公社群聊Q&A整理：2015.12.12 19 ~ 2015.12.17 16 - 计算化学公社

2015.12.12 19:46:21
Q:
Job cpu time: 0 days 0 hours 12 minutes 46.1 seconds这里的cpu time是所有cpu时间的加和还是每个cpu的平均时间？
A:
linux版是CPU时间，windows版是实际耗时
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2015.12.12 19:50:35
Q:
哦
给lanl1MB加d极化，可以用哪个基组的？
A:
什么元素？
Q:
Ca
lanl1mb没有d基
A:
6-31G*
Q:
可以把全电子的极化用到赝势？
A:
极化函数是价层问题，当然能互用
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2015.12.12 20:14:32
Q:
老师，我想在win7系统下装虚拟机，然后在虚拟机中装Linux系统算高斯，这样用给Linux预留硬盘空间吗？这种情况与装双系统有区别吗
A:
你需要设定虚拟机硬盘空间上限
比装双系统当然方便得多
Q:
那一般设多少合适呢？比如我的硬盘空间是2T
A:
看你虚拟机怎么用了，自己才知道。
虚拟机里的文件占多大，虚拟机文件就有多大。反正实际硬盘大，可以上限设大点
Q:
那虚拟机中也是把高斯装在某一盘下吧，假如装在D盘，空间是500GB。那高斯实际能读写的磁盘空间上限是500GB，还是总磁盘空间的2T呢？
A:
500
如果你把主系统其它区的文件夹共享到虚拟机里也可以用更多的空间
Q:
哦，那正常在window或Linux系统下装高斯时，高斯实际能利用的磁盘空间上限也通常就是高斯所在磁盘空间的大小吧？
A:
32bit Windows版高斯，硬盘最多能用16GB
64bit没这个限制，有多大硬盘就能用多大
只要设定拆分rwf文件到不同分区的目录的话，总硬盘有多大就能用多大，不受分区限制
Q:
那64bit window和Linux系统时，是最多能利用安装文件所在磁盘空间吧，而不是电脑的总空间吧
哦，看到了，谢谢老师
那window系统下分区时需要给虚拟机预留空间吗？还是虚拟机利用的就是window下的磁盘，高斯实际上就是安装在window下的某个磁盘下的？
A:
就是window下的磁盘
这是虚拟机文件，虚拟机包括它里面的磁盘文件一切信息都在这里面
[图片]
虚拟机里的磁盘里的文件越大，实际主机里的虚拟机文件体积也会越大
Q:
固态硬盘是读写速度比较快
A:
看你虚拟机具体怎么用。如果虚拟机里跑高斯是那种需要大量读写磁盘的任务，可以弄到机械硬盘上。但虚拟机如果需要经常暂停、恢复，而且跑的不是那种消耗硬盘的任务，还是弄固态里合适。
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2015.12.12 20:58:44
Q:
[图片]这是什么东东
A:
组态编号和组态系数
Q:
组态编号？为什么不直接给出组态的电子占据情况
A:
系数显然要输出。组态的电子占据情况在前头
Q:
在前头？是要用什么keyword吗？为什么我的输出里面没有？
A:
组态数少的时候才会直接输出，多的时候不输出
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2015.12.12 21:13:06
Q:
主要做DFT，很少做post HF,适合把高斯装固态盘里吧？任务100个原子以内，临时读写文件能到多大？256GB够用吧
A:
足够了
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2015.12.12 21:18:26
Q:
[图片]
不好意思，请问哪位有这本书的电子版，实在太贵了，只能求电子版了...
A:
貌似不存在电子版
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2015.12.12 21:26:08
Q:
恩，好的。老师，现在有真正八核的笔记本电脑没呢，您给我们上课用的移动工作站是几核的啊
A:
4核
不是移动工作站，就是大屏笔记本而已
笔记本CPU都是最多4核的
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2015.12.12 21:54:26
Q:
公社论坛怎么上不去了
A:
能上
Q:
哦哦是我欠网费了
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2015.12.12 21:56:56
Q:
[图片]老师出现了166inconsistent这个问题在跑EM时候就遇到了求指导
A:
无外乎就是拓扑文件、初始结构不合理
Q:
检查了半天初始结构不合理怎么说
A:
结构没问题，只要拓扑文件和参数能合理描述当前的结构，优化就不会有问题。
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2015.12.12 21:58:34
Q:
请教sob老师如果要用CASSCF或者fci的方法对乙烯的旋转进行计算，需要将已经占据的pi性质的分子轨道调换到最上面以便包括到活性区吗？
A:
需要
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2015.12.12 21:58:40
Q:
老师，fortran的编译可以用microsoft visual studio吗？
A:
可以
但是光有VS不行，还得装个intel visual fortran
Q:
老师，那哪个版本比较好呢
A:
我现在用VS2008+intel visual fortran 13.0
或者用compaq visual fortran 6.5或6.6，那个是VS和fortran编译器集成到一起的，但是和Win7兼容不好
Q:
同意 compaq visual fortran 6.5或6.6 经常性崩溃，
VS2008+intel visual fortran 13.0 这个比较好是吧
我装的是vs community 2013免费版，+intel parallel studio xe2015，
A:
对
VS越往后越臃肿
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2015.12.12 22:39:07
Q:
引用Lanldz基组时，如下书写参考文献信息是否有错？
[图片]
A:
不用引那么多，涉及到哪个元素引哪篇
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2015.12.12 23:02:16
Q:
对Cu用Lanl2dz基组，根据以下信息：
! H - Ne: T. H. Dunning Jr. and P. J. Hay, in Methods of Electronic Structure
! Theory, Vol. 2, H. F. Schaefer III, ed., PLENUM PRESS (1977)
! Na - Hg: P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 270 (1985).
! P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 284 (1985).
! P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 299 (1985).
!
所以要引用的是：
T. H. Dunning Jr. and P. J. Hay, in Methods of Electronic Structure Theory, Vol. 2, H. F. Schaefer III, ed., PLENUM PRESS (1977)
和
P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 284 (1985).
和
P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 299 (1985).
吗？？
以上信息来自https://bse.pnl.gov/bse/portal
但竟然对Cu有两个Lanl2dz信息
[图片]
A:
引这个就够了
[图片]
Q:
但是，看不出是哪一页的......
