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标题: orca5.0 优化有机镍配合物出错 [打印本页]

作者
Author: huozhong 时间: 2021-7-14 13:13
标题: orca5.0 优化有机镍配合物出错
orca5.0安装应该是没有问题的，按社长的教程装的（http://sobereva.com/451和http://sobereva.com/409）
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[root@localhost oi]# mpiexec --version
mpiexec (OpenRTE) 4.1.1

[root@localhost ~]# which mpirun
/root/hcp/openmpi411/bin/mpirun

Report bugs to http://www.open-mpi.org/community/help/

[root@localhost oi]# which orca
alias orca='/root/hcp/orca500/orca'
/root/hcp/orca500/orca

以及.bashrc中的环境变量为：

export PATH=$PATH:/root/hcp/openmpi411/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/root/hcp/openmpi411/lib
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1

export PATH=$PATH:/root/hcp/orca500
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/root/hcp/orca500

alias orca='/root/hcp/orca500/orca'
-----------------------------------------------------------------
以下是计算的命令，刚跑5秒左右就报错，附件是输入和输出文件
-----------------------------------------------------------------
[root@localhost oi]# orca LNiCO.inp > LNiCO.out
[localhost:04691] *** An error occurred in MPI_Type_match_size
[localhost:04691] *** reported by process [3267428353,1]
[localhost:04691] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[localhost:04691] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[localhost:04691] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
[localhost:04691] *** and potentially your MPI job)
[localhost.localdomain:04686] 4 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal
[localhost.localdomain:04686] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
.... aborting the run
-----------------------------------------------------------------
按屏幕中的提醒好像是mpirun运行有问题，但我检查了which mpirun和mpiexec --version没有问题，不知道哪里出错了，新人求助

作者
Author: biogon 时间: 2021-7-14 13:18
你环境变量还有没有其他MPI？

作者
Author: huozhong 时间: 2021-7-14 13:23

biogon 发表于 2021-7-14 13:18
你环境变量还有没有其他MPI？

没有了，我用的root用户，下面是环境变量的所有信息。在安装orca5.0时反复装了好几个版本的mpi，但现在已经把其他版本的mpi删除了
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# .bashrc

# User specific aliases and functions

alias rm='rm -i'
alias cp='cp -i'
alias mv='mv -i'

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
. /etc/bashrc
fi
#export g09root=/root/home/hcp
#export GAUSS_SCRDIR=/root/home/hcp/g09/scratch
#source /root/home/hcp/g09/bsd/g09.profile

export PATH=$PATH:/root/hcp/openmpi411/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/root/hcp/openmpi411/lib
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1

export PATH=$PATH:/root/hcp/orca500
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/root/hcp/orca500
-- INSERT --
--------------------------------------------------------------------------

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-14 15:23
先串行运行，看看到底是ORCA代码问题还是MPI的问题

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-14 15:36
试试简单分子（比如水分子）的单点能计算会不会也有这个问题

作者
Author: huozhong 时间: 2021-7-14 16:24

wzkchem5 发表于 2021-7-14 15:36
试试简单分子（比如水分子）的单点能计算会不会也有这个问题

您好，我试了水分子的单点能，没有问题。试了水分子的优化结构，也没有问题。都可以正常结束

作者
Author: huozhong 时间: 2021-7-14 16:28

sobereva 发表于 2021-7-14 15:23
先串行运行，看看到底是ORCA代码问题还是MPI的问题

社长你好，我刚开始用orca，串行运行是要下载和安装另一种版本的orca5.0软件（静态库版）吗？

作者
Author: huozhong 时间: 2021-7-14 16:32

wzkchem5 发表于 2021-7-14 15:36
试试简单分子（比如水分子）的单点能计算会不会也有这个问题

您好，我又试了一遍有机镍配合物（LNiCO.inp），同样报错，大概运行5秒左右就停了，报错信息同上。输入文件中除了分子式与水分子优化的输入文件（h2oopt.inp）不同之外，其他完全一样，同一个软件。
这是不是orca软件的问题？
-------------------------------------------------------------------------
[root@localhost oi]# orca LNiCO.inp > LNiCO.out
[localhost:03689] *** An error occurred in MPI_Type_match_size
[localhost:03689] *** reported by process [3740205057,5]
[localhost:03689] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[localhost:03689] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[localhost:03689] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
[localhost:03689] *** and potentially your MPI job)
[localhost.localdomain:03680] 3 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal
[localhost.localdomain:03680] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
.... aborting the run

[root@localhost oi]#

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-14 16:33

huozhong 发表于 2021-7-14 16:28
社长你好，我刚开始用orca，串行运行是要下载和安装另一种版本的orca5.0软件（静态库版）吗？

串行=不并行

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-14 16:34

huozhong 发表于 2021-7-14 09:24
您好，我试了水分子的单点能，没有问题。试了水分子的优化结构，也没有问题。都可以正常结束

试试在算你的Ni的配合物的时候，去掉%maxcore那一行，看看会不会有这个问题。
如果还有问题，把分子删掉一部分，看看是不是分子大于某个大小才会触发这个问题

作者
Author: Childhood 时间: 2021-7-14 16:39
或者使用一下绝对路径来调用一下 Orca？

作者
Author: huozhong 时间: 2021-7-14 17:07

wzkchem5 发表于 2021-7-14 16:34
试试在算你的Ni的配合物的时候，去掉%maxcore那一行，看看会不会有这个问题。
如果还有问题，把分子删掉 ...

