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标题: 求助半胱氨酸和Li相互作用能的计算 [打印本页]

作者
Author: 1152711743 时间: 2021-7-22 10:55
标题: 求助半胱氨酸和Li相互作用能的计算

我想计算下图结构中，在存在F的情况下Li和半胱氨酸（Cys）间的相互作用能，

这是我计算的方法：DEF(Li···Cys)= DE (LiF··· Cys)- DE (F··· Cys)

计算结果： 2.63=-49.34-（-51.97）

这里得到Li和Cys间的相互作用能为正值，但不清楚问题出在哪，请老师指正。（结构及输入文件如下）

(, 下载次数 Times of downloads: 27)

（紫色为Li,蓝色为F)

DE (LiF··· Cys)的输入文件：

# B3LYP/6-311+G(2d,p) counterpoise=2 em=GD3BJ

Title Card Required

0 1 0 1 0 1

N(Fragment=1) -1.32334900 1.92289900 -0.29859100

H(Fragment=1) -1.53862800 1.43790400 -1.16684000

C(Fragment=1) -0.74340100 0.96601300 0.62810100

H(Fragment=1) -0.60573700 1.46627400 1.59781600

C(Fragment=1) -1.70221500 -0.20157600 0.87487500

C(Fragment=1) 0.65574100 0.47603000 0.24050300

H(Fragment=1) -1.34503000 -0.83842900 1.67958800

H(Fragment=1) -2.67798200 0.20282200 1.14096700

S(Fragment=1) -1.99810000 -1.24394400 -0.61520400

O(Fragment=1) 1.33103500 1.09944900 -0.59870400

H(Fragment=1) -0.82483700 -1.90580300 -0.55873200

O(Fragment=1) 1.07086200 -0.58211200 0.85921600

H(Fragment=1) 2.07420400 -0.83509000 0.52655900

H(Fragment=1) -0.62871100 2.62443700 -0.53381600

F(Fragment=2) 3.24913800 -0.94805700 -0.03466100

Li(Fragment=2) 3.02052800 0.41390000 -0.99505200

DE (F··· Cys)的输入文件：

# B3LYP/6-311+G(2d,p) counterpoise=2 em=GD3BJ

Title Card Required

-1 1 0 1 -1 1

N(Fragment=1) -1.32334900 1.92289900 -0.29859100

H(Fragment=1) -1.53862800 1.43790400 -1.16684000

C(Fragment=1) -0.74340100 0.96601300 0.62810100

H(Fragment=1) -0.60573700 1.46627400 1.59781600

C(Fragment=1) -1.70221500 -0.20157600 0.87487500

C(Fragment=1) 0.65574100 0.47603000 0.24050300

H(Fragment=1) -1.34503000 -0.83842900 1.67958800

H(Fragment=1) -2.67798200 0.20282200 1.14096700

S(Fragment=1) -1.99810000 -1.24394400 -0.61520400

O(Fragment=1) 1.33103500 1.09944900 -0.59870400

H(Fragment=1) -0.82483700 -1.90580300 -0.55873200

O(Fragment=1) 1.07086200 -0.58211200 0.85921600

H(Fragment=1) 2.07420400 -0.83509000 0.52655900

H(Fragment=1) -0.62871100 2.62443700 -0.53381600

F(Fragment=2) 3.24913800 -0.94805700 -0.03466100

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-22 14:57
你应该把Cys和F定义为一个片段，把Li定义为另一个片段
另外如果你研究的是溶液相的作用能，必须加溶剂模型，且第一配位层必须用显式溶剂化

作者
Author: 1152711743 时间: 2021-7-22 22:24
本帖最后由 1152711743 于 2021-7-22 22:29 编辑

wzkchem5 发表于 2021-7-22 14:57
你应该把Cys和F定义为一个片段，把Li定义为另一个片段
另外如果你研究的是溶液相的作用能，必须加溶剂模型 ...

非常感谢老师的回复！
我把Cys和F定义为一个片段，Li定义为另一个片段重新计算了Li和Cys的相互作用能

计算方法：DEF(Li···Cys)= DE (Cys,F··· Li)- DE (F··· Li)

结果仍是正值： 2.38= -180.53 - (-182.91)
我研究的是气相中的作用能，然后依次添加水分子计算Li和Cys的相互作用能变化
计算方法：DEF,H20(Li···Cys)= DE (Cys,F,H20··· Li)- DE (F,H20··· Li)
发现从没有水到三个水，Li和Cys的相互作用能分别是2.38，4.38，-1.54，-7.47，结构如下：请问这是什么原因导致的呢？
(, 下载次数 Times of downloads: 17) (, 下载次数 Times of downloads: 20) (, 下载次数 Times of downloads: 17)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-22 22:38

1152711743 发表于 2021-7-22 15:24
非常感谢老师的回复！
我把Cys和F定义为一个片段，Li定义为另一个片段重新计算了Li和Cys的相互作用能
...

因为Cys和F作用，削弱了F的Lewis碱性。你算出来是正的，说明Cys对于Li-F作用的削弱效应，比Cys和Li的作用还要强。你要仔细考虑一下，你要的到底是Cys和Li的直接作用，还是也包括Cys通过F对Li的间接作用

作者
Author: 1152711743 时间: 2021-7-22 23:35

wzkchem5 发表于 2021-7-22 22:38
因为Cys和F作用，削弱了F的Lewis碱性。你算出来是正的，说明Cys对于Li-F作用的削弱效应，比Cys和Li的作用 ...

再次感谢老师耐心的回复！
我除了计算Cys和LiF的体系也计算了Cys和Li+的体系，来对比着分析F的影响。
所以想把Cys通过F对Li的间接作用也考虑上。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-22 23:53

1152711743 发表于 2021-7-22 16:35
再次感谢老师耐心的回复！
我除了计算Cys和LiF的体系也计算了Cys和Li+的体系，来对比着分析F的影响。
...

那作用能为正就不奇怪了

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