A:
google学术搜索
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2015.12.12 23:10:36
Q:
[图片]
请教sob老师右边这一列标记是如何得到的？
A:
高斯算双原子分子的时候会给出每个分子轨道的这种表示，也可以看轨道图形判断
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2015.12.13 00:08:13
本来写个产生团簇初始构型的程序，结果意外得到了红珊瑚
[图片]
Q:
好看
A:
把群贡献的traj.xyz弄进VMD用quicksurf方式就能看到了，25帧
群共享
触手
Q:
/强
好厉害这个珊瑚是怎么做出来的！
A:
其实就是水分子的链，显示成表面
[图片]
Q:
很像蜘蛛侠里面的那个钢铁手
章鱼博士？
A:
搞好了，这才是我最终目的[图片]
[图片]
[图片]
Q:
/强
对那个博士
好美[emoji][emoji][emoji]
/强
ABCluster那个程序也挺好的我用它弄过水簇
大神好厉害啊～
[原创表情]
A:
我这程序生成1w水团簇也挺快的
[图片]
Q:
啊，密集恐惧症啦[emoji]
不过还是美翻～[emoji]
A:
不用给力场参数，给分子坐标，以及各种分子的数目，就能快速生成初始结构，结合molclus可进行构型/构象搜索，极方便
这令我想起来病毒颗粒了
[图片]
Q:
还有点像肺泡
然而我只是个大二学生，好想什么都懂，然而什么都不懂/流泪
A:
这是病毒颗粒的图
[图片]
Q:
My god～
A:
大二就入群好啊，熏陶熏陶，很快水平就升上去了
Q:
/流泪/流泪/流泪我觉得我好low，99.99%都不懂
什么时候就可以想老师们这么厉害就好啦～
A:
只要有兴趣，年轻人学东西飞快
Q:
[原创表情]
我现在看些什么书呢～真的很感兴趣/爱心
该看～不好意思，少打个字～
A:
[图片]
[图片]
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2015.12.13 05:59:57
Q:
有wfn文件如何利用multiwfn做电子密度差分图啊
好久不用，忘记了
急求各位老师赐教
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
Q:
谢谢谢谢
gaussian中做电子密度差分图，cubman后选sub啊，还是diff呢
A:
cubman已经没有存在意义了，功能仅仅是Multiwfn主功能13的子集
cubman仅仅是对格点数据求差而已，没法直接得到图
Q:
我是用cubman，产生cub文件，然后用gview来看的
这样做不对么
哈哈，我知道sob老师multiwfn更直接，不过，还是想对比一下和gview做EDD的差别呢
A:
Multiwfn是获得密度差图最方便的工具，没有之一
根本就是完全一样的，没有比较的意义
即便你用已有的cube文件求差值，Multiwfn主功能13的选项11也远比cubman好用得多
cubman哪支持这么多运算规则
[图片]
Q:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1940&extra=
一个简单的非共价相互作用能量计算的教程，包含了对结合能的BSSE矫正以及电子密度差用高斯组件cubman的方法。
A:
诸如四聚体密度差，依次生成cube文件再折腾费劲死了，Multiwfn里几步就弄完，直接看结果
[图片]
Multiwfn还能极为容易地得到平面图，拿其它程序根本做不到
[图片]
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2015.12.13 20:55:42
Q:
求篇文献：A study of methanol solvates using the Cambridge structural database
Monika Brychczynska,a Roger James Daveya and Elna Pidcockb
Show Affiliations
New J. Chem., 2008,32, 1754-1760
DOI: 10.1039/B810063M
Received 13 Jun 2008, Accepted 21 Jul 2008
First published online 04 Aug 2008
A:
由于求sci-hub能下文献，违规一次，已记录
已经10天没人触犯了，又有人触犯
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2015.12.13 20:58:17
Q:
大家好，我想做一下小分子中原子所带电荷的分析，通过调研，了解到ADCH电荷比较好，可是我没有查阅到他的计算方法，请问群里有这方面的大神吗，望指教啊/抱拳/抱拳
A:
用Multiwfn计算，看手册4.7.1节的例子
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2015.12.13 20:59:42
Q:
各位大神，谁能帮忙下一篇文献，急用，多谢！
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/101060309285002C
A:
由于求sci-hub能下文献，违规一次，已记录
Q:
sobereva老师，sci-hub最近一直都打不开，由于这篇文章比较急用，又比较老，求助小木虫比较慢才来群里求的，希望能理解@Sobereva
A:
字号最大不得超过12号，群规写明了
因为字号太大，求文献的违规也不能去掉
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2015.12.13 21:02:13
Q:
咨询一下：multiwfn中我算ESP，算完显示完成100%。但是始终找不到计算结果的文件，是怎么回事？
A:
算ESP用的哪个功能算的？multiwfn里诸多功能都涉及ESP的分析。算完结果就输出在屏幕或者存内存里了，仔细看菜单，有选项告诉你该干什么
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2015.12.13 21:03:37
Q:
咨询一下：multiwfn中这个distance between centroid of hole and electron 和 distance of CT in x, y, z 这两个什么区别？谢谢老师@Sobereva
A:
公式在Multiwfn手册3.21节都有，所有输出的量在手册都有介绍
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2015.12.13 21:05:39
Q:
对了你们知道VMD怎么知道原子序号的吗
A:
Chan 在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197
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2015.12.13 21:05:51
Q:
[原创表情]
[图片]
[表情]都可以
[原创表情]
[图片]
A:
不要刷图...
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2015.12.13 21:07:18
Q:
[图片]用mp2方法在计算一个cluster的BSSE结合能时，其中的临时文件已经达到了2.1T
可输出文件已经8个小时没有更新了
A:
跑大体系MP2就用ORCA开RI跑，甭用高斯
算结合能如今根本没什么人用过时的MP2了
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2015.12.13 21:08:31
Q:
请问一下 gaussian算出来之后的离解能是那部分输出文件啊？
A:
自己算复合物和单体能量求差值，高斯不可能直接输出
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2015.12.13 21:09:11
Q:
哦，谢谢，那用什么方法呢，m06-2x,DFT-d3?
A:
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
Q:
[图片] ,请问，这个里面最后一个就是BSSE的结合能吧
A:
是BSSE校正后的结合能
高斯不支持，用gamess-us
Q:
[图片]那说明直接可以用最后一个作为经BSSE矫正的相互作用能了，不用再采用原来的加减计算模式了？
A:
y
Q:
对于含过渡金属的cluster，你推荐用什么方法计算结合能呢？
A:
能描述好你的团簇的泛函+D3就完了
Q:
哦
经过构型对比，pbe0方法能能较好的描述我的cluster，那么算其能量的话，就用pbe0+D3?
A:
y
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2015.12.13 21:37:11
Q:
老师，用RDG函数画的这俩图中的颜色含义通用吗？这俩图的区别是一个是立体一个是平面吗？[图片][图片]@Sobereva
A:
颜色意义不同
左边的图总是绿的，Multiwfn作等值面图没法表现出填色效果
Q:
奥。这俩图的区别呢
A:
用VMD作填色图
右边的图一般没什么用
左边的图只能显示相互作用区域，但不显式相互作用类型
Multiwfn+VMD作sign(lambda2)rho填色的RDG等值面图才能同时表现作用区域和作用类型
Q:
左边的图在其他情况都一样的情况下 [图片]这个东西越大若相互作用会越强吧
A:
若rho差不多，面积越大越强
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2015.12.13 21:49:54
Q:
（上面发错）def2-QZVPP(-g,-f)级别的基组是不是不需要gcp校正了？
A:
对
gcp最高只定义了TZ级别
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2015.12.13 21:53:39
Q:
麻烦您了，之前您给我发过一个透射因子跟虚频关系的一页讲习班幻灯片，我找不到了。
[图片]
A:
比我都快
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2015.12.13 22:01:02
Q:
请问群里有用固态硬盘做计算（存储）的吗？不知速度能提高多少？谢谢
A:
不怎么读写硬盘的任务，速度无提升
硬盘I/O会成为瓶颈的任务，提升约一倍
那种计算称不上合理
Q:
数据吞吐量大的还是有必要的吧
群主在用吗？能否推荐个稳定的牌子呢谢谢
A:
稳定是Intel的高端的SSD最稳定，寿命长，但价格比消费级的贵几倍
当working horse用就买个影驰的就完了
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2015.12.14 09:26:23
Q:
[表情]
以后一定要去日本，娶一个日本妹纸
A:
[图片]
Q:
这几天看到了好多身材超棒的日本写真模特
[表情]上大学的时候迷恋小仓优子，结果她结婚了
[图片] 原来老师，这里暗藏玄机
A:
先解决现实问题，再实现理想
Q:
对，不过我觉得只写第一句话，有点儿误导
好在我发现了
所以拿到博士学位，才是人生的第一步
A:
不是求职找工作的话，博士学位本身并没有什么卵用
Q:
我要攻读博士学位是为了加入科音
[表情] 没想到吧
A:
不要以这个为目的
看群公告
Q:
[表情]科音自然科学研究中心
我其实想多学点知识，老师，现在看看《分子模拟原理与应用》是不是再参加培训班会容易？
A:
有空你就看看，自然有好处
Q:
这周考六级
下周开始读一读
A:
开卷有益
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2015.12.14 09:41:03
Q:
大家好，我在Sob老师的博客里面没有找到ADCH的计算方法，请问还有没有地方可以找到ADCH的计算方法
A:
[图片]
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2015.12.14 10:07:38
Q:
化学没学好，计算半吊子，这就是我现在的状态...
看东西看出心得，真的不是件容易的事情...
可能我水平低，真的看不上傅的书...
