计算化学公社

标题: Gaussian 对 D3-BJ 色散校正 Bug 可能造成虚频的回复 [打印本页]
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2015-12-22 14:04
标题: Gaussian 对 D3-BJ 色散校正 Bug 可能造成虚频的回复
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-9-1 18:25 编辑

近日 opt+freq 一组分子，结果中以相当高的概率出现不正确的虚频（GS一个，TS俩）。尝试 opt=verytight 和 int=ultrafine之后未能解决这一问题。
故求助 Gaussian support，其回复指出是因为使用了 D3BJ 的色散校正，D3BJ 在 D.01 中有已知的 Bug 导致其 Hessian 不准，从而有这一问题。

大意是（原文见本贴最后）：

总结来说就是要用到频率（比如opt+freq）就不要用D3BJ
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回件原文如下：

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Hello Yuanhe,

There are two variants of Grimme's D3 dispersion model available in G09 rev. D.01: the original variant, "GD3" (Grimme et al. J. Chem. Phys., 132 (2010) 154104), and the variant that uses Becke-Johnson damping, "GD3BJ" ("GD3BJ"; Grimme et al. J. Comp. Chem. 32 (2011) 1456-65).

Unfortunately, we are aware of a bug in the logic to include one of the contributions to the Hessian from Grimme's D3 model using Becke-Johnson damping ("GD3BJ"; Grimme et al. J. Comp. Chem. 32 (2011) 1456-65). The energy and gradients for the "GD3BJ" model are correct but one of the contributions to the Hessian with this dispersion model is not being included, so the frequencies are not correct. The missing term is the second derivative of the dispersion term that depends on R**(-8), so it is a fairly small term. For "stiffer" frequencies, the inclusion of such term would have an almost negligible effect but its effect would be more noticeable for "softer" frequencies.

We will fix this issue for a future Gaussian release but, unfortunately, there is no workaround for analytic frequency calculations using the "GD3BJ" model in G09 rev. D.01. Probably the best alternative would be to use the "GD3" model, i.e. Grimme's D3 model using the older damping and slightly older scaling parameters (Grimme et al. J. Chem. Phys., 132 (2010) 154104). Energies, gradients and Hessians are all correct for the "GD3" model and they are not affected by the bug discussed above (e.g. "EmpiricalDispersion=GD3"). The older "GD2" model would also be available with correct energies, gradients and Hessians (e.g. "EmpiricalDispersion=GD2").

Sincerely,

Fernando R. Clemente, Ph.D.
Technical Support
Gaussian, Inc.
help@gaussian.com

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P.S. 按虚频方向移动原子对消虚频并没有什么卵用（Ref. Sob + 自己试验）

另外 Gaussian Support 的回复还是很快的，昨日10 pm 提问， 今天10 am 收到回复，而且十分详细。买了Gaussian版权的机构都有这个服务（不过可能要注意不要买了 A.02 问 D.01 的问题），不妨多加利用。

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Sob其实之前提到了多次（有的我还赞过（逃。。。）），但印象不深没记住，见：
                    “GD3BJ优化导致最后频率计算出现虚频是正常的，因为BJ阻尼在高斯里还没有准确的Hessian。”

                    Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
                    http://sobereva.com/278
                    PS：如果你用的是D3(BJ)，改用零阻尼的D3优化和频率计算



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##Update##
刚写完一天，就发现Gaussian 09 E.01 中这个bug被修复了。如果有谁搞到E.01来用，就不用考虑这个问题了。

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作者
Author: 灰飞的旋律    时间: 2016-7-11 11:57
延虚频振动方向移动也不是都没效果，不绝对。我就碰见过用D3BJ时出现微小的虚频，可以通过移动原子解决
如下图所示
(, 下载次数 Times of downloads: 43)
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2016-7-11 13:08
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-7-11 20:35 编辑
灰飞的旋律 发表于 2016-7-11 11:57
延虚频振动方向移动也不是都没效果，不绝对。我就碰见过用D3BJ时出现微小的虚频，可以通过移动原子解决
如 ...

