计算化学公社

标题: 现在带算的都这么猖狂了吗？ [打印本页]

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作者
Author: 昼夏の忧郁    时间: 2021-7-20 11:46
标题: 现在带算的都这么猖狂了吗？
乍一眼看没看出啥，仔细一瞅细思极恐

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作者
Author: 昼夏の忧郁    时间: 2021-7-20 11:49
审稿的人没看出来吗？

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作者
Author: 昼夏の忧郁    时间: 2021-7-20 11:49
计算细节也是。。。。。

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作者
Author: granvia    时间: 2021-7-20 12:20
计算长期以来处于边缘化的地位。估计编辑和审稿人都是做实验的吧，可能会对计算结果稍关心一下，至于细节才懒得去看

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作者
Author: biogon    时间: 2021-7-20 12:34

granvia 发表于 2021-7-20 12:20
计算长期以来处于边缘化的地位。估计编辑和审稿人都是做实验的吧，可能会对计算结果稍关心一下，至于细节才 ...

这计算级别怕不是在戏耍审稿人

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作者
Author: granvia    时间: 2021-7-20 12:45

biogon 发表于 2021-7-20 12:34
这计算级别怕不是在戏耍审稿人

应该是编辑的责任，找的都是实验背景的审稿人。即便是略知一点计算的审稿人，未必能看出这种计算方法上的低级错误（我也见过国内有些搞计算出身的老师也犯这种低级错误）

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作者
Author: 昼夏の忧郁    时间: 2021-7-20 13:38

biogon 发表于 2021-7-20 12:34
这计算级别怕不是在戏耍审稿人

仔细看看那个能量图，细品

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作者
Author: lonemen    时间: 2021-7-20 13:57
直接说吧，能量图咋了？

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作者
Author: RAL    时间: 2021-7-20 15:13
相对高度吗

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作者
Author: 灰飞的旋律    时间: 2021-7-20 15:20
做实验的人对待计算向来是只看结果不看过程，结果满意就行

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作者
Author: wangzhe    时间: 2021-7-20 16:28

lonemen 发表于 2021-7-20 14:57
直接说吧，能量图咋了？

我也没看出来，刚刚拿尺子比了一下感觉相对高度也没问题的样子

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作者
Author: lonemen    时间: 2021-7-20 17:01

wangzhe 发表于 2021-7-20 16:28
我也没看出来，刚刚拿尺子比了一下感觉相对高度也没问题的样子

嗯嗯，我是外行，看不出。

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作者
Author: sobereva    时间: 2021-7-20 17:07

昼夏の忧郁 发表于 2021-7-20 11:49
计算细节也是。。。。。

这段文字很多地方毫无逻辑
甚至连反应能和势垒都没分清楚。what's more、system's这种缩写写法不应该出现在正式文章里。6-31G系里对Mo根本没定义，也不知道那些人怎么胡算的。这段计算细节说明写得太烂了

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作者
Author: 昼夏の忧郁    时间: 2021-7-21 18:58

lonemen 发表于 2021-7-20 17:01
嗯嗯，我是外行，看不出。

初始为0的态不是吸附态吧，第一步的能垒就不对了吧

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作者
Author: 昼夏の忧郁    时间: 2021-7-21 19:01

灰飞的旋律 发表于 2021-7-20 15:20
做实验的人对待计算向来是只看结果不看过程，结果满意就行

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作者
Author: lonemen    时间: 2021-7-21 20:38

昼夏の忧郁 发表于 2021-7-21 18:58
初始为0的态不是吸附态吧，第一步的能垒就不对了吧

哦，原来是这样啊。

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作者
Author: ABetaCarw    时间: 2021-7-21 20:42
我觉得很可能是课题组内学了两天计算的人自己做的，代算应该不至于用那样的计算参数去做。这种小体系 用这样会被喷的计算参数图啥啊。

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作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-7-21 21:05

昼夏の忧郁 发表于 2021-7-21 11:58
初始为0的态不是吸附态吧，第一步的能垒就不对了吧

说到这个，想起来之前看过很多人算ORR，不算产物OH-的脱附，理由是脱附可以认为是快平衡。结果就导致任何足够亲氧的材料都可以算出不错的过电势，因为丝毫不用管催化剂的再生。。。。

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作者
Author: ABetaCarw    时间: 2021-7-21 21:43

wzkchem5 发表于 2021-7-21 21:05
说到这个，想起来之前看过很多人算ORR，不算产物OH-的脱附，理由是脱附可以认为是快平衡。结果就导致任何 ...

想到了一句话 管挖不管埋

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作者
Author: cokoy    时间: 2021-7-22 09:32

昼夏の忧郁 发表于 2021-7-21 18:58
初始为0的态不是吸附态吧，第一步的能垒就不对了吧

step2不是吸附态吗 好像就没算能垒吧

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作者
Author: 昼夏の忧郁    时间: 2021-7-22 15:40

cokoy 发表于 2021-7-22 09:32
step2不是吸附态吗 好像就没算能垒吧

肯定是少算了，这种情况我猜测是个二线计算机构算的

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作者
Author: dmh1998dmh    时间: 2021-7-22 19:09

ABetaCarw 发表于 2021-7-21 20:42
我觉得很可能是课题组内学了两天计算的人自己做的，代算应该不至于用那样的计算参数去做。这种小体系 用这 ...