请问不太聪明的老师们，遇到瓶颈（比如公式看不懂）的时候，是怎么实现自我突破的？
A:
多看几本书
有些书本来就写得不明白，甚至公式都有问题
有时碰见一个问题搞不明白，读好多不同的资料才终于彻底搞明白后，发现有几份资料写得不严谨甚至根本就不对
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2015.12.14 10:27:36
Q:
哪位能给我一个利用高斯算红外的学习资料啊
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2015.12.14 10:30:11
Q:
老师你好，我在寻找过渡态的时候得到一个含有三个虚频的结果，其中有一个虚频与我预期的断键有关，不知道这种情况有什么应对方法吗？我看了您的博客好像没找到相关的，不知道是否如常继续投算？谢谢老师~
A:
calcall
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2015.12.14 10:35:54
Q:
各位高手，计算LBO的时候，6-31g (d,p) 和cc-pVDZ，哪个基组好？
A:
半斤八两
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2015.12.14 10:46:55
Q:
有对NBO熟悉的么？NBO对过渡金属是不是不太准确
A:
越新的版本对过渡金属可靠性越高
本来NPA方法就有一定任意性，在过渡金属上容易凸显
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2015.12.14 10:49:50
Q:
老师，拉普拉斯键级对重元素不太适用，有个大概的分界吗，例如原子序数高于多少的元素就不太适合用LBO分析了？
A:
不宜>=第四周期
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2015.12.14 11:17:58
Q:
请问ωB97X-D/6-31G(d)，在gaussian03里面怎么输入？
A:
03不支持
看手册
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2015.12.14 11:22:33
Q:
老师,我在文献里面看见一个M06L的杂化泛函，跟讲义上的Hybrid-mate GGA 里面的M06与M06-2X有什么不同吗？
A:
M06L是纯泛函不是杂化泛函
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2015.12.14 11:34:40
Q:
老师
求教
在vmd中能不能得到quicksurf中这些面的信息？
我想把不同时间下的这些体积取交集，得到固定不变的这部分体积
A:
那只能自行分析代码了
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2015.12.14 11:52:54
Q:
[图片]请问Sobereva老师，图中的数字是什么意思？
A:
计算进度
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2015.12.14 13:35:34
Q:
vmd里面可以显示原子的编号吗？
A:
[图片]
Q:
哦哦。谢谢老师
咨询大家一个问题，如果我用LanL2DZ基组描叙过度金属的时候，在我绘制PDOS的时候，我选择整个原子作为绘制的片段与我挑选5d轨道来作为分子片段是一回事吗？
A:
显然不一样
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2015.12.14 13:58:17
Q:
一篇文章上面提到了net spin population，请问是什么意思
和dmol3算出来的spin density一样吗
[图片]
A:
自旋布居、自旋密度，这里说了
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
Q:
Sob老师，开壳层的原子优化之后可以用Multiwfn看spin population吗
A:
可
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2015.12.14 21:16:41
Q:
求助Hirshfeld surfaces analysis分析，可挂名作者
[表情]
A:
不要用这种句式发问，看群规
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2015.12.14 21:36:50
Q:
ORCA 里 RI-PWPB95里面的RI-MP2部分，相对Basis的时间复杂度大概是多少？O(n^4)？O(n^5)？
希望估算一下
A:
不好用基函数来说，这和占据轨道数也有关系。积分变换是MP2最耗时的过程，是造成MP2复杂度为N^5的原因，RI-MP2积分变换情况如下：
[图片]
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2015.12.14 21:36:50
Q:
各位老师有没有人清楚这个HOMO，LUMO分布，与分子内电荷转移（ICT）是一个什么关系？我看到有些文章上是有一个HUMO，LUMO轨道的重叠，有的是一种很好的分离，到底哪一种是有利于分子内电荷转移的？还有对于吸收波长来说，到底重叠好，还是分离好？
我看老师的帖子的话，提到局部激发，大多数是有一个轨道的重叠，那么是不是说我这种重叠的HOMO-》LUMO不是分子内电荷转移，由HOMO-》LUMO引起的吸收波长，不能称之为由ICT引起的吸收。
在计算激发态的时候，我这个第一激发态的主要贡献是HOMO-》LUMO的。但是我又不敢称之为分子内电荷转移
好牛的赶脚
我好想知道这个LUMO，HOMO与成键轨道反键轨道有什么关系
好像是并没有什么关系
A:
不要光看HOMO、LUMO，毕竟电子激发多数都不是光靠这么一对儿轨道描述的。用Multiwfn做electron-hole，或者NTO分析考察，一看就知道了
----------------------------------------------------
2015.12.14 21:36:50
Q:
其实一直不明白HOMO LUMO重叠的含义是啥，它电子密度的再一样不也是正交的？
A:
HOMO、LUMO的重叠就是考察它们的交叠程度，可以图形考察，也可以用它们的模或者模方的乘积在全空间积分来定量描述。（直接用轨道波函数乘积在全空间积分就必定为0了，即正交）
----------------------------------------------------
2015.12.14 21:36:50
Q:
如果一个反应是 A(有机分子，中性)+O2(氧气，中性)=A+O2- （不知道是否成键）反应时氧气是不是进攻A分子静电势最正的部分呢？
各位帮助分析一下
老师，你好。如果一个反应是 A(有机分子，中性)+O2(氧气，中性)=A+O2- （不知道是否成键）反应时氧气是不是进攻A分子静电势最正的部分呢？@Sobereva
A:
不一定，看机理。氧气分子周围静电势也是有正有负
----------------------------------------------------
2015.12.14 21:36:50
Q:
请教个问题：分子由基态变到激发态，分子半径变化吗？？？
A:
看你用什么方式衡量。如果通过电子密度等值面衡量，会有所变化，但价层激发导致半径变化甚微可以忽略。
----------------------------------------------------
2015.12.14 21:36:50
Q:
老师们，如何证明π-π堆积。。从能量的角度可以吗?求助点思路。。。
A:
作RDG图，一目了然
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/6
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
----------------------------------------------------
2015.12.14 21:36:50
Q:
请问各位兄台，谁可以算分子反应能垒的活化能（△E）啊？我付费做。谢谢啊
分子量三百多
是一个碳氧单键 SN1反应历程
我想算速率和产率/撇嘴
我想算速率和产率[表情]
麻烦各位了
老师说热力学不行必须得算动力学方面的
之前算了△G，感觉用不了
我没有linux系统啊
好的，谢谢啦
A:
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
----------------------------------------------------
2015.12.14 21:38:33
Q:
有谁懂Hirshfeld surfaces分析吗
好的明白了老师
A:
Hirshfeld表面分析综述DOI: 10.1039/b818330a
Multiwfn做Hirshfeld表面分析的例子看手册4.12.6节
----------------------------------------------------
2015.12.14 21:38:51
Q:
老师，如果看gromacs的手册，看5.0.7的版本的可以吗
那4.6.7或者4.5.6呢？
4.6.6版本手册有参数，但是又和5版本不一样
A:
可以，但是感觉新版手册有的地方不好，mdp参数在手册里都没了，得去官网才能看到相应部分
5大多数的运行参数和4.6.7是一样的
只不过调用附带的工具的方式不一样了
Q:
哦，那就看4.6.7的了
那4.6.7版本就可以了吧
gromacs没有windows版的吗
应该是有的吧
A:
老版本有
4.5手头有windows版
Q:
培训班会放在群里吧
A:
培训班预计是用gmx5，让大家在vmware虚拟机里装linux跑
不用担心计算量，就熟悉操作就行了，跑好的文件都会提供的
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2015.12.14 21:50:27
Q:
[图片]跟老师请教一下我算的单原子的能量值跟实验值怎么差的好大不知选哪个
A:
先确保有可比性。CCSD(T)已经比DFT好多了，可以尝试用更好的def2TZVP代替SDD看看
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2015.12.14 21:54:55
Q:
[图片]不知道高斯里面能不能计算，如果能计算，请问我要怎么计算？我算了LiH+的能量，和文献给出的值相差很多
好的，谢谢老师。文献中用的CASINO软件，它的输入波函数是由其他软件生成的，老师，我能用其他软件计算正电子吗？
A:
那你得做四分量相对论计算了
没法描述正电子
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2015.12.14 21:56:56
Q:
可以尝试一下安装虚拟乌班图
A:
我很不喜欢如今的ubuntu
我是RHEL粉
Q:
centos可以吗
A:
反正我不用centos
Q:
centos据说是红帽企业版的免费开源版本
A:
RHEL高大上
Q:
额，没有镜像文件……
A:
centos就有点那个了
Q:
没有注册码
A:
百度网盘搜索引擎一搜一大堆
RHEL不需要注册码
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2015.12.14 21:57:37
Q:
[图片]老师@Sobereva
A:
要么根本不是同一个分子，要么电荷设的不一样
----------------------------------------------------
2015.12.14 22:37:33
A:
这配置挺凶
[图片]
Q:
没什么意思，散热明显跟不上
[图片]直接把4790k塞进去了
A:
散热跟不上也不一定
[图片]
Q:
对现在的CPU只要不是一直睿频热量不会很大的
散热还可以
A:
看评论里测试满载80度
还算不错了
Q:
不错哦
笔记本搞一段时间，积灰很难的处理，自己拆卸有难度，找品牌去服务收费贵，我之前看过一个视频，老外用液氮来冷却
[表情]清个灰不难吧
这还不是超极本
ThinkpadW540怎么样
风扇散热都有这些问题，不知道能不能搞水冷
A:
也不是很难拆
有的笔记本后盖一小块打开就能清散热器灰
就算是需要把主板卸下来，自己拆一个小时也足够了
Q:
那只能处理外面的会，CPU卡在里面，一般不好拆卸
A:
有些本的散热器鳍片部分下方就有盖，直接从背面把盖打开就能吹鳍片里的灰
这种情况最多10分钟就解决了
Q:
对了，为什么要除灰呢？
因为堵上了[表情]
也可能，我现在很少使用笔记本了，始终感觉笔记本配置太高，散热问题很难解决，不外出用座机还是最好的选择。笔记本就用个一般配置外出办办公
原来这样...