您好，去掉%maxcore那一行，报错出现同样的问题。
尝试了一个一个删除官能团（去掉苯环，LNiCOdeben.inp；去掉硅，LNiCOdebensi.inp），以及删除镍原子（去掉镍，LNiCOdeNi.inp）单独跑，同样报错。最后删的只剩下42个原子（C, H Si, Cl: miji.inp）报错还是同样的问题。
---------------------------------------------------------------------------------------------
[root@localhost oi]# orca miji.inp > miji.out
[localhost:04323] *** An error occurred in MPI_Type_match_size
[localhost:04323] *** reported by process [3226796033,5]
[localhost:04323] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[localhost:04323] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[localhost:04323] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
[localhost:04323] *** and potentially your MPI job)
[localhost.localdomain:04314] 5 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal
[localhost.localdomain:04314] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
.... aborting the run
---------------------------------------------------------------------------------------------
但我单独在GaussianView中摆一个苯环（12个原子）,用multiwfn转化格式后（ben.inp），就可以正常计算结束（ben.out）。同样在GaussianView中摆四个苯环（42个原子，ben.inp）同样报错（ben.out）,下面是报错时屏幕的输出信息：
---------------------------------------------------------------------------------------------
[root@localhost oi]# orca 4ben.inp > 4ben.out
[localhost:04631] *** An error occurred in MPI_Type_match_size
[localhost:04631] *** reported by process [3265200129,3]
[localhost:04631] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[localhost:04631] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[localhost:04631] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
[localhost:04631] *** and potentially your MPI job)
[localhost.localdomain:04624] 2 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal
[localhost.localdomain:04624] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
.... aborting the run

---------------------------------------------------------------------------------------------
好奇怪,orca5.0 在 RI-B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP下42个原子优化或者单点都报错！！

作者
Author: huozhong 时间: 2021-7-14 17:08

Childhood 发表于 2021-7-14 16:39
或者使用一下绝对路径来调用一下 Orca？

你好，尝试了绝对路径还是报错，同样问题。

---------------------------------------------------------------------
[root@localhost oi]# /root/hcp/orca500/orca miji.inp

......

Reading SHARK input file miji.SHARKINP.tmp ... ok
----------------------
SHARK INTEGRAL PACKAGE
----------------------

Number of atoms                            ...    42
Number of basis functions                ... 739
Number of shells                         ... 305
Maximum angular momentum                   ...    3
Integral batch strategy                   ... SHARK/LIBINT Hybrid
RI-J (if used) integral strategy          ... SPLIT-RIJ (Revised 2003 algorithm where possible)
Printlevel                               ...    1
Contraction scheme used                   ... SEGMENTED contraction
Coulomb Range Separation                   ... NOT USED
Exchange Range Separation                ... NOT USED
Finite Nucleus Model                      ... NOT USED
Auxiliary Coulomb fitting basis          ... AVAILABLE
# of basis functions in Aux-J          ... 1188
# of shells in Aux-J                   ... 404
Maximum angular momentum in Aux-J       ...    4
Auxiliary J/K fitting basis                ... NOT available
Auxiliary Correlation fitting basis       ... NOT available
Auxiliary 'external' fitting basis       ... NOT available
Integral threshold                         ...    1.000000e-10
Primitive cut-off                         ...    1.000000e-11
Primitive pair pre-selection threshold    ...    1.000000e-11

Calculating pre-screening integrals       ... done (  0.2 sec) Dimension = 305
Organizing shell pair data                ... done (  0.2 sec)
Shell pair information
Total number of shell pairs                ...    46665
Shell pairs after pre-screening          ...    35242
Total number of primitive shell pairs    ... 142293
Primitive shell pairs kept                ...    71619
      la=0 lb=0: 9944 shell pairs
      la=1 lb=0:  10452 shell pairs
      la=1 lb=1: 2812 shell pairs
      la=2 lb=0: 4729 shell pairs
      la=2 lb=1: 2550 shell pairs
      la=2 lb=2: 624 shell pairs
      la=3 lb=0: 2243 shell pairs
      la=3 lb=1: 1193 shell pairs
      la=3 lb=2: 553 shell pairs
      la=3 lb=3: 142 shell pairs

