计算化学公社

标题: gromacs牵引小分子的过程求助 [打印本页]

作者
Author: @Bruce 时间: 2021-7-24 10:50
标题: gromacs牵引小分子的过程求助
我想沿 Z 轴方向牵引一个小分子远离另一个分子 1 微米的距离，我尝试了直接更改盒子的Z方向尺寸，但这造成真空体积太大，使得模拟极慢。而我尝试pbc=xy，又无从下手。求助各位，谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-24 19:01
确认单位没说错，是否真有1000nm距离的必要

作者
Author: 函数与激情 时间: 2021-7-25 21:48
http://www.mdtutorials.com/gmx/umbrella/index.html

作者
Author: @Bruce 时间: 2021-7-26 15:43

sobereva 发表于 2021-7-24 19:01
确认单位没说错，是否真有1000nm距离的必要

是的，老师，单位没错

作者
Author: HZW 时间: 2021-7-26 15:53

@Bruce 发表于 2021-7-26 15:43
是的，老师，单位没错

牵引这么远，你的体系得多大啊

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