A:
我的本清灰之前
[图片]
Q:
灰尘是蓬松多孔的结构，里面大量气泡，就像羽绒服一样，保温效果特别好/偷笑
A:
即便是这样需要拆壳才能清灰的，熟练了也很简单
Q:
sob老师，这不会是您暑假班那个大红本吧，哈哈
A:
就是那个
----------------------------------------------------
2015.12.14 22:49:32
Q:
[图片]
A:
一看单位就知道
Q:
式子左右单位统一就完了，你要是把Hartree (/particle)，换成了 J (/particle)，那右边就是kT，要是换成了J/mol，那就是RT
[图片]/疑问是这个意思嘛？如果左边是计算得到的单位是J/particle 右边是热力学实验得到的单位是J/mol
我认为是，以及你少打了一个标准
好的谢谢李大师这个问题自从入群就一直困扰着我
[原创表情]
好的谢谢李大师这个问题自从入群就一直困扰着我[图片]
量纲分析大法好
[表情]有没有可能[图片]不是传统的是具有分布态的如果不是这样，宏观和微观联系的时候为啥不能用计算得到产率
/疑问有没有可能[图片]不是传统的是具有分布态的如果不是这样，宏观和微观联系的时候为啥不能用计算得到产率
A:
用诸如高斯，算每mol热力学量的时候，公式中已经把1mol粒子在各个能态的分布等效地考虑进去了
Q:
[表情][图片]老师这个是一单元反应不是一个粒子的detaG 然后通过[图片]得到宏观反应体系的摩尔gibbs反应变
A:
统计热力学量没有拿单个粒子说事的
Q:
[原创表情]
谢谢老师
[图片] 谢谢老师
Gaussian 热力学量计算里标的 Hartree / Particle 表示统计量其实看着怪怪的
[图片] /疑问老师这个有文献吗
[图片] [表情]老师这个有文献吗
A:
"Hartree / Particle"这本来就是错的
别看文献，看书
看文献前必先看书
----------------------------------------------------
2015.12.14 22:59:37
Q:
今天我看了一篇文献他用M06L算的，这种纯泛函是不是比我用的B3lyp要快呢
A:
不会。因为M06L是meta-GGA，可能比B3LYP还慢。
----------------------------------------------------
2015.12.14 23:48:27
Q:
老师，有一个结构它可以以双自由基的形式参与反应也可以以非自由基的形式参与反应，如果我要确定它以何种形式进行反应的，应该用什么方法通过什么来进行判断？
问题表述可能比较拗口望见谅
A:
看反应过程自旋密度或自旋布居的变化
Q:
好的，谢谢老师
还有就是如果计算激发态之类的东东，您比较推荐哪种软件？
A:
TDDFT研究激发态用高斯就很好
Q:
好像还听过用其他两种软件，morcas 和morpro ,如果这三个比较您推荐哪个？
A:
[图片]
Q:
/冷汗
[表情]
A:
TDDFT老老实实用guassian
若CASPT2、MRCI研究激发态，舍得花钱买程序就用mopurou，寒酸就用免费版mokasi
----------------------------------------------------
2015.12.15 00:49:57
Q:
请教sob老师这个是什么错误
[图片]
A:
什么程序产生的molden文件？
Q:
molpro
A:
发给我我看看
----------------------------------------------------
2015.12.15 00:52:46
Q:
molden是一个视图软件，免费的，我平时用来看分子结构和生成zmatrix。molden可以直接打开gauss output file。第一次听说产生的molden文件
A:
.molden是molden程序私自定义的一种格式，记录波函数信息，其它不少程序也能产生，也能被Multiwfn读入作波函数分析
----------------------------------------------------
2015.12.15 07:35:05
Q:
[图片]
早上好，送份礼物。
A:
污
----------------------------------------------------
2015.12.15 07:41:40
Q:
老师，21kcal/mol能垒下的反应比较容易发生，有没有文献或书什么的作为依据？写文章要引一下
A:
Computational Chemistry: A Practical Guide for Applying Techniques to Real-World Problems
此书17章开头
----------------------------------------------------
2015.12.15 08:12:32
Q:
Computational Chemistry: A Practical Guide for Applying Techniques to Real-World Problems
信箱里有么？
A:
有
----------------------------------------------------
2015.12.15 09:10:56
Q:
咨询一下老师，molclus这个软件，可否实现：寻找分子A和分子B构成exciplex的最稳构型，以及2个A和1个B这样的最稳的构型？谢谢老师。
A:
原理上可以，模板文件里写成激发态计算任务就行
----------------------------------------------------
2015.12.15 09:11:07
Q:
各位老师好，请问在Gaussian里用TDDFT计算含有Br的Triplets是否合理，谢谢
A:
合理
----------------------------------------------------
2015.12.15 10:17:03
Q:
http://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.1080/00268976.2015.1065352
求助一篇文献~~
A:
[图片]
违规一次，已记录
Q:
[原创表情]
[图片]
A:
主动退群了
这样的人在群里真是毫无意义
不关注群、不参与讨论，就求文献的时候冒出来一下
----------------------------------------------------
2015.12.15 10:33:30
Q:
请问大家下，怎样做轨道的径向分布图啊，给了某个原子的wfn文件，在multiwfn里可以实现么
[图片]
像这样的
A:
使用Multiwfn绘制原子轨道图形、研究原子壳层结构及相对论效应的影响
http://sobereva.com/152
----------------------------------------------------
2015.12.15 10:51:20
Q:
Multiwfn 能计算nbo 吗？
A:
不能
----------------------------------------------------
2015.12.15 11:11:29
Q:
# td mp2/6-311++g(d,p) geom=connectivity 这样输入不对吗，为什么错误呢
只能DFT吗
我是一个分子用了B3LYP和MP2作比较，我想求个紫外吸收波长，该怎么输入呢
A:
TDDFT、TDHF，哪可能有TDMP2
读此文，了解基础
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
Q:
sob老师那我该怎么求紫外波长呢
sob老师有适合用门票
sob老师，有适合mp2计算紫外吸收波长的方法吗
sob老师我的问题是这样的，我有一个分子用了B3LYP和MP2作比较，我想求个紫外吸收波长，就是用这两个方法做个比较
A:
先把博文看了
不看不回答
Q:
博文没找到适合MP2的方法
A:
MP2自身根本没法算激发态！
----------------------------------------------------
2015.12.15 11:19:30
Q:
老师，我计算镁团簇，用结构预测找到了一个基态结构，比其他文献里面的结构能量更低，现在还需要用其他方法再计算比较一下我们预测的结构和其他文献里的基态结构的能量吗？比如CCSD(T),MP2
A:
你不计算怎么知道谁低？显然得计算
Q:
我用B3LYP计算的我们预测的能量低
A:
你没法保证你的计算条件和文献里的完全一样，光知道泛函一样没意义，不同程序、数值设定的结果绝对值根本没有可比性
Q:
那就是说通过能量的比较还不能说我的结构更好是吧
A:
能，但是必须你在你自己机子上算他的结构再跟你自己的结构比较
Q:
对，我是这样操作的，我是想问一下老师，我只用B3LYP计算比较能量就得出结论是不是太淡薄了，如果换CCSD(T)和MP2同样能得到我们结构能量低是不是更有说服力
A:
算得动CCSD(T)就不用考虑MP2
Q:
若用CCSD(T)只做单点能计算就行了吗，还是得优化？
A:
单点
----------------------------------------------------
2015.12.15 22:36:45
Q:
这个E0-0不是s1-s0，应该是S1的振动v=0减相应基态v=0的位置对应的能量对吧
这个E0-0不是s1-s0，应该是S1的振动v=0减相应基态v=0的位置对应的能量，赞同的举个手/呲牙/呲牙
这个E0-0不是s1-s0，应该是S1的振动v=0减相应基态v=0的位置对应的能量，赞同的举个手[表情][表情]
/握手
[表情]
激发态的重组能是用基态构型下算得激发态的能量减去激发态minimum 下的能量
[图片]
我算的E0-0是借助振动光谱算得，用的fcclasses 最后直接输出结果，单独算我不会唉
不客气
A:
激发态做振动分析得到激发态的U(0)，减去基态振动分析得到的基态的U(0)，取差值就是0-0跃迁能。可以用绝热激发能作为近似。
----------------------------------------------------
2015.12.15 22:36:45
Q:
想问一下，用gfortran如何编译fortran77的代码
google过，有人说是可以的，但是没有找到有效的方法
谢谢
A:
后缀用.F，自动就会当成77来编译
----------------------------------------------------
2015.12.15 22:36:45
Q:
老师我想问一下 out文件中的维里系数值是不是应该在2左右我的是在3左右这是不是预示着我的结果不准确？@Sobereva
A:
在2左右，前提是结构已经在当前级别优化过，而且没用赝势
----------------------------------------------------
2015.12.15 22:36:45
Q:
请问，multiwfn中的默认contour（比如轨道正负相位）颜色能改吗？
谢谢@Radioactive，我知道VMD~只是想调调Multiwfn的颜色试试
A:
能，在设定等值线的界面里改
----------------------------------------------------
