计算化学公社

标题: 通过for循环提取trr文件中各个时刻各个原子坐标 [打印本页]

作者
Author: khu910 时间: 2021-7-14 19:25
标题: 通过for循环提取trr文件中各个时刻各个原子坐标
如下图所示程序，通过转换之后提取各个时刻各个原子坐标，问题主要为：（1）如图将for循环转换为并行计算之后，坐标提取不完整；（2）提取出来的坐标不像串行计算那样按一定顺序分布。针对以上问题应该如何更改呢？即如何将for循环串行计算转换为并行计算，并将计算结果按顺序输出。

作者
Author: lyj714 时间: 2021-7-14 19:39
本帖最后由 lyj714 于 2021-7-14 19:44 编辑

我觉得你还是说清楚你什么体系，目的是做什么比较好。看你写的脚本属实有些臃肿，多次调用外部命令本来就会导致耗时成倍增加，在我看来完全一个awk命令就能完成的所有工作反倒是让你写的无比臃肿和费事难懂。

作者
Author: khu910 时间: 2021-7-14 19:53

lyj714 发表于 2021-7-14 19:39
我觉得你还是说清楚你什么体系，目的是做什么比较好。看你写的脚本属实有些臃肿，多次调用外部命令本来就会 ...

在水体系中，提取各个水分子和吲哚环在每个时刻的位置，并计算各个水分子每个时刻的质心，以及在各个时刻吲哚对各个水分子的力等。

作者
Author: lonemen 时间: 2021-7-14 20:05
trr文件可以直接读取吗?我打开是乱码。

作者
Author: lyj714 时间: 2021-7-14 20:31
本帖最后由 lyj714 于 2021-7-14 20:38 编辑

khu910 发表于 2021-7-14 19:53
在水体系中，提取各个水分子和吲哚环在每个时刻的位置，并计算各个水分子每个时刻的质心，以及在各个时刻 ...

那就完全没必要自己写，直接g_traj（低版本gmx）或者gmx traj（高版本gmx）提取不就完事了？-mol选项就是提取的分子属性(提供分子编号index文件)，-ox， -of分别可提取坐标和力，-com提取的是分子质心。

何况你自己写的也不是很对，看你写的没有考虑周期性，盒子边界分子完整。
自己写一般可不是你这样的，直接以trjconv -exec的外挂命令执行处理每一帧数据才是高效的。

作者
Author: khu910 时间: 2021-7-14 20:52

lyj714 发表于 2021-7-14 20:31
那就完全没必要自己写，直接g_traj（低版本gmx）或者gmx traj（高版本gmx）提取不就完事了？-mol选项就是 ...

好的，谢谢，我试试

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)