计算化学公社

标题: 运行grompp命令时.top文件与.pdb文件坐标不匹配报错 [打印本页]

作者
Author: UPC-Ning 时间: 2021-7-13 21:45
标题: 运行grompp命令时.top文件与.pdb文件坐标不匹配报错
各位老师好，我首先用packmol建立了含水，庚烷和蒽酮紫的盒子,想执行grompp指令,但.top文件与.itp文件坐标不匹配报错，报错内容如下：“number of coordinates in coordinate file (test1.pdb, 20132) does not match topology (test1.top, 219554)”。.pdb中数字不变，但再执行一次的话.top后的数字会发生变化
以上各分子均由ATB产生GROMACS可识别的.itp文件与.pdb文件，由packmol建立box，但建立的盒子需要手写.top文件（见上传件），第一次写.top文件忘各位老师能够指点一二，谢谢！

作者
Author: 木林森 时间: 2021-7-14 10:54
感觉你像是把水分子和49E1的残基名弄混了，pdb中并没有sol残基，但在top中写有20132个水

作者
Author: UPC-Ning 时间: 2021-7-14 15:04

木林森发表于 2021-7-14 10:54
感觉你像是把水分子和49E1的残基名弄混了，pdb中并没有sol残基，但在top中写有20132个水

老师您可以说的再详细一点嘛，我是新人，有点愚钝，谢谢您！

作者
Author: iueh 时间: 2021-7-14 15:10
可以编写一个index文件，把所有原子分类索引一下，然后 -n index ,应该就没问题了

作者
Author: 木林森 时间: 2021-7-14 15:29

UPC-Ning 发表于 2021-7-14 15:04
老师您可以说的再详细一点嘛，我是新人，有点愚钝，谢谢您！

在top中按顺序写有49E1，G013，LM5M，SOL 四种残基，那么在pdb文件中也应一一对应（数目和名字及顺序均要对应）。
1、从你的pdb中看出49E1残基由三个原子组成，那么在top中就不应是1个，应是5000个；
2、其余残基也是一样的，我没找到你水分子的残基名，也即SOL,但是你在top中却写到它有20132个
所以你需要先把pdb文件整理好，理好个残基数目顺序，再去修改top就容易了。

作者
Author: UPC-Ning 时间: 2021-7-14 16:04

木林森发表于 2021-7-14 15:29
在top中按顺序写有49E1，G013，LM5M，SOL 四种残基，那么在pdb文件中也应一一对应（数目和名字及顺序均要 ...

好的谢谢老师！

作者
Author: UPC-Ning 时间: 2021-7-14 16:05

iueh 发表于 2021-7-14 15:10
可以编写一个index文件，把所有原子分类索引一下，然后 -n index ,应该就没问题了

好的谢谢老师，我去试下

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