2015.12.15 22:36:45
Q:
[图片]
老师我在gromacs里面nvt生成tpr 遇到这个note
请问这个关系大不
谢谢
我说的这个问题怎么办
我的那个note影响大不
那个note影响大不
A:
Chan rlist和cutoff设一样
----------------------------------------------------
2015.12.15 22:37:16
Q:
高斯的mcscf+mp2是不是有bug？
A:
算过一些简单体系还是没问题的
----------------------------------------------------
2015.12.15 22:56:16
Q:
[图片]换装了，难道是因为冬天？
A:
一时兴起
Q:
好漂亮
A:
冬天看有意境，夏天看也凉快
----------------------------------------------------
2015.12.15 22:58:11
Q:
问个问题 genmer.in支持pdb格式吗？我看介绍上都是xyz格式
A:
不支持
Q:
能问个为什么吗？
A:
觉得没必要
而且pdb文件往往不规矩
Q:
这样通用性会不会好点
A:
用VMD转一下就行了，很容易
Q:
恩，是的！
不好意思 genmer 刚刚打错了
A:
载入pdb文件得考虑各种case
而且原子名往往乱七八糟，判断对元素都不容易
Q:
我觉得sob老师可以利用这个genmer 调用 packmol 处理会不会更强大
A:
我觉得暂时还用不着写那个interface
genmer已经能达到molclus开发之初的目的了
Q:
恩！随便说说，因为我感觉packmol和这个genmer 功能有类似之处！
A:
是的
没那么复杂，但用起来也更方便更快，对于团簇搜索的目的足够了
----------------------------------------------------
2015.12.15 23:10:45
Q:
动态相关是不是对激发态影响很大？
A:
看具体问题
诸如激发能，CASPT2和CASSCF结果还是差不少的
----------------------------------------------------
2015.12.16 00:22:55
Q:
sob老师，请问[图片][图片]这个棕黄色代表什么？？
是去屏蔽，请问这个去屏蔽是用怎么表述呢？
A:
什么函数的图？
Q:
ICSS
芳香性
A:
通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性
http://sobereva.com/216
说得很清楚
Q:
恩，好的，就是不理解，这个屏蔽值越高越稳定还是去屏蔽值越高越稳定？
A:
和稳不稳定没直接关系
Q:
很多文献报道通过这个参数可以部分解释稳定性
就是说pai离域的更多越稳定
A:
稳定这个词很含糊
关于稳定性参考这些帖子和回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
----------------------------------------------------
2015.12.16 02:19:00
Q:
，你知道如何fit torsional paramerter in force field??我手头的一个程序，看了半天的code看不太明白
A:
用量化对二面角做柔性扫描，然后用你的二面角势函数方程拟合势能曲线就行了（如果有1-4作用，要把1-4作用从量化势能曲线中扣除掉）
Q:
SOB，貌似没这么简单
http://chembytes.wikidot.com/mm-md
A:
我说的就是最标准的方法
想搞复杂自然也有
Q:
我现在做npropanol的设置参数，导师要求用这个mp2 aug/cc/pvtz
现在就差最后的torsion部分的参数了
----------------------------------------------------
2015.12.16 04:06:22
Q:
[图片]ICSSs: red represents 20 ppm shielding; brown 15 ppm shielding; green 7.5 ppm shielding; cyan 2.5 ppm shielding; blue -5.0 ppm defielding.
请问sob老师这样描述还有问题？
A:
没必要文字解释各个颜色，给出color bar，读者自己一看就知道了
----------------------------------------------------
2015.12.16 04:10:58
Q:
[图片]这个图就是你的意思，sob，我在想想。我觉得最简单最暴力的办法就是首先用mp2 method and aug cc pVTZ basis set run rigid scan on torison angle。然后就用[图片]暴力拟合
A:
M062X/def2TZVP就足够好了，MP2并不会更好，也没必要用弥散
不同力场形式、不同体系有不同考虑方式
诸如考虑耦合项的力场，拟合时也得考虑耦合
----------------------------------------------------
2015.12.16 04:50:14
Q:
Sob老师，MP2/cc-pvtz和B3LYP/6-31G*方法，哪一个精度会好一点呢？
A:
后者基组太小，所以前者高
基组都用cc-pVTZ的情况，精度也半斤八两
要跟MP2/cc-pVTZ比，B3LYP应当配TZVP
此时又便宜又好
----------------------------------------------------
2015.12.16 04:56:51
Q:
恩，之前在高斯计算的时候我们发现理论数据比实验数据小5%。加上aug之后理论值更接近实验数据。这也是导师要求我加上去的原因
A:
用may或jul-cc-pVTZ就足够了，没必要aug-
Q:
没用过jul and may
不熟悉它们，不随便加上去，我们做的是激发1s轨道的电子谱，有点特别。
A:
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
----------------------------------------------------
2015.12.16 06:00:31
Q:
请教一个小问题，我在做激发态结构优化，想看一下荧光性质。用tddft加上opt做，nstates设为5，
得到的优化结构是s1态的吗？
A:
如果用0 1，自己没改root，默认就是。
----------------------------------------------------
2015.12.16 06:06:25
Q:
[图片]
sob老师，为什么我参照帖子里的方法，另一半还是没有显示？？
A:
格点数据空间范围设置问题
显然盒子不够大，截断了
Q:
[图片]是调节这个吗？
A:
计算的时候，不是显示的时候
Multiwfn让你设格点范围的时候弄
----------------------------------------------------
2015.12.16 09:19:45
Q:
[图片]各位老师，我在单点能计算时输出如下提示，QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
#p ccsd(t)/def2tzvp
'
Last state="GCL"
TCursr= 1177 LCursr= 11
Error termination via Lnk1e in d:\G09W\l1.exe at Wed ，请问这个错出在哪里了呢？谢谢
A:
高斯版本太老，不支持直接写def2TZVP
更不行了！
g09 B.01及之后才能写def2TZVP来使用def2-TZVP
Q:
大家好，我在题目中看到DFT-TDDFT和DFT/TDDFT两种表达，请问哪种更专业一些呢？
有没有讲究
还有DFT(TDDFT)的表示呢
TDDFT
def2tsvp
A:
不存在def2tsvp
Q:
def2svp是可以的
B3LYP/def2svp 我算的没错。
A:
都说了，必须从B.01开始才支持
----------------------------------------------------
2015.12.16 09:54:24
Q:
sob老师，算Pb.Br 这样的无机离子键的化合物用 DGDZVP还是 SDD这样的比较好呢？
无机少涉猎 /撇嘴
A:
DGDZVP很少有人用
SDD就不错，Lanl08(d)也行
----------------------------------------------------
2015.12.16 09:55:20
Q:
/抱拳请教一下老师们：如何通过计算来证明一种化合物是缺电子还是富电子，分子器件更缺电子还是更富电子？是静电势，HOMO-LUMO还是电子云密度还是其它？
A:
静电势、福井函数、双描述符等等
----------------------------------------------------
2015.12.16 10:07:04
Q:
请教老师们，gromacs在能量最小化的时候就出现很多提示Water molecule starting at atom 532 can not be settled.要怎么解决
A:
一般都是结构、拓扑文件、运行参数不合理
如果百般检查看不出毛病，尝试减小步长。
----------------------------------------------------
2015.12.16 11:00:35
Q:
请教个问题，分子由基态变到激发态，分子的半径会增大吗？@Sobereva
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.16 11:05:35
Q:
大家好，在D盘上安装VMWARE，如果重新安装C盘的系统，VMWARE中安装的系统还能正常使用吗，请赐教，谢谢
A:
能用
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2015.12.16 11:19:19
Q:
求助文献http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2014/ra/c4ra08238a#!divAbstract
谢谢
求助文献http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2014/ra/c4ra08238a#!divAbstract
A:
[图片]
违规一次，已记录
两次=踢
Q:
输入sci-hub.org 下不了
A:
看群规！
Q:
好的谢谢老师
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.16 13:50:37
Q:
请问下gaussian09算出的chk文件怎么gview打不开，郁闷，不知道怎么才能解决
单机
和超算算的一样
都打不开
[图片]
超算上不知道也转不成fchk
我试过了
g03的可以
难倒我用的09的版本不好吗
关键是转不成fchk
我知道，是那样的
但就是转换不成功
谢谢！
A:
