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标题: 求助一个体系是否可以用三种力场 [打印本页]

作者
Author: landian666 时间: 2021-7-21 17:23
标题: 求助一个体系是否可以用三种力场
在混用立场中有两个问题想请教：
1、在我的一个模拟体系中，用charmm-gui建立了石墨烯的拓扑文件，是charmm力场；用gmx_mpi pdb2gmx生成了DNA拓扑文件，用的amber力场；用ATB生成了一种含硅的小分子的拓扑文件，是gromos力场；然后经过一些修改把他们三个合到了一个top中，如图，能够运行且没有报错，不知道这样的做法能合理的反应体系的相互作用吗？

2、在gmx_mpi grompp的过程中，出现warning，意思是有元素的力场已经在前面力场中定义，如图，这种warning是不是直接忽略就可以？

谢谢~~~~

作者
Author: xiaowu759 时间: 2021-7-21 17:43
不可以在同一个模拟中用三个力场。

作者
Author: landian666 时间: 2021-7-21 19:20

xiaowu759 发表于 2021-7-21 17:43
不可以在同一个模拟中用三个力场。

主要是体系中的三种物质用一种力场不太好描述，有的物质中残基在别的力场里没有，用三种立场比较好描述，这样用是非常不合理的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-22 02:20
这仨根本就不可能混用，而且根本就没有混用的必要性

对于石墨烯，可以gmx x2top产生基于AMBER原子类型的石墨烯的拓扑文件（碳对应芳环上的碳的原子类型），DNA用pdb2gmx产生拓扑文件，小分子用acpype（见下文）产生GAFF的拓扑文件，就完事了。GAFF和AMBER完全兼容

几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

作者
Author: c00jsw00 时间: 2021-7-22 08:24
LAMMPS 好像可以這樣做...

作者
Author: snljty 时间: 2021-7-22 10:36

c00jsw00 发表于 2021-7-22 08:24
LAMMPS 好像可以這樣做...

不是会不会报错的问题，是原理上参数不兼容吧

作者
Author: landian666 时间: 2021-7-22 11:35

sobereva 发表于 2021-7-22 02:20
这仨根本就不可能混用，而且根本就没有混用的必要性

对于石墨烯，可以gmx x2top产生基于AMBER原子类型的 ...

谢谢sob老师。有下面两个问题想请教：
1、我的小分子含有Si元素，如图，而acpype只能生成有机小分子的拓扑（只能含C, N, O, S, P, H, F, Cl, Br and I;），我之前参考你说的这个网站只有用ATB才可以成功生成拓扑(gromos力场 )，有工具能生成含Si的小分子的amber拓扑吗？
2、我用三种力场混用，跑动力学并没有报错，并且顺利跑完了200ns，这种情况下的结果有什么内在机制的不合理吗？为什么必须用一种力场计算才合理？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-23 03:26

landian666 发表于 2021-7-22 11:35
谢谢sob老师。有下面两个问题想请教：
1、我的小分子含有Si元素，如图，而acpype只能生成有机小分子的拓 ...

不同力场弄LJ参数、原子电荷的具体做法、思想截然不同，非键作用方面不声明兼容性的力场之间都没法混用，否则就算结果看起来没问题也会遭审稿人质疑。绝对不要以为不报错就万事大吉了

作者
Author: landian666 时间: 2021-7-23 09:18

sobereva 发表于 2021-7-23 03:26
不同力场弄LJ参数、原子电荷的具体做法、思想截然不同，非键作用方面不声明兼容性的力场之间都没法混用， ...

谢谢sob老师，这种含有硅的小分子可以生成amber力场吗？我试了acpype没有成功

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-23 23:32

landian666 发表于 2021-7-23 09:18
谢谢sob老师，这种含有硅的小分子可以生成amber力场吗？我试了acpype没有成功

不可以

作者
Author: landian666 时间: 2021-7-24 10:21

sobereva 发表于 2021-7-23 23:32
不可以

那这种包含有si的小分子、石墨烯和DNA的体系，石墨烯和DNA按您说的方法生成力场，含si的小分子力场怎么处理比较好？

作者
Author: naoki 时间: 2021-7-24 11:26

landian666 发表于 2021-7-24 10:21
那这种包含有si的小分子、石墨烯和DNA的体系，石墨烯和DNA按您说的方法生成力场，含si的小分子力场怎么处 ...

gaff不支持硅那也没办法，除非你找到文献中的参数把它加进去，如果没有的话就只能自己拟合了。
x2top可以生成基于GROMOS和OPLS-AA的石墨烯拓扑文件，ATB和ligpargen分别可以生成这俩力场的含硅小分子拓扑文件，你可以全部都用GROMOS或全部都用OPLS-AA，反正别混着用就行了。

作者
Author: landian666 时间: 2021-7-26 21:20
本帖最后由 landian666 于 2021-7-26 21:22 编辑

naoki 发表于 2021-7-24 11:26
gaff不支持硅那也没办法，除非你找到文献中的参数把它加进去，如果没有的话就只能自己拟合了。
x2top可 ...

谢谢，主要我的体系里还有DNA，GROMOS对它的支持是不是不太好？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-12 05:09

landian666 发表于 2021-7-26 21:20
谢谢，主要我的体系里还有DNA，GROMOS对它的支持是不是不太好？

GROMOS力场不适合核酸
就用AMBER系力场就完了，硅的相关参数搜文献补进去

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