Calculating one electron integrals       ... done (  0.1 sec)
Calculating RI/J V-Matrix + Cholesky decomp.... [localhost:04431] *** An error occurred in MPI_Type_match_size
[localhost:04431] *** reported by process [3250978817,2]
[localhost:04431] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[localhost:04431] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[localhost:04431] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
[localhost:04431] *** and potentially your MPI job)
[localhost.localdomain:04425] 5 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal
[localhost.localdomain:04425] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages

ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 6  /root/hcp/orca500/orca_gtoint_mpi miji.int.tmp miji
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

作者
Author: huozhong 时间: 2021-7-14 17:10

sobereva 发表于 2021-7-14 16:33
串行=不并行

社长您好，有相关的串行教程吗？在论坛没找到，感谢答复

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-14 17:30

huozhong 发表于 2021-7-14 10:10
社长您好，有相关的串行教程吗？在论坛没找到，感谢答复

串行就是不写%pal那一行，等于用一个核跑。。。

作者
Author: huozhong 时间: 2021-7-14 17:39

wzkchem5 发表于 2021-7-14 17:30
串行就是不写%pal那一行，等于用一个核跑。。。

我试了串行（删掉%pal那一行），果然不报错了（跑了五分钟，还在运行），但是我这个镍配合物有103个原子，这样一个核跑是不是很耗时（现在设置的是10G内存，单核）！

有什么办法能够多核跑吗？感谢！！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-14 17:46

huozhong 发表于 2021-7-14 10:39
我试了串行（删掉%pal那一行），果然不报错了（跑了五分钟，还在运行），但是我这个镍配合物有103个原子 ...

你看一下这个帖子，https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=9&t=7566
里面提的解决方法都试一遍，如果仍然不行，在那个主题帖底下发个帖子，详细说明你这个问题的情况，我们这边的人会帮你解决

作者
Author: Novice 时间: 2021-7-14 19:01
本帖最后由 Novice 于 2021-7-14 19:03 编辑

楼上给的链接https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=9&t=7566有相关报错，如果你用的是Ubuntu，需要先安装gfortran再编译Openmpi，以下是相关楼层的讨论内容:
If there is no gfortran around on the machine it will not do the "Build MPI Fortran bindings" part.
So in Ubuntu just run: "sudo apt-get install gfortran" and then re-compile OpenMPI like you did in the first place, worked for me.
我在Ubuntu20.04安装Orca5.0并行的时候遇到了和你一样的报错，先安装gfortran再编译Openmpi后，成功并行orca5.

作者
Author: huozhong 时间: 2021-7-14 21:13

Novice 发表于 2021-7-14 19:01
楼上给的链接https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=9&t=7566有相关报错，如果你用的是Ubuntu，需 ...

非常感谢，在按照链接里的方法排查。我用的是CentOS8,在vmware下安装的，8核40G内存，感谢回复

作者
Author: yaochuang 时间: 2021-8-7 11:46

huozhong 发表于 2021-7-14 21:13
非常感谢，在按照链接里的方法排查。我用的是CentOS8,在vmware下安装的，8核40G内存，感谢回复

您好，请问您的问题解决了吗？我也遇到相同的问题，我发现原子超过25就会出现这样的问题，小于25个原子的运行正常。好奇怪啊，不知道怎么解决

作者
Author: renzhogn424 时间: 2021-8-7 19:48

yaochuang 发表于 2021-8-7 11:46
您好，请问您的问题解决了吗？我也遇到相同的问题，我发现原子超过25就会出现这样的问题，小于25个原子的 ...

看看是不是内存占用满了。。。

作者
Author: huozhong 时间: 2021-8-22 08:59

yaochuang 发表于 2021-8-7 11:46
您好，请问您的问题解决了吗？我也遇到相同的问题，我发现原子超过25就会出现这样的问题，小于25个原子的 ...

改回orca 4.2.1了，不想用orca5。

作者
Author: huozhong 时间: 2021-8-22 08:59

renzhogn424 发表于 2021-8-7 19:48
看看是不是内存占用满了。。。

应该不是

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-22 15:38

huozhong 发表于 2021-8-22 01:59
改回orca 4.2.1了，不想用orca5。

你装了gfortran仍然没有解决吗？
如果是的话，建议在orca论坛上报一下问题，如果遇到问题就不用的话，即使是我们orca团队的问题，我们也没办法改进啊

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-22 15:39

yaochuang 发表于 2021-8-7 04:46
您好，请问您的问题解决了吗？我也遇到相同的问题，我发现原子超过25就会出现这样的问题，小于25个原子的 ...

看你楼上我发的链接，先检查有没有装gfortran，如果装了gfortran还是解决不了，把我发的那个主题帖里的所有办法都试一下

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)