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标题: 转换生成OPLS-AA力场的data文件部分信息缺失 [打印本页]

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2021-7-11 21:31
标题: 转换生成OPLS-AA力场的data文件部分信息缺失
我想lammps计算聚合物（自己合成单体的聚合物）的理论拉伸强度、模量和断裂伸长率等信息，目前在调试lammp的in文件和data文件，想用OPLS-AA力场。
目前，使用MS建立模型得到.car和.mdf文件，使用lammps的msi2lmp将其转换为lammps识别的data文件。
当使用cvff力场时，得到的data文件内容是：（举个例子，部分）
Bond Coeffs # harmonic

1 340.6175    1.1050 # h-c3
2 322.7158    1.5260 # c3-c2
3 340.6175    1.1050 # h-c2
4 322.7158    1.5260 # c2-c2

当使用opls力场时，得到的data文件内容是：（部分）
Bond Coeffs # harmonic

1    0.0000    0.0000 # h-c3
2    0.0000    0.0000 # c3-c2
3    0.0000    0.0000 # h-c2
4    0.0000    0.0000 # c2-c2

这些信息都为0了。
我查看了lammps/tools/msi2lmp/frc_files文件下的cvff.frc和opls.frc文件，opls.frc相较于cvff.frc的信息太少了。
因为原子超过200个，不能使用lipargen转换。

请求大神不吝赐教，还有可以转换得到data文件的opls.frc文件么？或者查看OPLS-AA力场文件手动补全data信息，谢谢您，请赐教

作者
Author: 函数与激情 时间: 2021-8-21 20:39
请问楼主的问题最后解决了吗？我想使用Opla-ss力场，想请教一下。

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2021-8-22 00:51

函数与激情发表于 2021-8-21 20:39
请问楼主的问题最后解决了吗？我想使用Opla-ss力场，想请教一下。

手动添加参数的。试了其他程序，都是半自动的，不能智能识别。

作者
Author: Feailion 时间: 2022-11-4 20:51
请问楼主，如何在MS中用opls力场的

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2022-11-5 14:30

Feailion 发表于 2022-11-4 20:51
请问楼主，如何在MS中用opls力场的

使用MS就用COMPASS力场，想用OPLS力场就用LAMMPS和GROMACS

作者
Author: duludulueiei 时间: 2023-1-5 22:35
请问楼主最后解决了吗

作者
Author: duludulueiei 时间: 2023-1-5 22:35

ZZU_SCU 发表于 2021-8-22 00:51
手动添加参数的。试了其他程序，都是半自动的，不能智能识别。

想请教一下手动添加参数的依据是什么嘞

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2023-1-6 09:29

duludulueiei 发表于 2023-1-5 22:35
想请教一下手动添加参数的依据是什么嘞

我的体系是聚合物，首先构建含有重复单元且合理的模型分子，保存成pdb文件。上传到 ligpargen官网 http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/ 得到模型分子的力场参数。根据原子类型和原子序号一一对应得到聚合物的力场参数。将力场参数手动输入到data文件中就可以了。

作者
Author: duludulueiei 时间: 2023-1-7 15:41

ZZU_SCU 发表于 2023-1-6 09:29
我的体系是聚合物，首先构建含有重复单元且合理的模型分子，保存成pdb文件。上传到 ligpargen官网 http:/ ...

get~感谢解答。请问你的聚合物大概有多少个原子啊？想估计一下

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2023-1-7 16:20

duludulueiei 发表于 2023-1-7 15:41
get~感谢解答。请问你的聚合物大概有多少个原子啊？想估计一下

结构单元50个原子左右。聚合物非晶盒子6万个原子左右

作者
Author: duludulueiei 时间: 2023-1-9 19:32

ZZU_SCU 发表于 2023-1-7 16:20
结构单元50个原子左右。聚合物非晶盒子6万个原子左右

明白了谢谢

作者
Author: wjwh 时间: 2023-2-7 09:01

ZZU_SCU 发表于 2023-1-6 09:29
我的体系是聚合物，首先构建含有重复单元且合理的模型分子，保存成pdb文件。上传到 ligpargen官网 http:/ ...

您好,我看到您的力场场参数是手动输入到data文件中，但是我的atom_style是full，是带有电荷的，一个一个输入太慢。就好比你有了结构单元这50个原子的电荷，怎么让data文件中6万个原子都带有电荷呢？也是靠一个一个输入吗？谢谢

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2023-2-7 09:25

wjwh 发表于 2023-2-7 09:01
您好,我看到您的力场场参数是手动输入到data文件中，但是我的atom_style是full，是带有电荷的，一个一个 ...

我用的cvff力场默认的电荷，在MS里选择cvff力场后，再calculate一下电荷，电荷就分配了。如果你需要用自己的电荷，使用lammps的命令set type 1 charge -1就可以了

作者
Author: wjwh 时间: 2023-2-7 10:34

ZZU_SCU 发表于 2023-2-7 09:25
我用的cvff力场默认的电荷，在MS里选择cvff力场后，再calculate一下电荷，电荷就分配了。如果你需要用自 ...

感谢您的回复。是的，我想用自己拟合的电荷，力场参数是LigParGen自动分配的。您后面说的lammps的命令设置我也有想过这么做，但面临的一个问题是分子里的碳原子都是一个类型，但是我的是大分子，所以不同位置的碳原子电荷不一样，所以set type charge好像行不通。我目前是用的笨办法，把atom的信息复制到excel里面，在电荷一栏复制粘贴，最后在放到data文件里。您有更好的建议吗？

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2023-2-7 19:47

wjwh 发表于 2023-2-7 10:34
感谢您的回复。是的，我想用自己拟合的电荷，力场参数是LigParGen自动分配的。您后面说的lammps的命令设 ...

我没有更好的方法，就用你的方法吧

作者
Author: wjwh 时间: 2023-2-7 19:59

ZZU_SCU 发表于 2023-2-7 19:47
我没有更好的方法，就用你的方法吧

嗯嗯，谢谢您。

作者
Author: 筛石灰 时间: 2023-4-17 10:48
请问楼主，我在ms中构建了模型，怎么使用oplsaa力场来将模型转化为data文件啊

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2023-4-17 18:58

筛石灰发表于 2023-4-17 10:48
请问楼主，我在ms中构建了模型，怎么使用oplsaa力场来将模型转化为data文件啊

你看一下8楼呢？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-4-18 13:26
我们最近开发的AuToFF程序，支持从聚合物建模，原子类型识别，力场参数检索，原子电荷计算，到最后的拓扑文件一键生成，欢迎免费使用，希望能够解决你的问题。https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/polymers，如果不想注册鸿之微云，也可以使用开发环境的测试版本（随机会关闭）：https://autoff-dev.mp.iresearch.net.cn/#/polymers

作者
Author: wildon 时间: 2023-4-19 20:57
oplsaa用moltemplate建模，很方便

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