计算化学公社

标题: AlphaFold 开源了 [打印本页]

作者
Author: xyz 时间: 2021-7-23 10:47
标题: AlphaFold 开源了
谷歌参加CASP的时候就感觉其他组基本没戏了, AlphaFolder 2已经基本解决蛋白质从序列到结构的预测问题. (resolution 在 1A 之内,我去 RCSB都不多) 折叠的物理过程大家还可以继续努力, 但是目的已经达到了, 砸了多少靠结晶/解结构发nature/science的饭碗... 现在开源了,可以围观
Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold
https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2

作者
Author: granvia 时间: 2021-7-23 12:40
战胜了电镜狂魔，可以得诺奖么？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-24 07:37

granvia 发表于 2021-7-23 12:40
战胜了电镜狂魔，可以得诺奖么？

有盼头

完爆其它的
https://predictioncenter.org/casp14/zscores_final.cgi

作者
Author: yannis 时间: 2021-7-28 11:03

sobereva 发表于 2021-7-24 07:37
有盼头

完爆其它的

那就拭目以待吧

作者
Author: coolrainbow 时间: 2021-7-30 16:09
alphafold算是彻底断了理论预测蛋白质结构的组的活路了~

不过这也是拿钱砸出来的。训练一次要128 TPU一周多的时间，租TPU的话，成本大致是13万美元=79万人民币(可能实际用时便宜些)。实际研发阶段，多次训练+作者工资等等肯定耗资巨大，不是一般的计算组承受的起的。

要知道，一个面上基金才10万，杰青100万（够训练一次）。恐怕除非自己开公司或者有金主不停的打钱，这个项目运行不了多久就得断奶了

作者
Author: 沐雨书生 时间: 2021-7-30 22:23

sobereva 发表于 2021-7-24 07:37
有盼头

完爆其它的

老师，这个软件是不是一般的电脑带不动啊，我看数据包挺大的？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-30 22:27

coolrainbow 发表于 2021-7-30 09:09
alphafold算是彻底断了理论预测蛋白质结构的组的活路了~

不过这也是拿钱砸出来的。训练一次要128 TPU一 ...

金属蛋白以及蛋白复合物的结构预测还可以一搏

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-1 05:47

沐雨书生发表于 2021-7-30 22:23
老师，这个软件是不是一般的电脑带不动啊，我看数据包挺大的？

有在线版可用
https://colab.research.google.co ... oks/AlphaFold.ipynb
https://colab.research.google.co ... rollTo=G4yBrceuFbf3

另外，在线的robetta（https://robetta.bakerlab.org）支持的RoseTTAFold的精度仅次于AlphaFold 2也可以用

作者
Author: xyz 时间: 2021-8-6 10:07
本帖最后由 xyz 于 2021-8-6 10:08 编辑

coolrainbow 发表于 2021-7-30 16:09
alphafold算是彻底断了理论预测蛋白质结构的组的活路了~

不过这也是拿钱砸出来的。训练一次要128 TPU一 ...

可以从审AlphaFold 稿子的审稿人的review article看出端倪 (比如Yang Zhang的JCB)，行内人其实很沮丧，包括解结构的颜女士。特别是alphafold end-2-end的未知结构预测结果否定了主流模板方法结果的关联性，这个和alphago是一样的，非常残酷。
从alphafold 文章里第一段和摘要反复强调自己结果和第二名的差距，也是没啥人情味的。Google里的大部分人都或者在智商或者努力程度上整体碾压任何一个研究小组，咱们就不谈钱了，13万目前连硅谷fresh grad的半年的薪水都不到。
话说Microsoft已经开始做MD了，估计动力学的组要玄了，不过我不看好微软

作者
Author: yujixue 时间: 2024-10-10 00:20

yannis 发表于 2021-7-28 11:03
那就拭目以待吧

真的是化学诺奖！

作者
Author: 是涅炎啊 时间: 2024-10-10 00:22
见证历史

作者
Author: beefly 时间: 2024-10-10 17:04
我早说过一些人是从未来穿越回来的，当时人们还不信

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