计算化学公社

标题: PLUMED并行安装求助 [打印本页]

作者
Author: sun666 时间: 2021-7-25 15:20
标题: PLUMED并行安装求助
在超算上想联用PLUMED与GROMACS。自己安装了Plumed2.6和Gromacs2018.8。
提交任务run.sh：
#!/bin/bash
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 64
#SBATCH -p amd_512
#SBATCH --exclusive
srun -n 64 gmx mdrun -s proc.tpr -plumed plumed.dat
后报错说PLUMED不是MPI编译。
因此求助大家怎么进行MPI编译。
我尝试按照安PLUMED官网的一个多副本的教程（PLUMED: PLUMED Masterclass 21.5: Simulations with multiple replicas）进行操作
但是安装好conda后输入“conda install --strict-channel-priority -c plumed/label/masterclass-mpi -c conda-forge plumed"同样出错如下
“An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.
'https://conda.anaconda.org/plumed/label/masterclass-mpi/linux-64'”

作者
Author: abin 时间: 2021-7-25 15:24
你贴的错误提示, 是在讲,
抱歉, 连不上你说的HTTP服务.

先搞定网络, 再搞定其他的.

如果该平台不支持对外的网络,
我有方案, 可以让你在不需要root授权的情况下, 让你在平台上的账户可以顺利conda install.

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2021-7-27 05:46
我觉得你有好多地方没有说清楚。首先，你做的模拟是需要多个replica吗？如果不需要的话，那就用不着有MPI的plumed。从你的输入文件中“#SBATCH -N 1”，我假设你用的是slurm。你正常情况下在一个计算节点上跑未安装MPI、且未配合plumed的gromacs，需要在脚本里面加上“srun -n 64”这个命令吗？如果不需要的话，那么，在你使用plumed和gromacs时，也不该写这个。我一般使用slurm时，都是写好相应的脚本，然后“sbatch run.sh”，只有在需要登录计算节点做一些交互式的任务时，才使用“srun”。而且这里面最关键的，应该是你头一次运行时的报错信息，而不是你在使用anaconda时的报错信息。

作者
Author: sun666 时间: 2021-7-27 13:10
本帖最后由 sun666 于 2021-7-27 13:17 编辑

Daniel_Arndt 发表于 2021-7-27 05:46
我觉得你有好多地方没有说清楚。首先，你做的模拟是需要多个replica吗？如果不需要的话，那就用不着有MPI的 ...

感谢，那在超算上使用多核计算时不用MPI版本的plumed和MPI本版的GMX吗。正常安装即可是吗。客服给我写的一个sh模板（用与普通gmx计算，不与plumed连用）用的就是srun -n 64命令。请问您是的run.sh是怎么写的呢。感谢

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2021-7-28 09:22

sun666 发表于 2021-7-27 13:10
感谢，那在超算上使用多核计算时不用MPI版本的plumed和MPI本版的GMX吗。正常安装即可是吗。客服给我写的 ...

正常情况下写slurm的脚本的话，核数都是在“#SBATCH -n”这一部分指明的，运行时“sbatch run.sh”即可，因而脚本里面不需要“srun -n”。需要写“srun -n”的情况，往往是命令只有一行，提交到默认的节点的情况下（这个要看超算中心的规定，默认的计算节点、默认的计算时间都是超算管理员设定的）。

你应该先看看超算上有没有管理员已经安装好的gromacs（一般是用“module avail”查看），然后在你的run.sh里面“#SBATCH”对应的几行之后写上相应的“module load”命令，然后把“srun -n 64 gmx mdrun -s proc.tpr”改成“gmx mdrun -s proc.tpr”（对于gromacs，你还需要自己写“-nt”参数），试试看“sbatch run.sh”能不能顺利运行gromacs。如果这样做能够顺利地运行gromacs的话，你再尝试着自己编译gromacs并试运行，熟练之后再编译plumed，再patch一下gromacs的源代码，再进行编译。

如果碰上登录节点的CPU型号和计算节点的CPU型号不大一样的情况，你可能还要使用slurm的interactive run功能，去计算节点上进行编译。

有的超算上，可能已经有plumed以及patch过plumed的gromacs，这往往是因为管理员里面有专攻分子动力学的。如果碰巧是这种情况的话，你就尽量先用吧，毕竟课题要紧。超算上编译软件，说不准什么地方会出问题，没有谁能打包票的。

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