计算化学公社

标题: 如何可以根据静电能创造空位，用pymatgen [打印本页]

作者
Author: ZizhenZhou 时间: 2021-7-14 13:40
标题: 如何可以根据静电能创造空位，用pymatgen
如题请教各位大神，小弟想在Li1.2Ni0.2Mn0.6O2的结构中删除10%，20% 的Li元素。
之前曾经用pymatgen搞过元素按比例替换并且可以按照静电能排序，于是想用相同的理念搞一些空位出来，可以pymatgen用的真的不熟练很痛苦，特此求教。能有同样作用的其他办法也希望大神不吝赐教。

作者
Author: 乘风万里 时间: 2021-7-16 15:41
本帖最后由乘风万里于 2021-7-16 16:39 编辑

import random
from pymatgen import Structure
path = 'xxxx'
struct = Structure.from_file(path + 'mp-771112.cif')
remove_rate = 0.2
print(struct)
li_index = []
for i,j in enumerate(struct.sites):
if j.species_string == 'Li':
li_index.append(i)
remove_index = random.sample(li_index, int(len(li_index)*remove_rate + 0.5))
struct.remove_sites(remove_index)
print(struct)
struct.to(filename=path+'edited.cif')

复制代码

我从materials project 下了 Li2Mn3NiO8 晶胞（mp-771112），写了点code。这个原胞里有8个Li，20%浓度删除2个Li（近似值）。
需要更低或者精确的浓度的话直接用pymatgen Structure 类的 make_supercell method 扩胞，选好扩胞的矢量（3x3 scaling matrix）就能按精确的浓度删除Li。
都是小脚本，没啥难度。

作者
Author: ZizhenZhou 时间: 2021-7-18 08:04
大神方便留个邮箱或者微信号吗

作者
Author: 乘风万里 时间: 2021-7-23 11:01

ZizhenZhou 发表于 2021-7-18 08:04
大神方便留个邮箱或者微信号吗

有问题请发帖或者站内私信。

作者
Author: robert 时间: 2021-7-26 22:02
最近也在学习pymatgen，请教您之前做的，用pymatgen搞过元素按比例替换并且可以按照静电能排序，这个是怎么实现的啊，特别是静电能这一块，希望赐教~

作者
Author: ZizhenZhou 时间: 2021-7-27 20:43

robert 发表于 2021-7-26 22:02
最近也在学习pymatgen，请教您之前做的，用pymatgen搞过元素按比例替换并且可以按照静电能排序，这个是怎么 ...

from pymatgen.analysis.adsorption import *
from pymatgen.core.surface import Slab, SlabGenerator, generate_all_slabs, Structure, Lattice, ReconstructionGenerator
from pymatgen.symmetry.analyzer import SpacegroupAnalyzer
from pymatgen.core.structure import Structure
from pymatgen.ext.matproj import MPRester
from matplotlib import pyplot as plt
from pymatgen.io.vasp.inputs import Poscar
from pymatgen.io.cif import CifParser, CifWriter
from pymatgen.transformations.standard_transformations import SubstitutionTransformation, OrderDisorderedStructureTransformation, SupercellTransformation
import os
from pymatgen.analysis.defects.core import Defect
#mp_id = "mp-551830"
#struct = mpr.get_structure_by_material_id(mp_id)
filename = './CONTCAR.cif'
parser = CifParser(filename)
init_structure = parser.get_structures(primitive =False)[0]

# add oxidation states to the structure
data = {"Li":+1, "Mn":+3, "O":-2}
init_structure.add_oxidation_state_by_element(data)

# substitute to get the partial occupancied structure
species_map = {"Mn3+":{"Li1+":0.185, "Ni2+":0.185, "Mn4+":0.63}}
substitutuin = SubstitutionTransformation(species_map)
structure = substitutuin.apply_transformation(init_structure)

sc = SupercellTransformation().from_scaling_factors(4,4,1)
structure = sc.apply_transformation(structure)
#structure.make_supercell([[3,0,0],
# [0,3,0],
# [0,0,1]])

print(structure)
order = OrderDisorderedStructureTransformation()
standard_structures = order.apply_transformation(structure,return_ranked_list=10000)
print('done')

i = 1
for s in standard_structures:
cif = CifWriter(s['structure'])
cif.write_file('./2/structure_{:0>3d}.cif'.format(i))
i+=1
print(i)

这是我用的代码，希望能办上忙

作者
Author: robert 时间: 2021-7-29 12:28
本帖最后由 robert 于 2021-7-29 12:30 编辑

ZizhenZhou 发表于 2021-7-27 20:43
from pymatgen.analysis.adsorption import *
from pymatgen.core.surface import Slab, SlabGenerator, ...

十分感谢！我研究一下，跑跑试试。老哥可以加个联系方式吗~

作者
Author: ZizhenZhou 时间: 2021-8-3 14:58
跟随楼上大神，站内说吧

作者
Author: royluo 时间: 2022-1-19 14:16

ZizhenZhou 发表于 2021-7-27 20:43
from pymatgen.analysis.adsorption import *
from pymatgen.core.surface import Slab, SlabGenerator, ...

您好，按照您这个代码生成的结构好像没有独立对称性，会产生很多在对称性上重复的结构.....请问这个要在pymatgen里面加哪个模块来筛选对称独立的结构呢，谢谢！

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