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标题: 求助：Gromacs中通过控制质子化态来模拟不同的酸碱环境 [打印本页]

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Author: 芮啦 时间: 2021-7-15 18:04
标题: 求助：Gromacs中通过控制质子化态来模拟不同的酸碱环境
各位老师好，我现在正学习借助Gromacs来模拟适配体和金属离子的结合情况。我想要通过控制DNA链上各碱基的质子化状态来模拟不同的pH范围，以此来探究适配体和金属离子在不同酸碱环境下的结合情况。希望请教一下各位老师：
1.可以用什么软件来对碱基脱质子，能得到脱质子后各原子的参数信息吗；

2.能不能用高斯脱掉相应位点上的质子，若能的话，在脱质子后需要重新计算链上各原子的参数信息再写入top文件吗。

恳请各位老师指点一下，不胜感激

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-15 18:13
1 用GaussView之类程序手动修改结构

2 搞清楚Gaussian是干什么的，又不是建模程序。

作者
Author: 芮啦 时间: 2021-7-15 23:48

sobereva 发表于 2021-7-15 18:13
1 用GaussView之类程序手动修改结构

2 搞清楚Gaussian是干什么的，又不是建模程序。

谢谢sob老师的指点，我想再请教一下您，在用GaussView手动脱质子之后，需要对脱质子后的DNA链重新建模并写入top文件吗，请问老师这能用什么建模程序实现呢，麻烦老师指点一下

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-16 15:11

芮啦发表于 2021-7-15 23:48
谢谢sob老师的指点，我想再请教一下您，在用GaussView手动脱质子之后，需要对脱质子后的DNA链重新建模并 ...

“建模”指代不明

当前相当于成为了一种新的残基，应该把pdb里的残基名改成新的，并且把rtp里原先那个残基的定义也复制成新的，并且手动编辑里面的定义使得和pdb里的结构的情况一致

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Author: 芮啦 时间: 2021-7-16 18:17

sobereva 发表于 2021-7-16 15:11
“建模”指代不明

当前相当于成为了一种新的残基，应该把pdb里的残基名改成新的，并且把rtp里原先那个 ...

谢谢sob老师的回复，感谢老师指点

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Author: 芮啦 时间: 2021-7-19 15:47
本帖最后由芮啦于 2021-7-19 16:45 编辑

sobereva 发表于 2021-7-16 15:11
“建模”指代不明

当前相当于成为了一种新的残基，应该把pdb里的残基名改成新的，并且把rtp里原先那个 ...

sob老师，我还有两个问题想请教一下您，我MD模拟所用的力场是CHARMM27力场：
1.我能不能使用Multiwfn计算鸟嘌呤脱质子后的RESP电荷，并将计算出来的电荷信息写入top文件中呢
2.鸟嘌呤残基的两端用什么封闭后再进行计算呢
麻烦老师指点一下

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