不是这个原因
Q:
哪是啥原因啊
A:
哪算的哪转，要么用相同平台的版本号完全一样的高斯版本的formchk转
----------------------------------------------------
2015.12.16 13:51:44
Q:
sob 老师我也有这个疑问~我用服务器算出来的chk文件，在shell和windows下打开都是乱码~~
A:
chk文件是二进制文件，不能跨平台
fch这样的ASCII文件才能跨平台，这是常识
----------------------------------------------------
2015.12.16 13:55:31
Q:
请教一下：第一性原理计算软件都是采用双精度数据类型吗？
A:
基本都是
----------------------------------------------------
2015.12.16 23:58:50
Q:
李老师，你这个“我要是要上电视应该先做个IRC过程中分子轨道变化之类的，再来个渲染””好像很厉害的样子，有文献做过类似的图么，给发一个可好？就想学点花哨的[表情]
哦
好的
A:
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
参考此文，把绘制的函数改成分子轨道就完了
----------------------------------------------------
2015.12.17 00:00:59
Q:
请问一下怎么样安装Multiwfn呢
已经下载下来了
在Windows下
我直接解压了，可是不能用啊
我发截图给你
[图片]@乖娃娃恶意卖萌
然后
[图片]
[图片]
就打开那个exe
[图片]
就出现这个了
打开那个exe就是这个
[图片]
我就打开运行了
您能不能帮我远程操控一下哈
o
哦哦，好我试试
点击运行的话就出现[图片]
就是有字的
这个截图怎么没有。。
哦哦，是需要在里面输入什么么？
我看了手册，自己太笨，没找到，
老师老师，，怎么办才好
恩恩，对
就是这个界面
嘿嘿，，接下来要输入什么么
恩？怎么载入文件，，我现在打算做红外
做红外
恩恩，红外谱图
大师，，怎么载入，，您能不能详细给我说说
恩恩，我试试
是将文件夹拖入么
[图片]我假设要算1.log的红外
哦哦
恩，，然后在怎么办。。。
做出来不应该是那种图么，，IR图
[图片]
我看了，，我太苯。。。
就是在那个黑框框里输入么
拖入了log文件后，回车后，然后输入么
[图片]
这个格式是我要怎么弄呢
是输入我的log文件的途径么
那我就不管了
[图片]
老师老师，，没有零
哦哦
[图片]
老师老师，，我太爱你了
在loading时还不能选，，是不是啊
还在loading中
哦哦，算完了选择零
么
使用鼠标选择零还是输入零
恩恩，应该要保存啊
现在还没算完呢
哦哦，，好，，
算完了啊
[图片]
怎么保存呢
是不是再选1
哦哦，好
保存到哪里了怎么看啊
[图片]
就这个么
没有啊
那我能不能把他保存到指定的文件夹下呢
A:
保存在了当前目录（current folder）下，提示得很清楚了，如果不知道什么叫当前目录先把手册开头的user must read看了
Q:
save picture
哦哦。我看看
从哪里找呢。。。
哦哦，我看看
大师，，对的duid
[图片]
哦哦，好哒好哒
谢谢你了
恩恩，好
[图片][图片][图片]
那好，，我先学习再多做几个，，做这个有什么注意的地方你就告诉我，
嘿嘿
A:
没看过此文先把此文看了
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
----------------------------------------------------
2015.12.17 00:05:16
Q:
请问这种相对电子云密度[图片]有什么方法可以计算吗？
A:
这叫原子电荷不叫电子云密度，看群共享《原子电荷方法的对比》，高斯和Multiwfn都能算，支持的算法不同
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2015.12.17 00:05:28
Q:
[图片] 做了个Pi电子ELF的拓扑分析，似乎（3，-3），点不太对
A:
就是这样
Q:
似乎 (3,-3)点应该在分子平面上，现在是成对的出现了。
A:
这是pi啊
total的才是在平面上
Q:
关于分子平面对称？
[图片]sigma电子倒是没问题
A:
pi电子本来就分布在平面上下方，所以吸引子肯定不在环平面上
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2015.12.17 00:06:33
Q:
各位老师，用NICS计算芳香性的gjf文件我这样写可以吗？
%nprocshared=56
%mem=48000MB
%chk=3mc.chk
#p b3lyp/6-31g(d) nmr=giao gfinput
optimization and vibratioal analysis of 3mc
0 1
输入分子坐标
NICS
A:
你得用bq指定NICS计算的位置。gfinput、giao是多余的。基组偏小
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2015.12.17 00:07:52
Q:
[图片]
我用ccsd(t)/6-311g(d,p)算的单点能，怎么这么多能量值，我应该看那个？谢谢大家指导
那上面输出的MP2， MP4 的能量可信不？
谢谢@Wang.C.
前面b3lyp计算的结果中只有HF= 的能量，现在用CCSD(T)一下子输出了这么多能量
那就是说呢个里面出来的MP2=的能量我就直接可以用，和我利用MP2/6-311g(d,p)计算得到的能量是一致的
本来用b3lyp/6-311g(d,p)计算的结构A能量低于结构B,,,,,于是想用CCSD(t)/6-311g(d,p)证明一下，结果相反了。
A:
CCSD(T)用6-311g(d,p)这么小基组没任何说服力
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2015.12.17 07:47:19
Q:
刚刚看到一段描述是这样的：
对于以电子组态，它的单线态能量与三线态能量=2J，这里J是exchange interaction.
在HF理论中，exchange interaction是正确的，所以，我猜计算单线态-三线态能量差的时候，是不是应该用HF方法，而非TDDFT方法？
不过话说回来，这个量算出来也没多大意义...
A:
相差2J实际上是单重态激发态（而非单重态基态）与三重态之差，单重态激发态组态需要用两个行列式描述，实际上已经脱离了HF。
另外虽然HF能量的交换项是精确的，但精确是相对于HF波函数而言，但HF波函数本身不是精确的。
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2015.12.17 08:41:26
Q:
你刚才说的是Heisenberg的exchange coupling
老师，您好，我想应该是Pauling exchange...
Heisenberg exchange 还是第一次听说呢，请问您可不可以解释一下呢？
不好意思，是Pauli...
愿闻其详
本质上是因为自旋相同的电子互相排斥，所以导致三线态能量比激发态单线态能量低...
不过，Heiseberg exchange coupling我还是真的第一次听说呢...
[图片]
A:
稍有常识的人都知道，封面...
Q:
自旋相同的电子之间会有一个额外的稳定化作用，来源于波函数的反对称。
这个原理好像是Pauli的，不是Heisenberg的...老师...@rayinyin—NWU
欧姆社的那一套科学漫画，总共800多呢
请问那套书怎么样？
用来送礼应该不错
....
是的，两个不一样。
A:
作为入门学点三脚猫功夫还可以，但肯定不全面系统
Q:
多谢多谢多谢Sob前辈...../太阳/太阳/太阳
你看看这个文献会用帮助么，我没有在教科书里面找到你说的概念
[图片]
看到一微博...那句话说得很动人...
多谢多谢剑宗老师....
A:
Heisenberg那个交换耦合其实和jiraiya说的不是回事，算能量差纯粹属于量化问题
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2015.12.17 09:07:16
Q:
求组，，在gaussian中加关键词nosymm时是直接把命令写进去么，还是要写成guess=nosymm啊
还有，有没有对于guassian输入文件错误分析的帖子呢？就是关于怎么样找错误之类的。。。。求大神帮忙
A:
直接写
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
Q:
恩恩，谢谢
A:
1 必须理解量化的基本原理
2 仔细看输出文件认真分析可能的原因
Q:
恩，我就是想找个帖子看看怎么样分析输入文件，从哪里看呢。。。
A:
不可能有
天下没那么好的事
Q:
哦哦。。谢谢老师啦
A:
出错信息千千万万
Q:
也就是说着只能靠经验了么。。
A:
做到我说的两点，问题9成都能自行解决
Q:
恩恩，好，我努力
A:
再补充一点，仔细看手册
Q:
就是那个英文的么，，
A:
另外，高斯官方客服是免费的，只要买了license
也有中文翻译的手册
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2015.12.17 09:15:25
Q:
Sobereva这是[图片]电离过程的振动分辨的电子光谱请问怎样判断各个峰是从哪个能级向哪个能级电离呢？
A:
看输出文件，每个振动态跃迁对应的能量数值都有，然后对照图去看
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2015.12.17 09:19:09
Q:
sob,gromacs的讲义是否搞完了？
A:
早着呢
很花时间的
Q:
/呲牙，我觉得有基础班那么详细就好了
基础班的讲义非常好
A:
肯定也会很详细的
Q:
gromacs啥时候开讲
A:
预计明年5月
www.keinsci.com上面有预告
Q:
培训绝对物有所值
我参加了去年的基础班
收获就是，基础班对于你做应用量子化学够了
有没有基础班的讲义啊
有，但不给你...
有，但是你得报名才有
好吧。。。我还以为是免费的呢。。
科音的培训报名费很低了
才1000多
创腾的培训费3600呢，还学不到什么玩意
实验工作者，量化0基础也能听明白么？@墨家弟子
我现在想玩游戏，基本都淘宝买盗版
量化0基础可以
sob老师把很大一部分的培训讲义已经在群里回答别人问题的时候贴出来了
是的，但是培训班还有sob老师做的文件
很大一部分....并没有
知识还是要花钱的，只是科音价格比较公道
能开发票？
A:
群里贴过的图，不超过讲义的2%
Q:
不要老是想着免费了
物有所值就好
我仔细看过序号有到一千多嘛没记错的话
苦了我们这群没钱的人啊。。
A:
发票当然能开
Q:
创腾如果每次培训1000多，我也多参加几次
A:
不同主题的幻灯片是不同的ppt文件
Q:
只是要3000多，去多了，去不起
我错了老师，说的有些夸张，当然也是想提醒他多看大家的讨论
A:
幻灯片总共约1400页
Q:
惊讶...
