计算化学公社

标题: 求助：计算两个构象之间的静电能差 [打印本页]

作者
Author: 1900 时间: 2021-7-14 17:26
标题: 求助：计算两个构象之间的静电能差
我现在想要计算分子两个构象的静电能差，需要用什么软件？APBS可以么？具体该怎么计算？求教

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-14 17:37
描述清楚什么叫“静电能差”

作者
Author: 1900 时间: 2021-7-14 19:37

sobereva 发表于 2021-7-14 17:37
描述清楚什么叫“静电能差”

十分抱歉。因为体系中含有离子，如果单纯计算分子内原子之间的库伦能的话是十分不准确的。我想要知道分子在构象变化中，静电的贡献有多大。所以我想要计算的是在某一离子浓度下，有机分子的某一构象的静电能。然后比较不同构象之间的静电能的大小关系。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-14 22:33
先把你用的模拟程序、计算方法充分交代清楚，都不知道是在什么语境下的

作者
Author: 1900 时间: 2021-7-17 11:40

sobereva 发表于 2021-7-14 22:33
先把你用的模拟程序、计算方法充分交代清楚，都不知道是在什么语境下的

十分抱歉，最近在修电脑，回复晚了。是这样的，我用gromacs对DNA分子在150mM NaCl下进行了一个平衡态的模拟，将得到的构象按照弯曲程度进行了分类。我想要对比不同弯曲程度下的静电能是否存在规律。我按照您之前推荐的关于apbs的一篇文章的介绍，计算了构象静电能的热力学循环进行了计算，不知道这样做合理不合理。文章《Biomolecular Applications of
Poisson–Boltzmann Methods》，循环如下：

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-17 15:45

1900 发表于 2021-7-17 11:40
十分抱歉，最近在修电脑，回复晚了。是这样的，我用gromacs对DNA分子在150mM NaCl下进行了一个平衡态的模 ...

应当明确，当前情况的静电作用有分子内的静电作用，也有溶质-溶剂间的静电作用，前者靠gromacs里设置能量组就能提取，后者靠GB或者PB模型来求解。这两方面都可以讨论

作者
Author: 1900 时间: 2021-7-18 16:15

sobereva 发表于 2021-7-17 15:45
应当明确，当前情况的静电作用有分子内的静电作用，也有溶质-溶剂间的静电作用，前者靠gromacs里设置能量 ...

多谢sob老师，我按照您说的尝试了一下，结果大致合理。再次感谢您的帮助。

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