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标题: 根据QMMM模拟结果如何计算自由能 [打印本页]

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Author: 马博士 时间: 2021-7-15 10:01
标题: 根据QMMM模拟结果如何计算自由能
请问一下，MTD模拟选择多肽中的N原子与周围7个水分子中的H原子的配位数作为CV，动力学模拟发生，有机分子的N接收一个H原子，同时C-N键断裂，持续模拟后N会接收第二个H原子，被质子化。照理说选择N与QM区H2O中H的配位数作为CV，没反应前配位数应该是0，接收一个H后变为1，在接收一个H变为2，但是得到自由能图确是从-0.3到1.1，这是因为计算自由能的命令有误吗，还是因为其他什么原因？计算自由能的命令为graph.popt -ndim 1 -ndw 1 -file QMMM-MTD-1_10000.restart -cp2k，输入文件中变量的命令为
&COLVAR
   &COORDINATION
      ATOMS_FROM 807  ！N atom
      ATOMS_TO 59 60 122 123 173 174 209 210 287 288 290 291 371 372 ....  !  ! H atoms of H2O in QM region
      R0 [angstrom] 1.8
   &END
&END

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