计算化学公社

标题: HSE06杂化泛函几个小时都没有一步能量输出正常吗？ [打印本页]

作者
Author: xxq星球 时间: 2021-7-22 17:24
标题: HSE06杂化泛函几个小时都没有一步能量输出正常吗？
本帖最后由 xxq星球于 2021-7-22 18:54 编辑

硬件是：Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2640 v4 @ 2.40GHz ，一个节点是20核。内存是64G。提交一个节点跑了4小时都没有一个电子步输出正常吗？

作者
Author: wolfli369 时间: 2021-7-22 18:22
杂化泛函计算一般采用纯泛函波函数的初猜来加速计算。还有你的cell的原子数目和坐标都没有给出。要是原子数目态多，显然耗时就更多。

作者
Author: xxq星球 时间: 2021-7-22 18:53

wolfli369 发表于 2021-7-22 18:22
杂化泛函计算一般采用纯泛函波函数的初猜来加速计算。还有你的cell的原子数目和坐标都没有给出。要是原子数 ...

192个原子

作者
Author: wolfli369 时间: 2021-7-22 18:59
这么多原子肯定耗时，如果不用纯泛函波函数做初猜肯定更慢。还有就是服务器内存配置有点少，这样就多电子积分就更耗时。你的体系每一个loop需要多少时间，我没有具体的参考

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-7-23 09:47

xxq星球发表于 2021-7-22 18:53
192个原子

这尺寸杂化泛函直接做基本没戏，可以试试看ADMM加速的方案，如果这也做不动那就不要考虑了。

作者
Author: xxq星球 时间: 2021-7-23 10:22

卡开发发发表于 2021-7-23 09:47
这尺寸杂化泛函直接做基本没戏，可以试试看ADMM加速的方案，如果这也做不动那就不要考虑了。

好的，谢谢！

作者
Author: Timetendre 时间: 2021-8-12 11:36
192个原子基本告别HSE了

作者
Author: yuanxj587 时间: 2021-12-2 14:57

卡开发发发表于 2021-7-23 09:47
这尺寸杂化泛函直接做基本没戏，可以试试看ADMM加速的方案，如果这也做不动那就不要考虑了。

请问ADMM加速能直接在vasp中使用吗？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-2 20:49

yuanxj587 发表于 2021-12-2 14:57
请问ADMM加速能直接在vasp中使用吗？

不能，只能在cp2k里用

作者
Author: 洁然不同 时间: 2021-12-23 22:27
本帖最后由洁然不同于 2021-12-24 19:24 编辑

我用杂化泛函计算192个原子时出现了同样的问题。SCF第一步总是出不来结果。经过设置，发现使用辅助基组，并且设置EPS_PGF_ORB=1.0E-16（默认为sqrt(EPS) ）（这是决定因素），可以大大加快计算速度（Section path: CP2K_INPUT / FORCE_EVAL / DFT / QS ）。
以下是我未设置EPS_PGF_ORB时出现的警告
*** WARNING in hfx_energy_potential.F:591 :: The Kohn Sham matrix is not ***
*** 100% occupied. This may result in incorrect Hartree-Fock results. Try ***
*** to decrease EPS_PGF_ORB and EPS_FILTER_MATRIX in the QS section. For ***
*** more information see FAQ: https://www.cp2k.org/faq:hfx_eps_warning ***
可以访问上一行中的链接查看警告原因，并有修改方法。经过修改，100核单点计算最终花费40min.
附件是谷歌论坛的输入文件示例，EPS_PGF_ORB设置是关键，其余修改均失败。

作者
Author: 柠檬鬼lemon 时间: 2023-11-10 13:45
请问我体系中只有两个原子也是卡在第一步几个小时，一个步也没有跑是怎么回事啊

作者
Author: Horshine 时间: 2024-7-26 19:28

柠檬鬼lemon 发表于 2023-11-10 13:45
请问我体系中只有两个原子也是卡在第一步几个小时，一个步也没有跑是怎么回事啊

您好，请问您解决了吗？我的也是卡着一步也算不动，有6个原子

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)