计算化学公社

标题: 如何由cp2k输出的文件绘制态密度曲线和ELF填色图 [打印本页]
作者
Author: nusiew    时间: 2021-7-20 09:45
标题: 如何由cp2k输出的文件绘制态密度曲线和ELF填色图
本帖最后由 nusiew 于 2021-7-20 09:44 编辑

大家上午好！
目前基于cp2k 8.2对熔体结构进行进行AIMD, 在控制文件中设置了波函数、态密度和电子局域化函数输出，得到了wfn文件、DOS文件、PDOS文件和ELF_CUBE文件。目前想要基于这些文件绘制dos、pdos曲线以及ELF填色图。参考电子定域性的图形分析这篇博文的第5部分将wfn文件载入到Multiwfn，回车后出现闪退。请问大家如何基于cp2k的输出文件绘制如下所示的PDOS曲线和ELF填色图？需要哪些输入文件以及参考那些帖子？
感谢大家的解答！

作者
Author: sobereva    时间: 2021-7-21 03:14
看此文了解怎么用CP2K产生能给Multiwfn做波函数分析用的molden文件
使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用
http://sobereva.com/588（http://bbs.keinsci.com/thread-21742-1-1.html）
建议把上文的例子，以及下文的CP2K+Multiwfn联用的例子都看看
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）

有了这样的文件，在Multiwfn里可以以常规方式做任何ELF分析，包括绘制曲线图、平面图、等值面图等等

molden文件（用对角化而不要用OT的，否则里面没轨道能级信息）载入Multiwfn后，可以按下文以常规方式计算各类DOS
使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构
http://sobereva.com/482（http://bbs.keinsci.com/thread-13242-1-1.html）

如果有不清楚的我再具体跟你说
作者
Author: nusiew    时间: 2021-7-21 10:58
本帖最后由 nusiew 于 2021-7-21 11:15 编辑
sobereva 发表于 2021-7-21 03:14
看此文了解怎么用CP2K产生能给Multiwfn做波函数分析用的molden文件
使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法 ...

谢谢sob老师的解答，我将molden文件载入到Multiwfn中，按照博文（http://sobereva.com/482）3.1节步骤绘制出了DOS曲线，但是未能绘制出PDOS曲线。我的inp文件如下，请sob老师帮我看看出现这种问题的原因。由于文件大小限制，将molden文件放在了（https://wws.lanzoui.com/iwUcyro449i）
  1. [url=home.php?mod=space&uid=1993]@SET[/url] SYSNAME CaSiOB
  2. @SET CELL 14.77

  4. &GLOBAL
  5.     PRINT_LEVEL LOW
  6.     PROJECT_NAME ${SYSNAME}
  7.     RUN_TYPE ENERGY                     
  8. &END GLOBAL

  10. &FORCE_EVAL
  11.     METHOD  QS
  12.     &DFT
  13.         BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT
  14.         POTENTIAL_FILE_NAME GTH_POTENTIALS
  15.         &SCF
  16.             MAX_SCF    200
  17.             EPS_SCF    5.0e-6
  18.             SCF_GUESS  ATOMIC              
  19.             &MIXING  T
  20.                 METHOD   PULAY_MIXING
  21.                 ALPHA    0.5
  22.                 NBUFFER  5
  23.             &END MIXING
  24.             &DIAGONALIZATION               
  25.                 ALGORITHM STANDARD
  26.             &END DIAGONALIZATION
  27.         &END SCF
  28.         &QS
  29.             EPS_DEFAULT     1e-10
  30.         &END QS
  31.         &MGRID
  32.             NGRIDS 4
  33.             CUTOFF 600        
  34.             REL_CUTOFF 40     
  35.         &END MGRID
  36.         &XC
  37.             &XC_FUNCTIONAL PBE
  38.             &END XC_FUNCTIONAL
  39.             DENSITY_CUTOFF      1e-10  
  40.             GRADIENT_CUTOFF     1e-10  
  41.             TAU_CUTOFF          1e-10  
  42.             &VDW_POTENTIAL
  43.                 POTENTIAL_TYPE  PAIR_POTENTIAL
  44.                 &PAIR_POTENTIAL
  45.                     R_CUTOFF    9     
  46.                     TYPE        DFTD3
  47.                     PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat
  48.                     REFERENCE_FUNCTIONAL PBE
  49.                     LONG_RANGE_CORRECTION T
  50.                 &END PAIR_POTENTIAL
  51.             &END VDW_POTENTIAL
  52.         &END XC
  53.         &PRINT                          
  54.             &MO_MOLDEN                  
  55.                 NDIGITS 8              
  56.                 GTO_KIND SPHERICAL     
  57.             &END MO_MOLDEN
  58.         &END PRINT
  59.     &END DFT
  60.     &SUBSYS
  61.         &TOPOLOGY
  62.             COORD_FILE ${SYSNAME}.xyz
  63.             COORD_FILE_FORMAT XYZ
  64.             CONN_FILE_FORMAT OFF
  65.         &END TOPOLOGY
  66.         &CELL
  67.             ABC ${CELL} ${CELL} ${CELL}         
  68.             ALPHA_BETA_GAMMA 90.0 90.0 90.0
  69.             MULTIPLE_UNIT_CELL  1 1 1
  70.             PERIODIC XYZ
  71.         &END CELL
  72.         &KIND B
  73.             BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
  74.             POTENTIAL GTH-PBE-q3
  75.         &END KIND
  76.         &KIND O
  77.             BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
  78.             POTENTIAL GTH-PBE-q6
  79.         &END KIND
  80.         &KIND Si
  81.             BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
  82.             POTENTIAL GTH-PBE-q4
  83.         &END KIND
  84.         &KIND Ca
  85.             BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
  86.             POTENTIAL GTH-PBE-q10
  87.         &END KIND
  88.     &END SUBSYS
  89. &END FORCE_EVAL
复制代码


作者
Author: sobereva    时间: 2021-7-22 00:50
nusiew 发表于 2021-7-21 10:58
谢谢sob老师的解答，我将molden文件载入到Multiwfn中，按照博文（http://sobereva.com/482）3.1节步骤绘 ...

说明在Multiwfn里输入的命令

必须先定义片段才能绘制PDOS
作者
Author: nusiew    时间: 2021-7-22 09:21
应该不是定义片段的问题，昨天已经定义过片段了，按照教程的（http://sobereva.com/482）步骤不能够绘出PDOS图像，不知道问题出在哪里，谢谢大家！
作者
Author: 丁越    时间: 2021-7-29 09:09
nusiew 发表于 2021-7-22 09:21
应该不是定义片段的问题，昨天已经定义过片段了，按照教程的（http://sobereva.com/482）步骤不能够绘出PDO ...

&PRINT
                &PDOS
                NLUMO 100
                &END PDOS
&END PRINT
如果在第三行后添加COMPONENTS，就会输出以各个角动量的pdos.最后用官网给的第二个python脚本绘制就行
作者
Author: sobereva    时间: 2021-7-29 10:29
nusiew 发表于 2021-7-22 09:21
应该不是定义片段的问题，昨天已经定义过片段了，按照教程的（http://sobereva.com/482）步骤不能够绘出PDO ...

提示都已经写得很明白了要做什么，显然输入格点间距啊，屏幕上都有例子e.g. 0.25

这又不是报错



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