A:
[图片]
[图片]
[图片]
[图片]
[图片]
Q:
而这半年图片高斯的幻灯片除了九十多张不到一百
这些对实验工作者够了
个人觉得
对于不从事量化理论的人
Multiwfn的slices除了二十多张
出
A:
Multiwfn的培训班总共大约800页
Q:
1400+对对看来我没记错 sob说过
感觉有这些PPT的人说起话来也比较NB.... @墨家弟子
1000多能学到这么多，有些人真实无语
但是啊就这百来张就能cover住群里日常八成的问题所以可以管窥整个ppt的体量
A:
高校有政府拨款，还收学费，自营的没拨款若能免费，办几次就倾家荡产了
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2015.12.17 09:33:41
Q:
PPT可以打包出售嘛
A:
不会出售的
Q:
是啊
老师搞个线上课程
或者编个书之类的这样也就有版权了
A:
书是会出的。内容和培训班互补
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2015.12.17 09:53:06
Q:
[图片]Sob老师我想请问一下，您在《分子动力学方法和程序简介》中的关于AFM视频中的这个锥体结构是怎样建立起来!@Sobereva
A:
VMD估计能切出来
不行的话自己写个程序也能做到
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2015.12.17 10:08:49
Q:
科技企业用交税吗
A:
交
连什么残保金都得交
Q:
走创业渠道能免税么？
A:
不免
也就是贷款时候给你点方便
Q:
应该有大笔补贴，这个要靠自己争取
又到了一年申请基金时候
又要开始新一轮骗钱了
A:
才不跟有关部门的臭脸争这些
Q:
企业拿项目最低都是千万级的
最近走走企业，发现都是连实验室都没有，简单的实验设备也没有，根本就谈不上在做研发，也能随随便便就能坑几百万，全部都在弄虚作假，大部分企业又将坑来的钱直接换算成利润了坑蒙投资者
A:
社会缺的就是良心
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2015.12.17 10:11:28
Q:
NUMBER OF BFS IS NOT CORRECT IN $BLWDAT
请问老师执行gamess时出现这样的错误是什么原因？
A:
基函数设定问题，检查基组相关设定之类的。极少有人用BLW
Q:
谢谢sob老师，我也试着修改了几次基组，但是还是出现这样的错误
A:
谁让你用BLW的你问谁
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2015.12.17 10:12:42
Q:
老师，你早上回复的的CCSD(T)/6-311g(d,p)基组太小了，你意思是换def2-TZVP吗？
A:
用CCSD(T)时基组不应小于cc-pVTZ
如果def2系列，应当def2-TZVPP
Q:
前面你建议过TZVP
A:
那是对于DFT而言
----------------------------------------------------
2015.12.17 10:25:03
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
[图片]
量化搞多了，发现这句子都一下子看不懂了
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2015.12.17 11:27:33
Q:
请问大家在gaussview中做esp图时出现开的图像的情况
好吧，不好意思，就是我那gaussview作图出现不了[图片]这样，而是[图片]应该调什么呢
立方已经是fine了
而density选的0.0004
那是？
1也试了
还是这样
那立方空间怎么选呀
真的不太了解
那就是要重新计算了吗
A:
屏幕上都有提示，仔细看选项理解含义
每次做不同文件都得重新启动，一点也不麻烦
本群不许用“好吧”作为句子开头，违规一次已记录
你没有仔细follow博文
Q:
我有看过http://sobereva.com/253，您的这篇介绍
我和您的设置是一样的
A:
绝对没有100% follow正确
Q:
之前也是这样都没有问题，就是这一个
A:
注意等值面数值
Q:
您能给个follow这篇文章的链接吗
A:
什么文章？
按博文里做就完了
Q:
如果就是那一篇，那我就更崩溃了，我是一点都没变的做的
A:
所以绝对看得不仔细，理解不对
Q:
那您碰到过这种情况吗
一般调什么
A:
Sobereva(190258442) 11:31:49
注意等值面数值
----------------------------------------------------
2015.12.17 11:33:07
Q:
请问，用高斯VIEW里打开IRC的输出文件后显示这得这个数值怎么定义的?[图片]
A:
就是质权坐标下走的距离
----------------------------------------------------
2015.12.17 11:49:54
Q:
老师我想问您一下，高斯优化结构波函数稳定性检测只用频率计算就可以了吗
A:
波函数稳定性检测跟几何优化是两码事
Q:
就是用。优化之后，再检测波函数
A:
用算完的结构写stable关键词检测
Q:
意思是频率计算不能说明波函数稳定性问题吗？老师
A:
当然不能，两码事
----------------------------------------------------
2015.12.17 12:03:08
Q:
[图片]
老师，这是什么错误？
%chk=D:\1.chk
# opt freq b3lyp/gen
Title Card Required
0 1
Mg
Mg 1 A1
A1=3.47182332
Mg 0
S 7 1.00
31438.349555 .60912311326E-03
4715.5153354 .47066196465E-02
1073.1629247 .24135820657E-01
303.57238768 .93628959834E-01
98.626251042 .26646742093
34.943808417 .47890929917
12.859785199 .33698490286
S 3 1.00
64.876913004 .19180889307E-01
19.725520777 .90913704392E-01
2.8951804339 -.39563756125
S 2 1.00
1.1960454710 1.6827603373
.54329451156 .52141091954
S 1 1.00
.10099104092 1.0000000000
S 1 1.00
.36865728085E-01 1.0000000000
P 5 1.00
179.87189612
.53799549018E-02
42.120069376 .39318014098E-01
13.120503032 .15740129476
4.6257503609 .35919094128
1.6695211016 .45533379310
P 1 1.00
.58551012105 .21986432910
P 1 1.00
.18914796195 1.0000000000
%chk=D:\1.chk
# opt freq b3lyp/gen
Title Card Required
0 1
Mg
Mg 1 A1
A1=3.47182332
Mg 0
S 7 1.00
31438.349555 .60912311326E-03
4715.5153354 .47066196465E-02
1073.1629247 .24135820657E-01
303.57238768 .93628959834E-01
98.626251042 .26646742093
34.943808417 .47890929917
12.859785199 .33698490286
S 3 1.00
64.876913004 .19180889307E-01
19.725520777 .90913704392E-01
2.8951804339 -.39563756125
S 2 1.00
1.1960454710 1.6827603373
.54329451156 .52141091954
S 1 1.00
.10099104092 1.0000000000
S 1 1.00
.36865728085E-01 1.0000000000
P 5 1.00
179.87189612 .53799549018E-02
42.120069376 .39318014098E-01
13.120503032 .15740129476
4.6257503609 .35919094128
1.6695211016 .45533379310
P 1 1.00
.58551012105 .21986432910
P 1 1.00
.18914796195 1.0000000000
def-TZVP
A:
写opt freq b3lyp/tzvp就完了
----------------------------------------------------
2015.12.17 12:07:44
Q:
请教sob老师如何选取Cr2的活性轨道？
A:
J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1640–1646这篇文章专门讨论了怎么选取
(12,16)比较稳妥
Q:
老师您好！刚刚看到您的回复关于“[图片]”您下面的批注“（12,16）比较稳妥”指的是12,16这两个参考文献吗？。恩，您还记得我发的关于芳香性的帖子吗？，您让我传的输入文件已经上传到了论坛，麻烦您看看/微笑，谢谢！/抱拳
A:
y
Q:
嗯/微笑，好的，谢谢……/抱拳
A:
具体来说是这样
[图片]
JCTC那篇是12,12，把4p省了
----------------------------------------------------
2015.12.17 12:22:55
Q:
我想报名参加培训，可是时间有限，不能跑一趟，并且路费和住宿比较贵，有个网络课程或者报名了，寄给我一份讲义。不知道这样行不行？
肯定不行的
没有网络课程，报名后邮寄讲义应该可行，不过你确信不现场听能自己看懂啊/微笑
A:
对
----------------------------------------------------
2015.12.17 12:28:10
Q:
sob请问一下 multiwfn中哪个功能是把部分原子上的轨道系数设置成0
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.17 13:00:51
Q:
请问一下培训什么时候开始费用怎么算的？
A:
没定呢，还早得很，不要着急
----------------------------------------------------
2015.12.17 13:25:06
Q:
请问老师：怎样下载Def2TZVP的基组定义：我在EMSL上看到如下：
[图片]
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
Q:
嗯/微笑，好的谢谢老师/抱拳！我再试试
感谢 /抱拳
A:
double check input file
Q:
高斯报错说输入文件中有浮点形式的错误输入，请问在文件编辑器中怎样改呢？谢谢[图片]
老师：您好！这个是我刚刚拷贝过来的def2TZVP的定义，所以出现这种错误，我该怎样改呢？这文件编辑器中怎样把浮点型数值改为 integer形式的呢？谢谢[表情]
