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标题: 求助：用xtb做构型搜索的时候结构跑散了怎么办 [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-7-22 18:04
标题: 求助：用xtb做构型搜索的时候结构跑散了怎么办
我想用xtb和molclus对溴离子和水分子形成的团簇做构型搜索，可是在模拟过程中包裹在水分子中央的溴离子跑飞出去了，我把温度降低到200K还是会出现这个情况，请问我应该怎么调整呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-22 20:37
你指定体系电荷了吗？如果不指定电荷，默认电荷是0

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-7-22 21:18

wzkchem5 发表于 2021-7-22 20:37
你指定体系电荷了吗？如果不指定电荷，默认电荷是0

请问指定电荷的命令是什么呢？我确实没有指定电荷

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-22 22:17

邱美佳发表于 2021-7-22 14:18
请问指定电荷的命令是什么呢？我确实没有指定电荷

参见http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-7-22 22:35

wzkchem5 发表于 2021-7-22 22:17
参见http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

我加了--chrg -1 这个命令来指定电荷，可是那个离子还是飞了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-22 22:41

邱美佳发表于 2021-7-22 15:35
我加了--chrg -1 这个命令来指定电荷，可是那个离子还是飞了

检查xtb输出文件，看看电荷到底有没有指定成功

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-7-23 00:03

wzkchem5 发表于 2021-7-22 22:41
检查xtb输出文件，看看电荷到底有没有指定成功

我打开了xtbtopo.mol这个文件，里面好像有电荷的信息，这样不知道算不算指定成功了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-23 03:56
屏幕上输出的信息里能看到净电荷设了多少，确认净电荷没问题的话，加上球形限制势再试，例：

(, 下载次数 Times of downloads: 73)
(, 下载次数 Times of downloads: 52)

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-7-23 11:03

sobereva 发表于 2021-7-23 03:56
屏幕上输出的信息里能看到净电荷设了多少，确认净电荷没问题的话，加上球形限制势再试，例：

非常感谢卢老师，我再试试！

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-7-23 21:52

sobereva 发表于 2021-7-23 03:56
屏幕上输出的信息里能看到净电荷设了多少，确认净电荷没问题的话，加上球形限制势再试，例：

卢老师，我按照您说的在md.inp文件中加了限制势，然后按照您的博文在第一步的时候用这个命令xtb traj.xyz --input md.inp --omd --gfn 0 --chrg -1进行几何优化和md模拟，可是溴离子还是飞出去了，调整了很久还是不知道怎么解决，我上传了相关文件，您能帮我看看吗

作者
Author: RAL 时间: 2021-7-23 22:12

邱美佳发表于 2021-7-23 21:52
卢老师，我按照您说的在md.inp文件中加了限制势，然后按照您的博文在第一步的时候用这个命令xtb traj.xyz ...

单看这段轨迹，Br-也没有跑飞啊

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-7-23 22:17

RAL 发表于 2021-7-23 22:12
单看这段轨迹，Br-也没有跑飞啊

我用genmer产生初始构型的时候每一个构型溴离子都有被水分子均匀包裹，可是跑xtb后溴离子始终没有被水分子包裹。

作者
Author: RAL 时间: 2021-7-23 22:24

邱美佳发表于 2021-7-23 22:17
我用genmer产生初始构型的时候每一个构型溴离子都有被水分子均匀包裹，可是跑xtb后溴离子始终没有被水分 ...

首先，MD模拟中原子都有自己的速度，不可能形成完美的水合离子构型，这个要提取轨迹再做结构优化才可能得到；其次，如果你认为Br-与H的距离在3～4A也不算包裹的话，那emmm

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-23 23:24

邱美佳发表于 2021-7-23 21:52
卢老师，我按照您说的在md.inp文件中加了限制势，然后按照您的博文在第一步的时候用这个命令xtb traj.xyz ...

