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标题: GROMACS模拟两相溶剂体系（2-丁醇和水）原本不互溶的体系模拟后成混溶的了，是正常... [打印本页]

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Author: LINQIXUAN 时间: 2021-7-12 16:03
标题: GROMACS模拟两相溶剂体系（2-丁醇和水）原本不互溶的体系模拟后成混溶的了，是正常...
本帖最后由 LINQIXUAN 于 2021-7-12 16:11 编辑

各位老师好！
我最近在模拟两相溶剂体系，其中2-丁醇和水在实验条件下（室温常压等体积）是分相的，我是按照GROMACS官网教程4建立的两相体系，我模拟（NVT,20ns）进行的最开始几纳秒可以看到是不混溶的，但是后面就慢慢地混溶了，我模拟的其他两相体系没有出现这种情况（包括二氯甲烷和水、二甲基四氢呋喃和水、甲苯和水、环戊基甲醚和水）。
2-丁醇在水中的溶解度比较大，我在百度上查到的是125g/L，可能有一定原因，但是二甲基四氢呋喃的水溶解度其实也蛮大的（150g/L），没有出现这种情况。

2-丁醇和其他溶剂分子的拓扑文件都是同一途径获得（LigParGen）。
这种情况下，模拟的数据是否可用？

不太确定需要哪些文件，先附上了TOP文件和2-丁醇的itp文件和mdp文件。

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作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-12 23:15
下次学术求助帖如果还发到公社大厅板块，直接删帖+扣分+记违规处理
这次给你移动了，下不为例
我都在公社大厅板块版头用那么大红字提醒了，居然还发错

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Author: LINQIXUAN 时间: 2021-7-13 10:11
本帖最后由 LINQIXUAN 于 2021-7-13 10:14 编辑

sobereva 发表于 2021-7-12 23:15
下次学术求助帖如果还发到公社大厅板块，直接删帖+扣分+记违规处理
这次给你移动了，下不为例
我都在公社 ...

记住了！之前问问题都是发到分子模拟板块，这次选错了，我错了，记住了!

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-13 14:20
大概率和力场有关

不建议用TIP4P，这是很烂的水模型

建议用水用OPC模型，这是目前最好的水模型。各种分子用acpype产生拓扑文件，结合Multiwfn算的RESP2电荷（见下文），看看结果什么情况。

RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531

必须用OPLS-AA的话，原子电荷用1.2*CM5看看
计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/585（http://bbs.keinsci.com/thread-21462-1-1.html）

另外，绝对不要用constraints = all-bonds。应当用hbonds
当前模拟没有理由不用控压，做NVT完全莫名其妙

作者
Author: LINQIXUAN 时间: 2021-7-15 09:13

sobereva 发表于 2021-7-13 14:20
大概率和力场有关

不建议用TIP4P，这是很烂的水模型

好的，谢谢sob老师！

作者
Author: LINQIXUAN 时间: 2021-7-21 14:48
根据sob老师的建议，最后更改了2-丁醇原子电荷为1.2*CM5，再进行模拟，获得的两相体系就不分相了~

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Author: xxzj 时间: 2021-12-17 10:28
本帖最后由 xxzj 于 2021-12-17 10:49 编辑

sobereva 发表于 2021-7-13 14:20
大概率和力场有关

不建议用TIP4P，这是很烂的水模型

老师，跑完md模拟后，想判断其中给体和受体两类分子混合性好坏，除了RDF，还有其它更好的办法吗？比如图片中给受体氢键受体数目或者给受体的亲酯性应该如何得到？ (, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-17 12:24

xxzj 发表于 2021-12-17 10:28
老师，跑完md模拟后，想判断其中给体和受体两类分子混合性好坏，除了RDF，还有其它更好的办法吗？比如图 ...

根据具体体系自己设计判断规则，通过VMD tcl脚本实现，例如：

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(, 下载次数 Times of downloads: 21)

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Author: xxzj 时间: 2021-12-17 14:43
本帖最后由 xxzj 于 2021-12-17 16:27 编辑

sobereva 发表于 2021-12-17 12:24
根据具体体系自己设计判断规则，通过VMD tcl脚本实现，例如：

老师，我加载tcl时出现下面的情况，我的体系中包含A1W和D1W两类分子，如左图，想看在D2W的5埃内出现的A1W的数目，然后输入了右侧的脚本，导出了不同帧下的数目，但是A1w总共数目不超过50，结果却出现了接近上千的数目1）想请问老师，是脚本哪里出现问题了吗？MD中A1w组分一共包含50个A1分子，每个分子含有199个原子，然后我将脚本中puts $myfile "$i [expr [$sel num]/199]"除以的数目改为199后就出现了最后图片中的整数，这个整数是代表D1w附件出现的A1分子的总数吗？
2）进行统计时，有没有可能出现A1的199个原子有100个符合要求，99个不符合，然后最终得到的数目不是A1分子的总数？
[attach]42843[/attach][attach]42844[/attach] (, 下载次数 Times of downloads: 31) (, 下载次数 Times of downloads: 15) (, 下载次数 Times of downloads: 17)

作者
Author: xxzj 时间: 2022-2-27 18:13
本帖最后由 xxzj 于 2022-2-27 18:16 编辑

sobereva 发表于 2021-12-17 12:24
根据具体体系自己设计判断规则，通过VMD tcl脚本实现，例如：

老师，您好，我的MD模拟中一共包含两种组分，分别为如图所示的D1w和A1w，二者各五十个，我想判断1分子5埃内出现的A1w分子数目，使用如下的脚本，想让老师帮忙看一下，是否有问题？（脚本中199是A1w单个分子的原子数目）
set myfile [ open C:/numSOL.txt w]
set sel [atomselect top "resname A1w and same
resid as within 5 of resid 1"]
for {set i 0} {$i<=1000} {incr i 1} {
$sel frame $i
$sel update
puts $myfile "[expr $i*2] [expr [$sel num]/199]"
}
close $myfile

[attach]45350[/attach]

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