计算化学公社

标题: 请问大家怎么使用VMD求磷脂分子的表面积 [打印本页]

作者
Author: namd学者 时间: 2021-7-15 16:24
标题: 请问大家怎么使用VMD求磷脂分子的表面积
最近看了社长的博客讲了用sasa可以计算分子的表面积，我实际操作了一下，命令是measure sasa 1.4 [atomselect top "lipid"]，求出来是40000多的表面积，我的体系一共有125个POPE分子，除下来平均每个POPE分子表面积在300多。可是我最近找的几篇文献中提到的平均每个POPE分子的表面积大概在65左右，请问是哪个阶段出了问题呢？还是不能用sasa求磷脂分子的表面积也？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-15 16:44
跟你算的SASA完全是两码事
你要得到文献里的那种面积，应当用当前盒子的XY方向的面积除以每一层的磷脂数

作者
Author: namd学者 时间: 2021-7-15 16:55

sobereva 发表于 2021-7-15 16:44
跟你算的SASA完全是两码事
你要得到文献里的那种面积，应当用当前盒子的XY方向的面积除以每一层的磷脂数

噢噢，谢谢社长。我还想问一下就是在什么情况下需要用到sasa来计算表面积呢？

作者
Author: mol 时间: 2021-7-15 20:45
lz提到的65应该是单分子占据面积吧

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-16 15:10

namd学者发表于 2021-7-15 16:55
噢噢，谢谢社长。我还想问一下就是在什么情况下需要用到sasa来计算表面积呢？

对于模拟磷脂膜的情况，没有什么情况需要用SASA

搞明白SASA的定义，自然而然就知道什么时候可能用上

作者
Author: namd学者 时间: 2021-7-19 15:08

mol 发表于 2021-7-15 20:45
lz提到的65应该是单分子占据面积吧

谢谢回答，已解决。

作者
Author: namd学者 时间: 2021-7-19 15:08

sobereva 发表于 2021-7-16 15:10
对于模拟磷脂膜的情况，没有什么情况需要用SASA

搞明白SASA的定义，自然而然就知道什么时候可能用上

谢谢社长。

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