 2022-12-8 13:39

gch123 发表于 2022-12-3 16:01
你好，请问你会确定这个溶剂化结构了吗？

可以用选择语句看

作者
Author: gch123 时间: 2023-2-4 13:35

xjw 发表于 2022-12-8 13:39
可以用选择语句看

可以加个联系方式吗？搞了好久没弄好

作者
Author: xjw 时间: 2023-10-11 15:36

gch123 发表于 2023-2-4 13:35
可以加个联系方式吗？搞了好久没弄好

就在vmd里面，name LI or all same resid as within 3 of name Li，这个就是锂离子3埃的分子

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