你都没提供xtb跑出来的轨迹，没法说
另外，当前模拟应当同时加上ALPB或GBSA隐式溶剂模型表现更外面的水环境

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-23 23:47

sobereva 发表于 2021-7-23 16:24
你都没提供xtb跑出来的轨迹，没法说
另外，当前模拟应当同时加上ALPB或GBSA隐式溶剂模型表现更外面的水 ...

我之前做过显式/隐式混合溶剂的AIMD，发现那样水分子更容易跑飞。这个也容易理解，因为如果不加隐式溶剂模型，相当于模拟的是一个小水滴，水分子要想跑飞等于是在蒸发，所以室温下水分子大致还是倾向于团聚在一起。但是如果加隐式溶剂模型，水分子不管是否跑飞，感受到的环境都是液态水，所以没有任何内在因素阻止它们跑远。而且这种情况下也不是特别好加球形限制势解决，尤其是如果隐式溶剂会高估溶剂-溶质相互作用的话。因为球的半径稍微大一点，水分子就会跑到限制势的边界，让溶质暴露在隐式溶剂里，因为这样可以降低体系总能量；球的半径稍微小一点，就相当于在模拟高压下的水，又怕结果不真实。相比之下，不加隐式溶剂就没有这个问题，球的半径往大了选就行，选太大了无非是外面一层是真空层，有一点水蒸汽，水滴部分的描述仍然是真实的。
不知道对于这种情况sob老师有没有什么比较好的解决方案？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-24 06:24

wzkchem5 发表于 2021-7-23 23:47
我之前做过显式/隐式混合溶剂的AIMD，发现那样水分子更容易跑飞。这个也容易理解，因为如果不加隐式溶剂 ...

LZ这个目的主要是用于采样，不需要太精准，有球型势造成不当的压力倒是无关紧要，用球型势也不必担心水跑走

ORCA里的动力学模块通过cell设置限制势的时候倒是可以接上elastic和pressure来设置维持成特定的压力

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-24 15:09

sobereva 发表于 2021-7-23 23:24
LZ这个目的主要是用于采样，不需要太精准，有球型势造成不当的压力倒是无关紧要，用球型势也不必担心水跑 ...

对，但是提到控压，又会存在另一个问题，就是当考虑隐式溶剂的时候，需要保持水分子不散开的压力远大于1个大气压。因为在使用隐式溶剂模型的时候，水分子之间没有净的吸引作用，导致水分子表现得就像气体一样，需要很大的压力才能保持液体的密度。这就又会涉及一个权衡的问题，压力太小，水分子跑散了；压力太大，等于算的是超高压下的水，不是常压下的水。
我知道lz不需要特别精准，主要是想借楼问一下，假如是在对精度要求比较高的场合，应该怎么办

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-7-24 15:14

wzkchem5 发表于 2021-7-24 15:09
对，但是提到控压，又会存在另一个问题，就是当考虑隐式溶剂的时候，需要保持水分子不散开的压力远大于1 ...

多加点水类似跑经典MD的处理不用隐式模型？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-24 15:21

喵星大佬发表于 2021-7-24 08:14
多加点水类似跑经典MD的处理不用隐式模型？

嗯，这个确实是一个方法。不过如果有办法可以用混合溶剂模型而不至于出现不好选合适的压力、球形限制势半径等问题，总归还是更好的

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-25 00:01

wzkchem5 发表于 2021-7-24 15:09
对，但是提到控压，又会存在另一个问题，就是当考虑隐式溶剂的时候，需要保持水分子不散开的压力远大于1 ...

对压力比较敏感的话，我看要么水簇取大一些、用不带隐式溶剂模型做指定外压的cell的模拟，要么就显式水周期性模拟了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-25 00:23

sobereva 发表于 2021-7-24 17:01
对压力比较敏感的话，我看要么水簇取大一些、用不带隐式溶剂模型做指定外压的cell的模拟，要么就显式水周 ...

嗯，确实可能只能这样。。。谢谢

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