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标题: 求助：将onimo中低层离子部分当作背景电荷计算NTO是否可行 [打印本页]

作者
Author: Lapheal 时间: 2021-7-13 10:59
标题: 求助：将onimo中低层离子部分当作背景电荷计算NTO是否可行
  1、将此分子PhCOO-部分作为onimo的高层部分，NH4+作为onimo的低层，不冻结原子，全部开放，进行opt oniom(b3lyp/def2SVP:b3lyp/def2SVP)优化.

  2、优化后用背景电荷代替低层NH4+部分，计算得到PhCOO-的nto.

  请问此方法是否可行？得到的NTO是否可靠？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-13 16:38
1 这属于瞎用ONIOM。级别都是b3lyp/def2SVP，还用ONIOM做什么
2 可以

作者
Author: Lapheal 时间: 2021-7-13 17:52

sobereva 发表于 2021-7-13 16:38
1 这属于瞎用ONIOM。级别都是b3lyp/def2SVP，还用ONIOM做什么
2 可以

好的，十分感谢sob老师答疑^^

请问老师我是不是可以不用onimo优化，就直接opt b3lyp/def2svp优化，然后还是用背景电荷代替铵根得到nto

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-14 16:17

Lapheal 发表于 2021-7-13 17:52
好的，十分感谢sob老师答疑^^

请问老师我是不是可以不用onimo优化，就直接opt b3lyp/def2svp优化，然 ...

是
强烈建议加上D3校正

作者
Author: Lapheal 时间: 2021-7-20 09:59
本帖最后由 Lapheal 于 2021-7-20 10:11 编辑

sobereva 发表于 2021-7-14 16:17
是
强烈建议加上D3校正

好的老师。十分感谢sob老师答疑
我加上了D3优化
在优化后发现铵根上一个H转移到了phcoo-上，这样他们之间就不再是离子键了
请问有没有办法在优化后仍然保持NH4+的完整性呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-20 18:58

Lapheal 发表于 2021-7-20 09:59
好的老师。十分感谢sob老师答疑
我加上了D3优化
在优化后发现铵根上一个H转移到了phcoo-上，这样他们之 ...

加上键长的限制

在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-20 19:44

Lapheal 发表于 2021-7-20 02:59
好的老师。十分感谢sob老师答疑
我加上了D3优化
在优化后发现铵根上一个H转移到了phcoo-上，这样他们之 ...

虽然可以限制键长，但是那样你模拟的就不是真实体系了。
应该仔细确认实验上质子到底在不在N上，以及确认你计算的设置是不是和实验真实情况一致。比如如果你想算的是固相的PhCOO- NH4+，那就不应该算单独的一个PhCOO-和一个NH4+，而是要从PhCOO- NH4+的实验晶体结构里截取超胞出来做ONIOM或其他QM/MM计算。你现在这么算，算的是PhCOO- NH4+的气体，在气相里面弱酸弱碱盐分解成弱酸和弱碱再正常不过了。

作者
Author: Lapheal 时间: 2021-7-20 21:22

sobereva 发表于 2021-7-20 18:58
加上键长的限制

在Gaussian中做限制性优化的方法

好的再次感谢sob老师答疑
我加上限制再去试一下

作者
Author: Lapheal 时间: 2021-7-20 21:24

wzkchem5 发表于 2021-7-20 19:44
虽然可以限制键长，但是那样你模拟的就不是真实体系了。
应该仔细确认实验上质子到底在不在N上，以及确 ...

十分感谢老师的指点
之前只想计算离子键对PhCOOH的影响，所以忽略了这个问题。就这去再确认一下。再次感谢老师

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