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标题: Bodipy类分子结构优化问题 [打印本页]

作者
Author: anlancx 时间: 2021-7-20 17:13
标题: Bodipy类分子结构优化问题
对于Bodipy类分子，初始结构改怎么弄呢？
我看了之前的帖子，Sob老师提到在Multiwfn手册里4.11.11节有关于Bodipy的绘图，我看了输入文件，如果以BODIPY_S1_opt.gjf里的坐标来计算，得到的结果是和Sob老师计算的一样。
但是，如果我从Chemdraw里自己画一样的结构然后得到坐标，用相同的方法计算，得到的数值就相差很大。
我根据自己的理解，先把Bodipy这个结构做了结构优化，然后在计算TD，得到的结构依然差的比较大。
所以，对于Bodipy这样的分子，计算TD需要的初始结构怎么弄呢？
谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-20 17:18
首先确定你优化完的结构是定性正确的。如果不确定，贴图上来。
其次，你说数值相差大，指的是和你画的分子的实验值相差很大，还是和sob老师那个分子的计算值相差很大？

作者
Author: anlancx 时间: 2021-7-20 20:55

wzkchem5 发表于 2021-7-20 17:18
首先确定你优化完的结构是定性正确的。如果不确定，贴图上来。
其次，你说数值相差大，指的是和你画的分子 ...

老师您好，具体结构是这样的：
Sob老师的原文件计算出来的数值和实验值是很接近的，
因为初始结构不一样，最后结果差异很大。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-20 21:10

anlancx 发表于 2021-7-20 13:55
老师您好，具体结构是这样的：
Sob老师的原文件计算出来的数值和实验值是很接近的，
因为初始结构不一 ...

我是说你优化出来的三维结构。
另外，你给的结构是你算的结构还是sob老师算的结构？把信息提供完整，不要有任何歧义

作者
Author: anlancx 时间: 2021-7-20 21:31

wzkchem5 发表于 2021-7-20 21:10
我是说你优化出来的三维结构。
另外，你给的结构是你算的结构还是sob老师算的结构？把信息提供完整，不 ...

不好意思老师，我把情况说清楚，我和Sob老师计算的是一个结构。具体输入和输出文件如下：只是gjf文件里初始结构不一样，算出来的结构差异特别大。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-20 22:21

anlancx 发表于 2021-7-20 14:31
不好意思老师，我把情况说清楚，我和Sob老师计算的是一个结构。具体输入和输出文件如下：只是gjf文件里初 ...

Full mass-weighted force constant matrix:
Low frequencies --- -634.1816 -10.3054 -8.2406 -5.3054 -0.0012 -0.0010
Low frequencies --- -0.0009 51.0349 107.6591
****** 1 imaginary frequencies (negative Signs) ******

你看到输出文件的这几行字就应该知道，你的结构有虚频，必须先消虚频才能做后面的计算。参见http://sobereva.com/278

作者
Author: anlancx 时间: 2021-7-21 11:20

wzkchem5 发表于 2021-7-20 22:21
Full mass-weighted force constant matrix:
Low frequencies --- -634.1816 -10.3054 -8.2406 - ...

谢谢老师提醒，我参照278这篇帖子，各种提到的方法都试过了，结构优化之后依然存在虚频。

不知道Sob老师当时这个结构是怎么得到的。@sobereva

作者
Author: tiandikuoyuan 时间: 2021-7-21 13:00
你要不先优化下基态结构，再去优化激发态结构

作者
Author: anlancx 时间: 2021-7-21 13:18

tiandikuoyuan 发表于 2021-7-21 13:00
你要不先优化下基态结构，再去优化激发态结构

就是在优化基态结构，怎么搞都存在虚频

作者
Author: tiandikuoyuan 时间: 2021-7-21 14:57

anlancx 发表于 2021-7-21 13:18
就是在优化基态结构，怎么搞都存在虚频

你现在优化的是激发态，你先优化基态

作者
Author: anlancx 时间: 2021-7-21 15:05

tiandikuoyuan 发表于 2021-7-21 14:57
你现在优化的是激发态，你先优化基态

我上传的文件是优化的激发态，优化基态我也做了，无甚效果。

作者
Author: smooth85 时间: 2021-7-21 15:22
先用低精度的方法做个预优化，没有虚频的话，再使用现有方法优化一次，一般都不会有虚频。
即便有虚频，可以用Gview调整结构以后再优化。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-21 15:27
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-7-21 08:29 编辑

anlancx 发表于 2021-7-21 04:20
谢谢老师提醒，我参照278这篇帖子，各种提到的方法都试过了，结构优化之后依然存在虚频。

不知道Sob老 ...

“有时候虚频是由于优化所用的初始结构对称性太高导致的。比如联苯在基态下实际上两个苯环间是有一定二面角的，但优化联苯所用的初始结构如果是纯平面的，则优化过程就会一直保持平面状态，最终也得到平面构型，显然会发现有对应于两个平面彼此间扭转的虚频。碰到这种情况，最佳的解决方法是在gview观看振动模式的界面中选中虚频模式，选上Manual Displacement并拉动滑条来沿着虚频模式略微调整结构，然后点save structure得到新的结构，再拿这个新结构保存新的输入文件，重新优化和做振动分析后通常就已经没虚频了。”这个也试了吗？如果试了仍然不行，那就在“选上Manual Displacement并拉动滑条”这一步拉得远一些

作者
Author: anlancx 时间: 2021-7-26 11:58

wzkchem5 发表于 2021-7-21 15:27
“有时候虚频是由于优化所用的初始结构对称性太高导致的。比如联苯在基态下实际上两个苯环间是有一定二面 ...

这个方法我也试了，我把箭头拉到底了，然后一优化，又重新会到很平面的结构，但这个结构显然不是平面的

作者
Author: pwzhou 时间: 2021-7-26 13:12

anlancx 发表于 2021-7-26 11:58
这个方法我也试了，我把箭头拉到底了，然后一优化，又重新会到很平面的结构，但这个结构显然不是平面的

大致看了下，大概是你的初始构型的对称性太好了导致的，你可以看到sob的初始构型和最后的构型都不对称，你尝试随机调整几组两边对称的键长，比如把其中一个B-N键调整一下长度，不要让两个一样长，同样的再调整两到三个键长，再优化试试。

作者
Author: anlancx 时间: 2021-7-26 14:07

pwzhou 发表于 2021-7-26 13:12
大致看了下，大概是你的初始构型的对称性太好了导致的，你可以看到sob的初始构型和最后的构型都不对称， ...

谢谢老师，我试一下

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-26 14:37

anlancx 发表于 2021-7-26 04:58
这个方法我也试了，我把箭头拉到底了，然后一优化，又重新会到很平面的结构，但这个结构显然不是平面的

这个方法不是每次都能保证成功，所以不要试了一次就放弃。
首先，拉到底所代表的扰动大小是可以调节的，你可以扰动得再多一些，或者扰动得少一些也可以试（有时候扰动太大可能适得其反）。其次，扰动以后优化的步长可以设小一些

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-7-26 15:51
你自己再掰平一点优化咯

作者
Author: anlancx 时间: 2021-7-30 14:45

wzkchem5 发表于 2021-7-26 14:37
这个方法不是每次都能保证成功，所以不要试了一次就放弃。
首先，拉到底所代表的扰动大小是可以调节的， ...

谢谢老师！

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