l老师：您好！对于def2TZVP这个基组来说，为什么我优化的时候可以运行，但是加上Bq原子后，出错，就需要拷贝他的定义来去计算呢？
恩/微笑，好的谢谢老师/强！我刚刚把定义拷贝过来了，但是高斯数输入文件中有一个浮点型输入错误，要改为整数型输入，这个该怎样改了。在文件编辑器中怎样把浮点型的改为整数型的呢？
我用的文件编辑器是[图片]
A:
自定义基组格式不对，怎么弄博文里已经说了
Q:
恩[表情]，好的谢谢老师！在您回复我芳香性帖子那里，让我烤基组的定义并且加入关键词是genecp。定义已经下载下来了。我是把赝势基组定义和赝势定义一起加入到输入文件中去呢？还是只加入赝势基组定义呢？谢谢[表情]
A:
都加入
----------------------------------------------------
2015.12.17 14:46:05
Q:
找了一个反应的过渡态，虚频的振动是沿反应方向进行的，走IRC也很顺利，但是当取出反应物的complex进行优化的时候，就优化成产物的结构了。后续对结构进行了调整，也是遇到类似的情况，也尝试过扫描，发现随着成键原子距离增大，能量一直是增加的。麻烦老师们能给点建议和指导，谢谢了
A:
IRC走得彻底一点（步数多一些），然后对末端的结构优化，优化时步长上限设小点
----------------------------------------------------
2015.12.17 14:53:29
Q:
[图片]老师，能量分解出现这样的情况怎么解决？很明是不正确的能量分解
总的相互作用能不可能这么大的
[图片]
这个以前没算错过
A:
换换基组、换换泛函，多多试试
Q:
恩，好的
谢谢老师
A:
bug
----------------------------------------------------
2015.12.17 15:10:53
Q:
老师您好，我在优化不同自旋多重度的几何结构时会出现能量简并的情况，我也尝试采用高精度的方法计算，但结果还是没有分开，所以想请问老师有什么方法可以解决这个问题！
A:
简并便简并嘛
Q:
可是我要选择基态来计算超级率
A:
说明两个存在几率差不多
Q:
老师，如果按照简并的情况，计算的超极化率的结果也是可以接受的，是吗？
A:
两种态的情况都计算
----------------------------------------------------
2015.12.17 15:13:05
Q:
老师我激发态算少了，想接着往上加着计算，输入文件里该怎么写？我记得您讲过但具体忘记了没找到
A:
TD里有add关键词，看手册
Q:
好
A:
但不一定节省时间，往往还davidson收敛难
----------------------------------------------------
2015.12.17 15:23:45
Q:
各位大侠，请教个问题，在opt-fre计算中出错，如下：
Cycle 2 Pass 0 IDiag 1:
RMSU= 3.06D-02 CP: 1.92D+00
E= -1073.20450648292 Delta-E= -0.273035680026 Rises=F Damp=T
DIIS: error= 1.63D-02 at cycle 2 NSaved= 2.
NSaved= 2 IEnMin= 2 EnMin= -1073.20450648292 IErMin= 2 ErrMin= 1.63D-02
ErrMax= 1.63D-02 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 9.39D-02 BMatP= 7.83D-01
IDIUse=3 WtCom= 8.37D-01 WtEn= 1.63D-01
Coeff-Com: 0.124D+00 0.876D+00
Coeff-En: 0.209D+00 0.791D+00
Coeff: 0.138D+00 0.862D+00
Gap= -0.461 Goal= None Shift= 0.000
RMSDP=1.47D+02 MaxDP=1.31D+04 DE=-2.73D-01 OVMax= 9.98D-01
Problem detected with inexpensive integrals.
Swit
ching to full accuracy and repeating last cycle.
Cycle 3 Pass 1 IDiag 1:
Spurious integrated density or basis function:
NE= 178 NElCor= 0 El error=1.10D+00 rel=6.21D-03 Tolerance=1.00D-03
Shell 8 absolute error=1.94D-04 Tolerance=1.20D-02
Shell 8 signed error=1.94D-04 Tolerance=1.00D-01
Inaccurate quadrature in CalDSu.
Error termination via Lnk1e in /public/g09/l502.exe at Wed Dec 16 19:50:16 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 20 minutes 57.4 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 203 Int= 0 D2E= 0 Chk= 7 Scr= 1
输入文件：
%chk=C102-2-s0.chk
#p opt freq b3lyp/TZVP int=fine
C102-2-s0
0 1
C -5.2331
0.6550 -0.0285
C -4.0265 -0.1743 0.0031
C -4.1281 -1.5043 -0.0141
C -5.4362 -2.1338 -0.0529
C -6.5370 -1.3894 -0.0676
C -6.4428 0.0783 -0.0662
C -2.9327 -2.3388 0.0144
C -1.7381 -1.7642 0.0653
C -1.6640 -0.3152 0.0892
O -2.8072 0.4278 0.0478
O -0.5689 0.2418 0.1569
N -7.6335 0.8638 -0.1636
C -7.5585 2.2953 -0.2657
C -6.3511 2.8032 0.5074
C -5.0829 2.1519 -0.0379
C -8.9260 0.2312 -0.2802
C -8.9353 -1.1083 0.4677
C -7.8699 -2.0579 -0.0954
H -5.5090 -3.1311 -0.0685
H -3.0127 -3.3354 -0.0042
H -0.9058 -2.3182 0.0867
H -7.4706 2.5555 -1.2272
H -8.3903 2.6993 0.1148
H -6.2850 3.7959 0.4065
H -6.4542 2.5722 1.4749
H -4.9264 2.4637 -0.9750
H -4.3047 2.4107 0.5343
H -9.62
32 0.8318 0.1112
H -9.1281 0.0704 -1.2463
H -8.7478 -0.9436 1.4361
H -9.8358 -1.5317 0.3693
H -7.8370 -2.8882 0.4609
H -8.1024 -2.2969 -1.0382
C 1.1798 3.1129 -0.0683
C 2.3644 3.9703 -0.1630
C 2.2353 5.2933 -0.0912
C 0.9108 5.8901 0.0829
C -0.1676 5.1124 0.1686
C -0.0264 3.6566 0.0889
N 0.7818 7.2715 0.1619
H 1.2768 2.1190 -0.1217
H 3.2694 3.5618 -0.2817
H 3.0432 5.8790 -0.1561
H -1.0722 5.5220 0.2871
H -0.8347 3.0713 0.1525
H 1.5924 7.8538 0.0998
H -0.1217 7.6834 0.2809
请问下是啥情况？
A:
[图片]
Q:
谢谢sob 我加了int=fine 没用我试下别的
A:
fine本来就是默认的当然没用
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2015.12.17 15:27:51
Q:
sob老师，基础量子化学培训班啥时候还有？准备参加下，学习学习。
A:
明年下半年
Q:
好的到时在群里和计算化学公社群里是不是有通知？
A:
显然会通知
提前两个月就会每天在群里至少发两边通知
稍微留意一点就不可能错过
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2015.12.17 15:31:17
Q:
sob老师，要使用g09D01做共轭大分子弱相互作用（原子数100左右）使用B3LYP-gCP-D3/6-31G*能不能得到比较好的结果
A:
如果你用orca，这样不划算
杂化泛函RI的提速效果远不如GGA泛函
PBE-D3-gCP/def2TZVP更合适
Q:
高斯用PBE-D3-gCP/def2TZVP合适吗
为何此时选择PBE？
A:
高斯不支持gCP
用独立的gCP程序算gCP又没法优化
Q:
（在纯泛函里选择）
A:
GGA-D3都半斤八两，grimme往往爱用TPSS-D3，但也没明确理由，PBE整体来说至少不会低于GGA-D3的平均水平
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2015.12.17 15:46:21
Q:
请问一下图d是用什么做出来的知道吗多谢
[图片]
A:
截出来那么一块多聚体，用高斯之类的算整体的电子密度，减去每个片段自身的密度。用Multiwfn实现是最最方便的
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2015.12.17 16:27:52
Q:
请问大家有用过Kisthelp这个软件的吗？
A:
又是这种问法
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2015.12.17 16:30:50
Q:
# B3LYP/aug-cc-pVDZ EmpiricalDispersion=GD3BJ opt 和# B3LYP-GD3（BJ） /aug-cc-pVDZ opt是一样的，为啥我写后面的，提示error：segmentation violation
A:
写关键词又自由发挥
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2015.12.17 16:32:49
Q:
这个软件下载之后，也安装了JAVA，但是用JAVA打开该软件，一直提示could not find the main class, program will exit, 请问大家这个该怎么解决呢？
是WINDOWS的
A:
严格按里头说的做，然后双击.jar运行
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
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