机时要钱的呀

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作者
Author: swordshine    时间: 2021-7-22 20:44
恶性问题直接向编辑部反映就行了，要么勘误，要么撤稿

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作者
Author: abin    时间: 2021-7-22 21:15
你是没有见过在chemdraw画好结构，再转变为3D结构，而后在当前界面直接优化，
最后提取能量，并绘制所谓分子轨道图。
还不忘了来一句，计算化学多简单，算一个，十来分钟，不晓得那些做计算的在搞什么飞机！！！

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作者
Author: ABetaCarw    时间: 2021-7-22 22:20

dmh1998dmh 发表于 2021-7-22 19:09
机时要钱的呀

这个计算 多花不了什么钱（跟代算实际收的钱相比）。这种课题 人的成本远大于机时成本

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作者
Author: ABetaCarw    时间: 2021-7-23 09:35

swordshine 发表于 2021-7-22 20:44
恶性问题直接向编辑部反映就行了，要么勘误，要么撤稿

真心求问：遇到文章有问题的 应该先向作者反映还是直接找编辑部？按道理来说要去找作者，但是直接找作者可能会被当成恶意找茬……

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作者
Author: granvia    时间: 2021-7-23 11:59

昼夏の忧郁 发表于 2021-7-21 18:58
初始为0的态不是吸附态吧，第一步的能垒就不对了吧

你这可能有点冤枉人了。 这类文章画势能面时，为表达简洁，会略去吸附物质，实际计算的能量里面是包含吸附物质的能量的

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作者
Author: k64_cc    时间: 2021-7-23 13:10

wzkchem5 发表于 2021-7-21 21:05
说到这个，想起来之前看过很多人算ORR，不算产物OH-的脱附，理由是脱附可以认为是快平衡。结果就导致任何 ...

感觉现在算催化很少有讲完整个catalytic cycle的，毕竟吸/脱附不描述溶剂就算不准。

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作者
Author: swordshine    时间: 2021-7-23 23:00

ABetaCarw 发表于 2021-7-23 09:35
真心求问：遇到文章有问题的 应该先向作者反映还是直接找编辑部？按道理来说要去找作者，但是直接找作者 ...

首先确定是恶性问题的，比如造假、严重错误或者其他严重和杂志水平不符的问题，直接给编辑部写信就行，不建议和作者直接联系。学术圈勾心斗角比较多，尤其是小同行之间，要保护自己，编辑一般会隐去你的名字，注意相关的文件不要带有任何个人信息就行。如果是小问题，可以直接和作者讨论。

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作者
Author: hai    时间: 2021-7-26 13:16
我是这个领域的新手。 任何人都可以指出什么是错的

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作者
Author: 1130240115    时间: 2021-8-3 22:34

昼夏の忧郁 发表于 2021-7-20 11:49
计算细节也是。。。。。

其实，这篇文章的计算不严谨，但问题最大的地方恰恰在计算细节部分呈现出来的，选用的Pople基组对文中的过渡金属元素根本没有定义，根本没有体现金属原子的性质。而这篇文章的催化特性恰恰是通过金属元素体现出来的。其实对于这类体系，个人感觉一种简单的保险方法是用Ahlrichs def2系列基组，默认前四周期全电子基组，第五周期开始是赝势基组。不想提高计算精度的话，直接在def2-SVP级别上优化。

楼主说的吸脱附问题，严谨来说吸脱附过程是需要呈现出来的，在一些金属表面，反应物的吸附能非常大，以吸附态为起点和以初始状态为起点算出来的能垒会相差数倍。从这篇文章的吸附构型看，预计相差会很大。但目前很多文章为了让能垒看上去低一些，会直接以初始态为起点算能垒。在催化计算中，很多情况下审稿人会睁一只眼，闭一只眼。

另外，这篇文章的建模问题感觉也很大。根据图注，论文应该是想计算固体金属催化剂。暂且不说是不是用周期性模型更好，单纯截取团簇就感觉不合理。MoO3这种体系，只截取了含一个Mo原子的团簇，如何能体现出金属固体的性质？

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作者
Author: ljc050512    时间: 2021-8-5 08:51
这类文章很多，主要部分是实验，小部分计算为了锦上添花，看着好看，万事大吉~

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作者
Author: 喵星大佬    时间: 2021-8-5 09:01
当时看到一个MoO3就震惊了

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作者
Author: GoldenBaby    时间: 2021-8-7 13:39

ABetaCarw 发表于 2021-7-22 22:20
这个计算 多花不了什么钱（跟代算实际收的钱相比）。这种课题 人的成本远大于机时成本

话说人有啥成本？都是廉价劳动力

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