一种有效地可能是原来的结构郑豪在鞍点上（比如非对称的分子放在了有对称性的结构，移动后对称性消失），此时是有效地，不过随便移动某个原子也是可以的。

除此之外无非是数值巧合而已，就像5/13=1做优化一样，属于撞大运做法。既然有更好的方法，用它干啥。
作者
Author: niobium    时间: 2019-7-2 09:48
貌似G16 A还有这个bug
作者
Author: doublezhang    时间: 2019-11-19 18:34
我在G16A03中也遇到了类似问题，使用D3代替D3-BJ后虚频消失了
作者
Author: Daniel_Arndt    时间: 2019-11-20 01:52
无锡超算的商务辅助计算系统上的高斯是g09 E.01。
作者
Author: lanthanum    时间: 2019-11-29 00:23
本帖最后由 lanthanum 于 2019-11-29 00:25 编辑

请问，现在的G16 A03的GD3BJ有没有解析Hessian？
如果还没有，课题从开始全部的opt freq就都用零阻尼，是否比较稳妥？
作者
Author: zjxitcc    时间: 2019-11-29 00:34
lanthanum 发表于 2019-11-29 00:23
请问，现在的G16 A03的GD3BJ有没有解析Hessian？
如果还没有，课题从开始全部的opt freq就都用零阻尼，是 ...

一直都有解析Hessian，只是以前的有bug而已。G16更没问题了。
作者
Author: lanthanum    时间: 2019-11-29 00:58
zjxitcc 发表于 2019-11-29 00:34
一直都有解析Hessian，只是以前的有bug而已。G16更没问题了。

分子优化时，存在虚频
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 39&fromuid=8664
(出处: 计算化学公社)
可是社长在上面帖子的13楼说，G09的GD3BJ有没有解析Hessian？也就是说freq又慢又不准？
作者
Author: zjxitcc    时间: 2019-11-29 01:13
lanthanum 发表于 2019-11-29 00:58
分子优化时，存在虚频
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2139&fromuid=8664
(出处 ...

我收回“解析Hessian”这个词···你放心，加GD3BJ优化根本不会出现“又慢又不准”，这部分时间几乎察觉不到，是秒级别的。你用g16算一下就知道了。
作者
Author: lanthanum    时间: 2019-11-29 01:30
zjxitcc 发表于 2019-11-29 01:13
我收回“解析Hessian”这个词···你放心，加GD3BJ优化根本不会出现“又慢又不准”，这部分时间几乎察觉 ...

那么bj阻尼freq是不是还有小虚频，这个bug在g16 a03里确定修好了？
作者
Author: zjxitcc    时间: 2019-11-29 01:33
本帖最后由 zjxitcc 于 2019-11-29 01:35 编辑
lanthanum 发表于 2019-11-29 01:30
那么bj阻尼freq是不是还有小虚频，这个bug在g16 a03里确定修好了？

感觉一直在怀疑···这种算个体系就知道的事情，十几分钟就知道答案了。完全没有问题，如果还不放心就用GD3，又没什么不可以的。当然，有些大分子很容易有小虚频，但那未必是BJ的锅。我算过很多例子，freq没有虚频。
作者
Author: lanthanum    时间: 2019-11-29 08:03
本帖最后由 lanthanum 于 2019-11-29 08:05 编辑
zjxitcc 发表于 2019-11-29 01:33
感觉一直在怀疑···这种算个体系就知道的事情，十几分钟就知道答案了。完全没有问题，如果还不放心就用 ...

嗯，谢谢，真不是十几分钟的事，要算几十个反应，如果像上面引用的帖子里的朋友那样D3BJ，到最后有几个分子有虚频，其他100多个分子都正常，全部用D3重算那就麻烦了，还不如一开始就计划好。
作者
Author: sobereva    时间: 2019-11-29 10:03
lanthanum 发表于 2019-11-29 00:23
请问，现在的G16 A03的GD3BJ有没有解析Hessian？
如果还没有，课题从开始全部的opt freq就都用零阻尼，是 ...

有
作者
Author: sobereva    时间: 2019-11-29 10:04
lanthanum 发表于 2019-11-29 00:58
分子优化时，存在虚频
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2139&fromuid=8664
(出处 ...

那对应的是G09 E.01之前
那时候GD3BJ没有解析Hessian不代表计算非D3部分没有解析Hessian，因此完全不影响速度
作者
Author: lanthanum    时间: 2019-11-30 12:58
谢谢社长解答。



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