计算化学公社

标题: 求助怎么用高斯计算分子上的电荷分布 [打印本页]

作者
Author: Sasuke 时间: 2021-7-21 10:09
标题: 求助怎么用高斯计算分子上的电荷分布
做大分子聚合物熔体的模拟，有的全原子力场没有给出各种原子的电荷，我看文献里面有的是通过高斯软件自己算的电荷分布，请问下各位怎么用高斯算分子的电荷分布？就是怎么算出来一个分子上各种原子的电荷值

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-22 02:14
先搞清楚你到底要算哪种电荷，用于分子力场的原子电荷绝对不是随随便便算一个就完事。

仔细看这些文章了解相关知识
《原子电荷计算方法的对比》（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml）
计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/585（http://bbs.keinsci.com/thread-21462-1-1.html）
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

搞清楚力场和原子电荷的兼容性关系。诸如用于AMBER/GAFF应当用Multiwfn算RESP或RESP2电荷，用于OPLS-AA适合Multiwfn算1.2*CM5电荷，等等

作者
Author: Sasuke 时间: 2021-7-22 16:33

sobereva 发表于 2021-7-22 02:14
先搞清楚你到底要算哪种电荷，用于分子力场的原子电荷绝对不是随随便便算一个就完事。

仔细看这些文章了 ...

非常感谢！我就是要用amber以及opls-aa力场

作者
Author: zhutroy 时间: 2022-11-1 00:22

sobereva 发表于 2021-7-22 02:14
先搞清楚你到底要算哪种电荷，用于分子力场的原子电荷绝对不是随随便便算一个就完事。

仔细看这些文章了 ...

那请问下charmm力场下的电荷应该选择哪个计算方式，几种方式给的结果差异蛮大的

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-1 04:50

zhutroy 发表于 2022-11-1 00:22
那请问下charmm力场下的电荷应该选择哪个计算方式，几种方式给的结果差异蛮大的

看原文就知道。并且分清楚CHARMM和CGenFF的关系

如果描述杂七杂八的有机小分子，不是CHARMM而是CGenFF的范畴，然而CGenFF比GAFF没额外优势，而且不像GAFF那样可以结合比较标准化同时又容易获得的RESP、RESP2(0.5)电荷，所以我个人并不推荐用。我个人建议，能用AMBER/GAFF描述的一律用AMBER/GAFF。

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