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标题: 小分子动力学模拟的盒子设置问题 [打印本页]

作者
Author: zhangj 时间: 2015-12-24 16:51
标题: 小分子动力学模拟的盒子设置问题
各位老师，想请教一下在做动力学模拟的时候，把一个小分子放在盒子中，那这个盒子的大小设置应该遵循什么样的规则，而且发现在动力学模拟的时候分子就会跑出盒子，这种情况正常吗
谢谢大家

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-24 17:57
单个分子的动力学没必要设盒子，直接跑就行。
如果要设盒子，别太小就行，否则会和镜像分子相互作用上。
跑出盒子正常，由于PBC条件从另一头又回来了。

作者
Author: zhangj 时间: 2015-12-24 20:03

sobereva 发表于 2015-12-24 17:57
单个分子的动力学没必要设盒子，直接跑就行。
如果要设盒子，别太小就行，否则会和镜像分子相互作用上。
...

好的，谢谢老师

作者
Author: a617788816 时间: 2020-1-28 17:09
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-28 17:11 编辑

sobereva 发表于 2015-12-24 17:57
单个分子的动力学没必要设盒子，直接跑就行。
如果要设盒子，别太小就行，否则会和镜像分子相互作用上。
...

所以sob老师，盒子大小并没有严格规定，只需要大于cut off两倍就行吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-29 01:05

a617788816 发表于 2020-1-28 17:09
所以sob老师，盒子大小并没有严格规定，只需要大于cut off两倍就行吗？

多大合适看具体体系。大于cut off两倍只是下限

作者
Author: a617788816 时间: 2020-1-30 16:21

sobereva 发表于 2020-1-29 01:05
多大合适看具体体系。大于cut off两倍只是下限

那足够大即可是吗？盒子过大会带来什么影响吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-30 22:31

a617788816 发表于 2020-1-30 16:21
那足够大即可是吗？盒子过大会带来什么影响吗

除了耗时高，没有别的坏处

作者
Author: 北京的大猫 时间: 2020-5-18 16:18

sobereva 发表于 2015-12-24 17:57
单个分子的动力学没必要设盒子，直接跑就行。
如果要设盒子，别太小就行，否则会和镜像分子相互作用上。
...

请问sob老师,若是给一条高分子链设置盒子也是这样吗?只要盒子足够大就可以了?想用NVT得到一条高分子链的最概然构象用于后续构建多条高分子链以减少达到平衡的时间.但没有查到该聚合物的密度.
在此先谢过sob老师.

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-18 23:29

北京的大猫发表于 2020-5-18 16:18
请问sob老师,若是给一条高分子链设置盒子也是这样吗?只要盒子足够大就可以了?想用NVT得到一条高分子链的 ...

是

但对于模拟多条高分子链，拿一条预平衡的链当初始结构来建模未必会带来显著好处，因为不同链之间会有显著相互作用，严重改变构象。

作者
Author: 北京的大猫 时间: 2020-5-19 16:17

sobereva 发表于 2020-5-18 23:29
是

但对于模拟多条高分子链，拿一条预平衡的链当初始结构来建模未必会带来显著好处，因为不同链之间会 ...

嗯嗯,非常感谢sob老师的提醒~

作者
Author: a-Student 时间: 2023-7-9 00:01

sobereva 发表于 2015-12-24 17:57
单个分子的动力学没必要设盒子，直接跑就行。
如果要设盒子，别太小就行，否则会和镜像分子相互作用上。
...

老师，打扰您，初次接触gromacs想跑一个单分子的在气象下的动力学，我拿sobtop例子做的Neoprene_10，10个聚合度，您说单分子不用设置盒子，直接跑，如下压缩包的输入文件，我是直接输入命令：gmx grompp -f em.mdp -c Neoprene_10.gro -p Neoprene_10.top -o em.tpr但是报错信息如图确实说格子小，请问老师如何在gromacs里直接跑这个单分子呢？麻烦您谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-9 09:44

a-Student 发表于 2023-7-9 00:01
老师，打扰您，初次接触gromacs想跑一个单分子的在气象下的动力学，我拿sobtop例子做的Neoprene_10，10个 ...

你用PME方式算静电作用又结合cutoff-scheme=verlet显然必须有盒子

给你个非周期性计算的模板mdp
(, 下载次数 Times of downloads: 58)

作者
Author: why1314 时间: 2023-7-19 15:41

sobereva 发表于 2015-12-24 17:57
单个分子的动力学没必要设盒子，直接跑就行。
如果要设盒子，别太小就行，否则会和镜像分子相互作用上。
...

老师好！我也是想得到NVT条件下一条高分子链的最概然构象，那有盒子和无盒子的效果是一样的么？如果设盒子更好的好，使用AC建模么？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-19 19:47

why1314 发表于 2023-7-19 15:41
老师好！我也是想得到NVT条件下一条高分子链的最概然构象，那有盒子和无盒子的效果是一样的么？如果设盒 ...

我从不使用AC

如果你说的无盒子是指当个液滴团簇来模拟，显然液滴的大小会影响高分子链可能的构象，高分子不可能伸展到真空区去。能用盒子当周期性体系模拟更好

作者
Author: blue11 时间: 2024-12-11 16:41

sobereva 发表于 2023-7-19 19:47
我从不使用AC

如果你说的无盒子是指当个液滴团簇来模拟，显然液滴的大小会影响高分子链可能的构象，高 ...

Sob老师您好，我模拟的盒子有两个，体系+萃取剂A和体系+萃取剂B，如果我想对A和B分别对体系的作用效果进行比较，这两个盒子的大小需要一致吗？分子数是一样的。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-11 23:19

blue11 发表于 2024-12-11 16:41
Sob老师您好，我模拟的盒子有两个，体系+萃取剂A和体系+萃取剂B，如果我想对A和B分别对体系的作用效果进 ...

不需要必须一样，只要别太小就行

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