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标题: 关于gromacs里面的rvdw-switch参数的问题 [打印本页]

作者
Author: BBBcf 时间: 2021-7-14 10:24
标题: 关于gromacs里面的rvdw-switch参数的问题
最近发现之前用gromacs跑的分子动力学中，有一个参数rvdw-switch被我设置成了1.0，而我看文档中它的默认值是0，我想知道这个参数会对我的模拟体系有什么影响吗？我的体系是78个氨基酸的单链蛋白，还有这个参数究竟是怎么来对范德华力发挥作用的呢？请各路大神赐教！

title                = No_Restrain
; Run parameters
integrator             = md         ; leap-frog integrator
nsteps                = 250000000    ; (500 ns)
dt                   = 0.002      ; 2 fs
; Output controli
nstxout                = 10000    ; save coordinates every 20 ps
nstvout                = 10000    ; save velocities every 20 ps
nstenergy             = 10000    ; save energies every 20 ps
nstlog                = 10000    ; update log file every 20 ps
; Bond parameters
continuation          = yes    ; continuing from NPT
constraint_algorithm = lincs
constraints          = h-bonds ; bonds to H are constrained
lincs_iter             = 1       ; accuracy of LINCS
lincs_order          = 4       ; also related to accuracy
; Neighbor searching and vdW
cutoff-scheme          = Verlet
ns_type                = grid    ; search neighboring grid cells
nstlist                = 20       ; largely irrelevant with Verlet
rlist                = 1.2
vdwtype                = cutoff
vdw-modifier          = force-switch
rvdw-switch          = 1.0
rvdw                   = 1.2    ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype          = PME    ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
rcoulomb             = 1.2
pme_order             = 4
fourierspacing       = 0.16    ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling
tcoupl                = V-rescale                   ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate
tau_t                = 0.1 0.1                   ; time constant, in ps
ref_t                = 300 300                   ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling
pcoupl                = Berendsen          ; pressure coupling is on for NPT
pcoupltype             = isotropic                   ; uniform scaling of box vectors
tau_p                = 2.0                         ; time constant, in ps
ref_p                = 1.0                         ; reference pressure, in bar
compressibility       = 4.5e-5                      ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling       = com
; Periodic boundary conditions
pbc                   = xyz    ; 3-D PBC
; Dispersion correction is not used for proteins with the C36 additive FF
DispCorr             = EnerPres
; Velocity generation
gen_vel                = no       ; continuing from NPT equilibration

也附上我的mdp可以看看有没有其他问题

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-14 15:25
如果不是很懂原理，不要随便改
vdw-modifier应当用默认的Potential-shift-Verlet
如果用的是CHARMM力场，就按照官方推荐的那么设就完了
switch的意义看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的ppt：
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: BBBcf 时间: 2021-7-14 20:18

sobereva 发表于 2021-7-14 15:25
如果不是很懂原理，不要随便改
vdw-modifier应当用默认的Potential-shift-Verlet
如果用的是CHARMM力场， ...

谢谢老师，学到啦！

作者
Author: ovolcano 时间: 2024-9-2 10:19

sobereva 发表于 2021-7-14 15:25
如果不是很懂原理，不要随便改
vdw-modifier应当用默认的Potential-shift-Verlet
如果用的是CHARMM力场， ...

sob老师，请问描述switch算法的具体文章是哪一篇？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-3 11:26

ovolcano 发表于 2024-9-2 10:19
sob老师，请问描述switch算法的具体文章是哪一篇？

Molecular modelling Principles and applications(Leach A.R.,2ed,2001)书里就有讲

作者
Author: ovolcano 时间: 2024-9-3 16:04

sobereva 发表于 2024-9-3 11:26
Molecular modelling Principles and applications(Leach A.R.,2ed,2001)书里就有讲

谢谢sob老师！

作者
Author: xishaofan 时间: 2024-12-2 21:05

sobereva 发表于 2021-7-14 15:25
如果不是很懂原理，不要随便改
vdw-modifier应当用默认的Potential-shift-Verlet
如果用的是CHARMM力场， ...

sob老师，我用的gaff2力场，vdw-modifier用默认的Potential-shift-Verlet可以嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-2 21:59

xishaofan 发表于 2024-12-2 21:05
sob老师，我用的gaff2力场，vdw-modifier用默认的Potential-shift-Verlet可以嘛

可以

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