计算化学公社

标题: CP2K计算OT和K点时卡住 [打印本页]

作者
Author: a9471163 时间: 2021-7-14 11:28
标题: CP2K计算OT和K点时卡住
本帖最后由 a9471163 于 2021-7-14 16:46 编辑

老师您好，我按照《CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法》一文编译了cp2k，编译过程没报错，随后使用GFN1-xTB进行几何结构优化和晶胞参数优化（命令是mpirun -np 24 cp2k.popt directxtb.inp |tee directxtb.out），发现OT计算一步卡住，进一步测试发现，同一个inp输入文件，提交给官方预编译的CP2K可以计算，说明inp文件没问题，是我自己编译cp2k的问题。不过，我自己编译的cp2k可以成功运行文中的test.inp。随后发现，我的问题不是个例，群里有人对我说，按《CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法》一文，编译cp2k的过程中没报错，可OT和k点计算的时候会卡住不动，如果./install_cp2k_toolchain.sh--with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=install这一步不安装openmpi，而选择自己手动安装openmpi，也无法解决这个问题。如果把openMPI卸载后重新编译，也无法解决该问题。并且发现CP2K版本8.1,8.2都这样，但7.1版按相同流程编译，没有问题。
我个人觉得出现这种问题，可能已经不是openMPI的问题了，不知道该怎么解决该问题，还请老师指导一下，感谢

(, 下载次数 Times of downloads: 36)

作者
Author: a9471163 时间: 2021-7-14 11:30
自己手动安装openMPI，也试过采用《量子化学程序ORCA的安装方法》一文中提及的安装方法，但是无效，OT和K点计算会卡住

作者
Author: a9471163 时间: 2021-7-14 11:31
OT和K点计算会卡住，一直卡着，没有报错

作者
Author: a9471163 时间: 2021-7-14 12:45
本帖最后由 a9471163 于 2021-7-14 13:03 编辑

会不会是有未知病毒感染了官网的CP2K ，导致其瘫痪，我系统CENTOS 8.0 不是最新的，我CP2K 8.1 也不是最新的，那么我就没有什么新的插件出现，也就是说，以前相同的系统、相同的CP2K软件版本号，编译下来，是没这问题的，但现在不行了，只能说明什么，现在下载的CP2K安装包，跟以前不一样了哇...个人猜测的，不过问了下别人，应该可能性不大，因为这个安装包是在GitHub挂着的

作者
Author: a9471163 时间: 2021-7-14 13:28
运行./install_cp2k_toolchain.sh --help可以查看toolchain的帮助。可见有的库默认是安装的，有的默认不装，通过选项来决定，可以按需调整。可能是这些默认安装的库之间兼容性出了问题，所以要手动调整，不用toolchain的默认安装了，这是一个推测

作者
Author: a9471163 时间: 2021-7-14 13:29
我们查一下cp2k7.1默认安装哪些插件照搬到8.2版 7.1版本默认不安装的那些插件 8.2这边也就取消选择别让他默认安装这样就有可能成功因为7.1是成功了的

作者
Author: abin 时间: 2021-7-14 14:13
猜测是编译中使用了部分优化参数，而导致兼容性有问题。

如果无特殊需求，采用官方提供的二进制版本即可，可能稍微慢一点。

或许，
给我你的输入文件，
我测试一下。签名信息中可以找到电邮。

另，你有测试，你编译的版本，算例均通过吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-14 15:19

a9471163 发表于 2021-7-14 11:30
自己手动安装openMPI，也试过采用《量子化学程序ORCA的安装方法》一文中提及的安装方法，但是无效，OT和K点 ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了

别人回答你的问题得连着看好几楼的帖子，累死了

作者
Author: a9471163 时间: 2021-7-14 16:10
本帖最后由 a9471163 于 2021-7-14 16:12 编辑

abin 发表于 2021-7-14 14:13
猜测是编译中使用了部分优化参数，而导致兼容性有问题。

如果无特殊需求，采用官方提供的二进制版本即可 ...

好的，非常感谢您，没有测试很多算例，因为第一个文件跑POPT版就过不了，就没来得及测其他算例

作者
Author: a9471163 时间: 2021-7-14 16:11

sobereva 发表于 2021-7-14 15:19
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

对不起，我再仔细看一下版规，以后注意

作者
Author: abin 时间: 2021-7-14 16:14

a9471163 发表于 2021-7-14 16:10
好的，非常感谢您，没有测试很多算例，因为第一个文件跑POPT版就过不了，就没来得及测其他算例

编译完毕,
官方推荐的算例测试, 都不搞一下子.

你敢确认你编译的版本就不会带来可怕的数值错误?

作者
Author: a9471163 时间: 2021-7-14 16:16

abin 发表于 2021-7-14 16:14
编译完毕,
官方推荐的算例测试, 都不搞一下子.

对不起，现在就测一下。编译是按着sob老师教程，一点没改的，所以一开始比较放心，觉得应该没问题，您指出的这点很有道理

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2021-7-26 22:36
我也遇到同样问题，后来断掉了，提示无法分配内存，请问你是怎么解决的？

作者
Author: a9471163 时间: 2021-7-29 18:11

ZHANGZY 发表于 2021-7-26 22:36
我也遇到同样问题，后来断掉了，提示无法分配内存，请问你是怎么解决的？

工程师安的，popt也不能用工程师说8.X之后的版本就用psmp即可

作者
Author: taowenchen 时间: 2022-1-15 08:57
我也遇到同样的问题，8.2用psmp版本也是同样的问题

作者
Author: ChemG 时间: 2022-1-16 14:37

taowenchen 发表于 2022-1-15 08:57
我也遇到同样的问题，8.2用psmp版本也是同样的问题

要么根据 http://bbs.keinsci.com/thread-25553-1-1.html 帖子方法在&GLOBAL中加入PREFERRED_DIAG_LIBRARY SL，要么编译最新的CP2K 9.1。都可以解决问题

作者
Author: taowenchen 时间: 2022-1-17 09:39

ChemG 发表于 2022-1-16 14:37
要么根据 http://bbs.keinsci.com/thread-25553-1-1.html 帖子方法在&GLOBAL中加入PREFERRED_DIAG_LIBRAR ...

谢谢老师！我去试试

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)