计算化学公社

标题: ORCA中大体系限制性优化的输入文件格式问题求助 [打印本页]

作者
Author: jason 时间: 2015-12-25 10:06
标题: ORCA中大体系限制性优化的输入文件格式问题求助
看了sob老师的大体系弱相互作用计算的解决之道（http://sobereva.com/214），尝试使用ORCA做吸附能的计算。体系是分子筛簇模型，有100-150个原子，在进行优化计算时，有差不多一半的原子要保持固定。
Q1：我尝试了下面的写法，似乎并不能固定0-50的原子；
%geom
Constraints
{C 0-50 C} # Constraining atom no. 0-50 in space.
end
end
分开写可以固定0-50的原子，但这样写输入文件太繁琐了，还有其它简单的定义方法吗？
%geom
Constraints
{C 0 C} # Constraining atom no. 0 in space.
{C 1 C} # Constraining atom no. 1 in space.
···
{C 50 C} # Constraining atom no. 50 in space.
end
end
Q2：说明书中提到的定义片段来限制的方法，但我没明白ConnectFragments是什么意思？不定义ConnectFragments只写ConstrainFragments ｛ n ｝好像不能固定片段n。另：做弱相互作用计算时（含gcp或cp校正）还需要定义片段吗？
%geom
ConstrainFragments ｛ 1 ｝ end # constrain all internal
ConnectFragments
｛ 1 2 C 12 28 ｝ # connect the fragments via the atom pair 12/28 and 15/28 and
｛ 1 3 C 15 28 ｝ # constrain the internal coordinates connecting fragments 1/2 and 1/3
end
end
谢谢大家了，Happy Christmas！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-25 11:13
ORCA里没有直接提供做counterpoise的关键词，需要手动做每一步的计算。ghost原子可以在原子名后面加一个:来表示，例如
O 7.439917 6.726792 7.762120
O : 5.752050 6.489306 5.407671
H 7.025510 6.226170 8.467436
H 8.274883 6.280259 7.609894
H : 6.313507 6.644667 6.176902
H : 5.522285 7.367132 5.103852

gCP用法类似DFT-D，不用定义片段，关键词写上后得到的能量就是考虑BSSE校正后的。

原子后面写诸如(x)可以将原子设成第x个片段内的
%geom里写ConstrainFragments { x } 可以在优化中保持第x片段的原子不动
在ultraedit里用列模式设定哪些原子属于哪个片段很方便

作者
Author: jason 时间: 2015-12-25 12:38

sobereva 发表于 2015-12-25 11:13
ORCA里没有直接提供做counterpoise的关键词，需要手动做每一步的计算。ghost原子可以在原子名后面加一个:来 ...

刚刚试了下ultraedit的列模式，果然很方便。谢谢sob老师了。那么ConnectFragments有什么用处呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-25 13:46

jason 发表于 2015-12-25 12:38
刚刚试了下ultraedit的列模式，果然很方便。谢谢sob老师了。那么ConnectFragments有什么用处呢？

那是优化两个片段相对位置才用的，和你当前无关

作者
Author: jason 时间: 2015-12-25 15:57

sobereva 发表于 2015-12-25 13:46
那是优化两个片段相对位置才用的，和你当前无关

谢谢sob老师，问题已经解决了

作者
Author: jason 时间: 2015-12-26 10:33

sobereva 发表于 2015-12-25 13:46
那是优化两个片段相对位置才用的，和你当前无关

不好意思，sob老师，还要麻烦您一下。我在input文件里定义了constrainfragments，但用VMD查看优化轨迹时，好像并没有限制优化。附件是输出文件.out(未算完)和.xyz(.trj重命名得到)。谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-26 14:09

jason 发表于 2015-12-26 10:33
不好意思，sob老师，还要麻烦您一下。我在input文件里定义了constrainfragments，但用VMD查看优化轨迹时 ...

看来是有点问题，还是一个一个原子定义吧
在excel里生成那么一串原子的冻结设定也并不复杂，然后贴到orca输入文件里。

作者
Author: jason 时间: 2015-12-26 15:11

sobereva 发表于 2015-12-26 14:09
看来是有点问题，还是一个一个原子定义吧
在excel里生成那么一串原子的冻结设定也并不复杂，然后贴到orc ...

嗯，看来只能先一个一个原子定义了，谢谢sob老师！

作者
Author: 回不去的时光 时间: 2016-6-16 08:57
请教，不知道楼主是否明白
ConnectFragments
｛ 1 2 C 12 28 ｝ # connect the fragments via the atom pair 12/28 and 15/28 and
｛ 1 3 C 15 28 ｝ # constrain the internal coordinates connecting fragments 1/2 and 1/3
end
的含义了吗？谢谢了

作者
Author: jason 时间: 2016-6-17 16:19

回不去的时光发表于 2016-6-16 08:57
请教，不知道楼主是否明白
ConnectFragments
｛ 1 2 C 12 28 ｝ # connect the fragments via the atom ...

没有使用到这个关键词，所以也不清楚它的含义，抱歉啦。

作者
Author: 回不去的时光 时间: 2016-6-17 19:50
嗯啊，没事的，还是谢谢你了，sob老师给我回复了，谢谢

作者
Author: tiandikuoyuan 时间: 2021-12-11 08:57
固定多个原子，中间用:，如固定第0-50号原子（orca原子计数从0开始）：

%geom Constraints
{ C 0:50 C }
end
end

复制代码

感觉orca固定原子没有Gaussian方便，没有看到限制指定元素的选项（有只优化氢原子的选项），我是先把需要固定的原子在gview里面重新排序序号连在一起再进行orca计算。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-24 02:30

tiandikuoyuan 发表于 2021-12-11 08:57
固定多个原子，中间用:，如固定第0-50号原子（orca原子计数从0开始）：

感觉orca固定原子没有Gaussian方 ...

Multiwfn产生ORCA输入文件的功能（http://sobereva.com/490）里可以直接设冻结，输入原子序号即可
(, 下载次数 Times of downloads: 74)

特定元素的原子序号可以在Multiwfn主功能0里的这个功能中立刻得到，输入元素即可返回这种元素的原子序号。复制粘贴即可

(, 下载次数 Times of downloads: 51)

作者
Author: lfnjnulufang 时间: 2022-6-6 11:20

回不去的时光发表于 2016-6-16 08:57
请教，不知道楼主是否明白
ConnectFragments
｛ 1 2 C 12 28 ｝ # connect the fragments via the atom ...

您好，请问您知道这个地方的含义了吗？能不能帮我解释一下啊

作者
Author: lfnjnulufang 时间: 2022-6-6 11:26

sobereva 发表于 2015-12-25 13:46
那是优化两个片段相对位置才用的，和你当前无关

请问sob老师，这里是什么含义啊？谢谢
ConnectFragments
｛ 1 2 C 12 28 ｝ # connect the fragments via the atom pair 12/28 and 15/28 and
｛ 1 3 C 15 28 ｝ # constrain the internal coordinates connecting fragments 1/2 and 1/3
end

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-7 08:19

lfnjnulufang 发表于 2022-6-6 11:26
请问sob老师，这里是什么含义啊？谢谢
ConnectFragments
｛ 1 2 C 12 28 ｝ # connect the fragments v ...

看ORCA手册便知，注释里也都标注了
平时计算根本就不牵扯到，直接用13L说的做法冻结原子就完了

作者
Author: lfnjnulufang 时间: 2022-6-7 14:44

sobereva 发表于 2022-6-7 08:19
看ORCA手册便知，注释里也都标注了
平时计算根本就不牵扯到，直接用13L说的做法冻结原子就完了

谢谢sob老师

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