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标题: MS模拟前使用gromacs加水，发现分子的键断掉 [打印本页]

作者
Author: a9471163 时间: 2021-7-16 16:31
标题: MS模拟前使用gromacs加水，发现分子的键断掉
大家好，想请教一下有没有老师用gromacs给体系加水，随后把该体系提交给MS模拟，我尝试了一下，距离成功只差了一点，因为加完水的体系交给MS后，隐藏水，观察分子的成键是否正确，发现有些单键断开了（原本应该是要显示单键的）
想请教一下如何解决，我不想用MS加水，因为计算太慢了，还是想用gromacs给模型加水，谢谢各位老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-17 02:32
gromacs的solvate或insert-molecules命令加水都不影响原有体系里的键长。M$里测量一下键长，弄清楚是否只是M$显示的原因

作者
Author: a9471163 时间: 2021-7-17 10:18

sobereva 发表于 2021-7-17 02:32
gromacs的solvate或insert-molecules命令加水都不影响原有体系里的键长。M$里测量一下键长，弄清楚是否只是 ...

谢谢老师，最终确定只是显示的问题，随后调整显示方式，可以正常

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