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标题: 请教一下大家通过acpype得到的新pdb文件能直接用于GROMACS嘛 [打印本页]

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Author: xryao 时间: 2021-7-20 19:20
标题: 请教一下大家通过acpype得到的新pdb文件能直接用于GROMACS嘛
本帖最后由 xryao 于 2021-7-20 19:21 编辑

利用Gaussview建立的mol2文件导入到acpype中得到基于GAFF力场的_NEW.pdb,_GMX.gro,_GMX.itp,_GMX.top文件,利用该_NEW.pdb文件

运行如下gmx pdb2gmx -f dipeptide_NEW.pdb -o dipeptide.gro -water spce命令报错如下:
请教一下大家怎么解决，谢谢

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Author: sobereva 时间: 2021-7-21 02:52
如果dipeptide_NEW.pdb就是实际你要跑动力学的结构文件，而且这是二肽的话，根本就不应该用acpype。二肽属于蛋白质一类，用生物分子力场通过pdb2gmx直接就能产生拓扑文件，用acpype完全多余。
从你的描述上看，你对acpype的用处和pdb2gmx的用法也有着错误的理解

作者
Author: xryao 时间: 2021-7-21 13:38

sobereva 发表于 2021-7-21 02:52
如果dipeptide_NEW.pdb就是实际你要跑动力学的结构文件，而且这是二肽的话，根本就不应该用acpype。二肽属 ...

好的谢谢老师的回复，我在去多了解以下GROMACS中命令的使用，初学GROMACS，还有许多不懂的地方，谢谢老师提醒

作者
Author: xryao 时间: 2021-7-24 11:37
老师，“二肽属于蛋白质一类，用生物分子力场通过pdb2gmx直接就能产生拓扑文件”，这个我还是不了解该怎么做，没有二肽的.PDB文件如何能使用pdb2gmx呢

作者
Author: naoki 时间: 2021-7-24 13:15

xryao 发表于 2021-7-24 11:37
老师，“二肽属于蛋白质一类，用生物分子力场通过pdb2gmx直接就能产生拓扑文件”，这个我还是不了解该怎么 ...

你的二肽是啥文件啊，mol2吗？用gview、VMD之类的可视化软件基本都能另存为pdb格式，openbabel也可以转

作者
Author: xryao 时间: 2021-7-24 13:24

naoki 发表于 2021-7-24 13:15
你的二肽是啥文件啊，mol2吗？用gview、VMD之类的可视化软件基本都能另存为pdb格式，openbabel也可以转

用Gaussiview转pdb格式没法直接用于GROMACS

作者
Author: naoki 时间: 2021-7-24 13:42

xryao 发表于 2021-7-24 13:24
用Gaussiview转pdb格式没法直接用于GROMACS

建议你去看看标准pdb格式长啥样，再看看gaussview转出来是啥样，动动手就能改好。
懒得改建议用openbabel转格式

作者
Author: xryao 时间: 2021-7-24 13:57

naoki 发表于 2021-7-24 13:42
建议你去看看标准pdb格式长啥样，再看看gaussview转出来是啥样，动动手就能改好。
懒得改建议用openbabe ...

好的谢谢你

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-12 05:03

xryao 发表于 2021-7-24 13:24
用Gaussiview转pdb格式没法直接用于GROMACS

gview直接建模产生的pdb文件里的原子名和IUPAC标准定义不符，pdb2gmx没法认

有很多专门的通过序列构建蛋白质结构的工具，原子名都是符合标准的

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Author: xryao 时间: 2021-8-15 22:08

sobereva 发表于 2021-8-12 05:03
gview直接建模产生的pdb文件里的原子名和IUPAC标准定义不符，pdb2gmx没法认

有很多专门的通过序列构建 ...

好的谢谢老师

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