计算化学公社

标题: cp2k-AIMD 经常遇到out of memory报错 [打印本页]

作者
Author: wangzhe86668 时间: 2021-7-20 02:54
标题: cp2k-AIMD 经常遇到out of memory报错
使用超算进行AIMD计算，140个原子， &DIAGONALIZATION+Smearing，跑了400fs就会报错。

资源使用情况如下：
State: OUT_OF_MEMORY (exit code 0)
Nodes: 4
Cores per node: 80
CPU Utilized: 5-07:37:37
CPU Efficiency: 24.86% of 21-09:20:00 core-walltime
Job Wall-clock time: 01:36:15
Memory Utilized: 694.44 GB (estimated maximum)
Memory Efficiency: 101.59% of 683.59 GB (170.90 GB/node)

请问如何解决该问题？谢谢

作者
Author: biogon 时间: 2021-7-20 08:55
已经说的很明确你内存不够了

作者
Author: Quantum198907 时间: 2021-7-20 09:30
推荐用openmpi，我用intel的mpi会出现这种问题，仅供参考！

作者
Author: newple 时间: 2021-7-20 12:12
亲测，楼上的方法可行。

作者
Author: abin 时间: 2021-7-20 14:20
这又啥奇怪的.

一个cpu核心, 搭配2GB内存, 这是开玩笑的硬件配置吗?

Nodes: 4
Cores per node: 80
Memory Efficiency: 101.59% of 683.59 GB (170.90 GB/node)

明明是硬件配置太差劲了.

要4个节点, 每个节点起20个核心的计算试试. 也就是4节点, 总计80核心计算, 但是要mem_per_cpu = 4GB

作者
Author: wangzhe86668 时间: 2021-7-25 02:46

biogon 发表于 2021-7-20 08:55
已经说的很明确你内存不够了

CP2K可以通过什么方法控制内存使用呢？

作者
Author: wangzhe86668 时间: 2021-7-25 02:46

Quantum198907 发表于 2021-7-20 09:30
推荐用openmpi，我用intel的mpi会出现这种问题，仅供参考！

好的，谢谢啦，我试试

作者
Author: wangzhe86668 时间: 2021-7-25 02:50

abin 发表于 2021-7-20 14:20
这又啥奇怪的.

一个cpu核心, 搭配2GB内存, 这是开玩笑的硬件配置吗?

我计算时使用的是40核，节点有80核。
好的，我减少核心到20试试。

作者
Author: beyond 时间: 2021-7-28 18:04
运算的时候，不要直接mpirun -np 80,
设定下 number of task, number of CPU per task
slurm 有相关的设定

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