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标题: gromacs 报错 cut-off比盒子矢量的一半要长 [打印本页]

作者
Author: UPC-Ning 时间: 2021-7-14 19:17
标题: gromacs 报错 cut-off比盒子矢量的一半要长
本帖最后由 UPC-Ning 于 2021-7-15 09:19 编辑

各位老师好，我在运行grompp指令时报错发生在 [file test1.top,line 33]，cut-off比盒子矢量的一半要长，可是.top文件内并未设置cutoff，应该如何修改呢？望各位老师指正！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-14 22:28
上传top、itp、mdp文件

作者
Author: UPC-Ning 时间: 2021-7-14 23:04

sobereva 发表于 2021-7-14 22:28
上传top、itp、mdp文件

sob老师我已重新编辑并上传了您提到的文件，其中三个分子.itp均由ATB产生并用packmol创建了10nm*10*10的盒子。.mdp文件自己为自己手写，力场也引用了ATB中所提供的力场信息。再次感谢sob老师的指点

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-14 23:17
test1.pdb也上传

作者
Author: UPC-Ning 时间: 2021-7-15 09:20

sobereva 发表于 2021-7-14 23:17
test1.pdb也上传

上传完毕了sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-15 12:39

UPC-Ning 发表于 2021-7-15 09:20
上传完毕了sob老师

你的pdb文件里没有盒子信息（CRYST1字段），所以才以为cutoff小于盒子的一半

作者
Author: UPC-Ning 时间: 2021-7-15 15:11

sobereva 发表于 2021-7-15 12:39
你的pdb文件里没有盒子信息（CRYST1字段），所以才以为cutoff小于盒子的一半

谢谢sob老师提醒！

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